More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3446 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
415 aa  828    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1559  Formyl-CoA transferase  72.29 
 
 
399 aa  591  1e-168  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  71.28 
 
 
400 aa  588  1e-167  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1613  Formyl-CoA transferase  71.79 
 
 
399 aa  587  1e-166  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.860453 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1589  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.79 
 
 
399 aa  587  1e-166  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0540324  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1895  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.78 
 
 
400 aa  578  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3975  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.25 
 
 
408 aa  429  1e-119  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.36423  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  50 
 
 
399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  51.12 
 
 
402 aa  388  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  48.61 
 
 
404 aa  384  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  49.62 
 
 
404 aa  381  1e-104  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  48.62 
 
 
402 aa  380  1e-104  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  52.41 
 
 
400 aa  376  1e-103  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  48.12 
 
 
402 aa  374  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.61 
 
 
402 aa  372  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.51 
 
 
398 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  46.52 
 
 
400 aa  367  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  48.48 
 
 
398 aa  367  1e-100  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  46.23 
 
 
410 aa  359  5e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  45.79 
 
 
411 aa  350  2e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.96 
 
 
418 aa  345  7e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  47.39 
 
 
418 aa  344  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.84 
 
 
433 aa  342  9e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.08 
 
 
405 aa  339  5.9999999999999996e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  47.75 
 
 
405 aa  336  5e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  46.77 
 
 
413 aa  336  5e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.7 
 
 
413 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  45.5 
 
 
402 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.43 
 
 
421 aa  332  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.85 
 
 
398 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  45.25 
 
 
402 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.48 
 
 
397 aa  331  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.12 
 
 
396 aa  330  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  46.02 
 
 
405 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.28 
 
 
401 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.28 
 
 
401 aa  330  4e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.25 
 
 
411 aa  329  6e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  44.58 
 
 
412 aa  328  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  47.14 
 
 
401 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.22 
 
 
398 aa  327  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.73 
 
 
397 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.35 
 
 
396 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.35 
 
 
396 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  46.35 
 
 
401 aa  326  6e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.1 
 
 
396 aa  325  7e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.63 
 
 
397 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2318  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.02 
 
 
420 aa  325  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.48 
 
 
397 aa  323  4e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.95 
 
 
396 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.84 
 
 
396 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.1 
 
 
396 aa  323  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.92 
 
 
406 aa  322  8e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.92 
 
 
406 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0953  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.27 
 
 
384 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.84 
 
 
396 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.11 
 
 
397 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.75 
 
 
397 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.75 
 
 
401 aa  317  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.95 
 
 
406 aa  316  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1923  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.2 
 
 
413 aa  315  8e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  41.77 
 
 
397 aa  311  2e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
401 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.67 
 
 
401 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
401 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.68 
 
 
401 aa  308  8e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.67 
 
 
401 aa  308  9e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2775  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.94 
 
 
413 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.31 
 
 
399 aa  306  5.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.75 
 
 
391 aa  306  5.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  45.48 
 
 
406 aa  305  7e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.09 
 
 
401 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  43.14 
 
 
399 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
399 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0191  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.53 
 
 
416 aa  300  2e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  42.51 
 
 
396 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
399 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.62 
 
 
399 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.23 
 
 
396 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.62 
 
 
399 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.96 
 
 
408 aa  293  4e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
399 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  38.97 
 
 
409 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.5 
 
 
419 aa  286  4e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  42.03 
 
 
412 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.05 
 
 
399 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  39.35 
 
 
399 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  39.85 
 
 
452 aa  282  1e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  42.17 
 
 
420 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  42.17 
 
 
416 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6214  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.3 
 
 
418 aa  278  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.74 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.542825  normal  0.0368115 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.71 
 
 
399 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  40.4 
 
 
396 aa  272  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
405 aa  271  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>