More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3335 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
540 aa  1012    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.666018  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.32 
 
 
532 aa  367  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.763133  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31200  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  44.32 
 
 
547 aa  342  1e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.393839  normal  0.564354 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0747  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.9 
 
 
547 aa  332  1e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
565 aa  325  9e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
572 aa  320  3.9999999999999996e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0000013975  decreased coverage  0.00476885 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19470  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  42.54 
 
 
576 aa  294  2e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04590  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  43.05 
 
 
551 aa  289  1e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0179  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
569 aa  288  2e-76  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0434  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
544 aa  273  6e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.10733  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.24 
 
 
564 aa  224  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.957532  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
601 aa  216  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0744847  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
663 aa  167  5e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.745838  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04170  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  45.04 
 
 
592 aa  164  3e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0420701  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2696  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.86 
 
 
606 aa  161  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2515  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
634 aa  157  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
565 aa  148  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0389  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.93 
 
 
597 aa  144  4e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
528 aa  143  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.402791 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
509 aa  126  1e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.553789  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
550 aa  124  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.91 
 
 
515 aa  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.7 
 
 
510 aa  114  5e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3108  thiamine transporter membrane protein  28.43 
 
 
531 aa  105  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0329  thiamine transporter membrane protein  28.85 
 
 
521 aa  103  8e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.356206 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.24 
 
 
551 aa  102  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3471  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  24.95 
 
 
509 aa  98.2  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1141  thiamine transporter membrane protein  26 
 
 
541 aa  96.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.661169  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.93 
 
 
545 aa  94.4  5e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0282  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.18 
 
 
569 aa  94.4  5e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1758  thiamine transporter membrane protein  27.48 
 
 
543 aa  92.4  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.000432752  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.2 
 
 
563 aa  92  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.859078  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.85 
 
 
512 aa  90.9  5e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000649932  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04850  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  27.67 
 
 
587 aa  89.4  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.89 
 
 
579 aa  87  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.236914  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1012  thiamine transporter membrane protein  22.9 
 
 
514 aa  85.9  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.775062  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0334  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.18 
 
 
543 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.122368  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04070  ABC-type Fe3+ transport system, permease component  25.53 
 
 
551 aa  85.1  0.000000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.540207 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001685  thiamin ABC transporter transmembrane component  25.26 
 
 
516 aa  84.3  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.08 
 
 
550 aa  84.3  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.264316  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.55 
 
 
596 aa  84.3  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1108  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  21.19 
 
 
545 aa  84  0.000000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.396425  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.8 
 
 
591 aa  84  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.27 
 
 
521 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3395  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
290 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.445606  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0386  thiamine transporter membrane protein  24.67 
 
 
534 aa  83.2  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.127364  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.98 
 
 
521 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109676  normal  0.504386 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
290 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.662155  normal  0.855546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.07 
 
 
521 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000107301 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3532  thiamine ABC transporter, inner membrane subunit  27.84 
 
 
536 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2689  molybdate ABC transporter inner membrane subunit  33.33 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.106468  normal  0.549789 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4969  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.14 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.84 
 
 
550 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0059  thiamine transporter membrane protein  26.75 
 
 
536 aa  80.9  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3116  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.61 
 
 
741 aa  80.9  0.00000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.885166  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0069  thiamine transporter membrane protein  27.01 
 
 
536 aa  80.5  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0072  thiamine transporter membrane protein  25.93 
 
 
536 aa  80.5  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2118  thiamine transporter membrane protein  24.94 
 
 
530 aa  80.5  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0071  thiamine transporter membrane protein  25.93 
 
 
536 aa  80.1  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.818645  normal  0.387113 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2480  ABC transporter, permease protein, putative  24.41 
 
 
568 aa  80.1  0.0000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00069  thiamin ABC transporter membrane protein  26.75 
 
 
536 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0071  thiamine transporter membrane protein  26.49 
 
 
536 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3590  thiamine transporter membrane protein  26.49 
 
 
536 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.838581  hitchhiker  0.00000463415 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00068  hypothetical protein  26.75 
 
 
536 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.66 
 
 
536 aa  78.2  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0253396  normal  0.609444 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.45 
 
 
543 aa  78.2  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0614  thiamine transporter membrane protein  24.32 
 
 
536 aa  77.8  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.012901 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2477  ABC-type transporter permease protein  24.87 
 
 
564 aa  77.8  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.174781  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.67 
 
 
313 aa  78.2  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.361491  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  24.65 
 
 
550 aa  77.8  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  27.34 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4318  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.31 
 
 
615 aa  77.4  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.242541 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.23 
 
 
579 aa  77.4  0.0000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.434038  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0144  thiamine ABC transporter, permease protein  22.26 
 
 
560 aa  77  0.0000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.997679  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  19.32 
 
 
554 aa  76.6  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2817  thiamine transporter membrane protein  28.13 
 
 
523 aa  76.6  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.229213  normal  0.678489 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00789  thiamine transporter membrane protein  24.74 
 
 
516 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2558  molybdate ABC transporter, inner membrane subunit  34.26 
 
 
293 aa  75.9  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.000169531  normal  0.108126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7194  ABC transporter permease  29.32 
 
 
293 aa  75.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.56 
 
 
266 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  34.15 
 
 
280 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1364  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.06 
 
 
728 aa  75.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
295 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.56 
 
 
266 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0111  thiamine transporter membrane protein  26.87 
 
 
536 aa  75.1  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3889  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.48 
 
 
551 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0118  thiamine transporter membrane protein  26.36 
 
 
536 aa  75.1  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.15 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227272  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.17 
 
 
268 aa  74.7  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4792  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, membrane component PhnV  30.74 
 
 
287 aa  74.3  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000863136  hitchhiker  0.00000359721 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  22.57 
 
 
569 aa  74.3  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.290045  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
275 aa  74.3  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0118  thiamine transporter membrane protein  26.61 
 
 
536 aa  74.3  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0333218 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0539  sulfate ABC transporter, inner membrane subunit CysT  35.43 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0719  ABC transporter, permease protein  25.35 
 
 
741 aa  73.9  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  26.17 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  26.17 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  26.17 
 
 
266 aa  73.9  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4019  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  30.56 
 
 
275 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.392742  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1377  Sulfate ABC transporter, permease protein CysT  29.63 
 
 
275 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>