More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3444 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  56.99 
 
 
592 aa  693    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
598 aa  1213    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  52.85 
 
 
597 aa  610  1e-173  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  52.11 
 
 
603 aa  601  1e-170  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  51.42 
 
 
600 aa  596  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  51.69 
 
 
601 aa  593  1e-168  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  52.32 
 
 
592 aa  587  1e-166  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  52.32 
 
 
592 aa  587  1e-166  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  52.32 
 
 
592 aa  587  1e-166  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.53 
 
 
609 aa  462  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.83 
 
 
608 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.86 
 
 
612 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.74 
 
 
608 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.74 
 
 
608 aa  432  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.16 
 
 
600 aa  366  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.35 
 
 
608 aa  356  5.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.69 
 
 
610 aa  350  5e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.52 
 
 
622 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.1 
 
 
596 aa  343  8e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.13 
 
 
630 aa  340  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.83 
 
 
610 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.31 
 
 
592 aa  335  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.21 
 
 
593 aa  335  2e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.79 
 
 
605 aa  317  6e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.27 
 
 
598 aa  308  2.0000000000000002e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.61 
 
 
621 aa  289  1e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  33.27 
 
 
723 aa  276  5e-73  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  30.26 
 
 
590 aa  272  2e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  33.22 
 
 
639 aa  270  4e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  32.19 
 
 
710 aa  269  8e-71  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  32.15 
 
 
653 aa  246  6e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
551 aa  200  6e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 
572 aa  188  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
708 aa  186  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.28 
 
 
534 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.9 
 
 
534 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 
549 aa  181  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 
552 aa  172  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 
512 aa  167  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.02 
 
 
545 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.19 
 
 
539 aa  159  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.29 
 
 
509 aa  158  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 
535 aa  157  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  32.08 
 
 
500 aa  156  1e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  32.08 
 
 
500 aa  156  1e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  30.79 
 
 
501 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  26.89 
 
 
536 aa  153  8.999999999999999e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 
551 aa  153  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4341  acyl-CoA synthetase  30.24 
 
 
526 aa  151  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227386  normal  0.0335846 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.59 
 
 
538 aa  151  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  26.48 
 
 
547 aa  150  5e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
517 aa  150  5e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  30.25 
 
 
503 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 
543 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2118  AMP-dependent synthetase and ligase  26.63 
 
 
613 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000346834  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.52 
 
 
517 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.23 
 
 
517 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.82 
 
 
537 aa  148  4.0000000000000006e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.76 
 
 
516 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.04 
 
 
517 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 
527 aa  146  1e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.04 
 
 
517 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.04 
 
 
517 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.6 
 
 
535 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  29.35 
 
 
502 aa  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.49 
 
 
517 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.09 
 
 
505 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.09 
 
 
522 aa  145  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 
520 aa  144  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2305  acyl-CoA synthetase  28.88 
 
 
525 aa  144  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.918677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  29.79 
 
 
512 aa  144  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  27.53 
 
 
662 aa  144  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.29 
 
 
522 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  26.4 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.05 
 
 
550 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.09 
 
 
522 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.29 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  27.29 
 
 
522 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 
586 aa  142  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 
522 aa  141  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  26.29 
 
 
544 aa  141  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 
537 aa  142  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 
539 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 
541 aa  140  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  28.02 
 
 
538 aa  139  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 
568 aa  139  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  28.51 
 
 
505 aa  138  3.0000000000000003e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3818  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 
501 aa  138  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28 
 
 
491 aa  137  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.49 
 
 
807 aa  137  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 
542 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1012  AMP-dependent synthetase and ligase  28.37 
 
 
508 aa  137  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  29.33 
 
 
507 aa  136  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 
532 aa  136  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 
518 aa  135  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5900  acyl-CoA synthetase  28.6 
 
 
543 aa  134  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0206  acyl-CoA synthetase  29.12 
 
 
549 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 
499 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2677  AMP-dependent synthetase and ligase  26.54 
 
 
544 aa  131  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.76 
 
 
514 aa  130  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>