69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3282 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3282  periplasmic binding protein  100 
 
 
329 aa  658    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2943  periplasmic binding protein  36.24 
 
 
305 aa  155  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.382264  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4278  periplasmic binding protein  32.73 
 
 
405 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.170406  normal  0.771045 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2081  periplasmic binding protein  32.34 
 
 
380 aa  126  6e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.754693 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1851  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
353 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1832  periplasmic binding protein  33.65 
 
 
353 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.136123  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1898  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
353 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13060  Fe(III)-dicitrate-binding periplasmic lipoprotein fecB  30 
 
 
359 aa  107  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0425065 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  27.18 
 
 
316 aa  93.2  5e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  30.86 
 
 
319 aa  88.2  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4123  periplasmic binding protein  28.9 
 
 
346 aa  85.9  9e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  30.85 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  25.3 
 
 
324 aa  82  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3525  periplasmic binding protein  26.44 
 
 
310 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.476755  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.4 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  27.92 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  24.63 
 
 
322 aa  80.1  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  27.55 
 
 
662 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  23.85 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  24.33 
 
 
322 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  23.01 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  23.01 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.47 
 
 
321 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  23.47 
 
 
321 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  21.56 
 
 
321 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  23.79 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  24.05 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  23.68 
 
 
320 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  23.68 
 
 
320 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.88 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  23.68 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  23.57 
 
 
305 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  27.34 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.53 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  23.31 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  23.31 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  23.31 
 
 
320 aa  66.2  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3654  periplasmic binding protein  27 
 
 
329 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.841476  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  23.19 
 
 
320 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3865  periplasmic binding protein  28.4 
 
 
329 aa  63.9  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.900175  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0550  periplasmic binding protein  24.9 
 
 
313 aa  63.5  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0335  serine/threonine protein kinase  32.09 
 
 
671 aa  62.4  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.656897  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  24.24 
 
 
305 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4510  periplasmic binding protein  23.6 
 
 
317 aa  59.7  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30510  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.21 
 
 
326 aa  59.7  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.163783  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2207  periplasmic binding protein  29.11 
 
 
335 aa  59.3  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000185763 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0640  periplasmic binding protein  26.69 
 
 
337 aa  58.9  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.451068  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1523  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
313 aa  57.4  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5759  periplasmic binding protein  23.25 
 
 
331 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2940  periplasmic binding protein  26.22 
 
 
316 aa  53.9  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2409  periplasmic binding protein  22.22 
 
 
333 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0140485  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2670  periplasmic binding protein  22.76 
 
 
272 aa  49.7  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28050  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.14 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.557708 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0463  periplasmic binding protein  23.91 
 
 
308 aa  47  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2590  periplasmic binding protein  26.09 
 
 
301 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.37556  normal  0.0169021 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  20.23 
 
 
327 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  20.23 
 
 
327 aa  45.8  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0133  periplasmic binding protein  24.44 
 
 
306 aa  45.8  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14740  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.91 
 
 
313 aa  45.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0833615  normal  0.600151 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2829  twin-arginine translocation pathway signal  24 
 
 
300 aa  44.7  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.582079  normal  0.501847 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7985  substrate-binding family protein, putative  22.51 
 
 
336 aa  45.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.428373  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
340 aa  45.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0693  periplasmic binding protein  21.83 
 
 
306 aa  44.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3185  periplasmic binding protein  21.9 
 
 
302 aa  44.3  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0079583  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2699  periplasmic binding protein  22.26 
 
 
305 aa  43.9  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.885635  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0949  transferrin receptor  18.9 
 
 
336 aa  43.9  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0298481  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2413  periplasmic binding protein  24.65 
 
 
351 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1282  periplasmic binding protein  34.62 
 
 
357 aa  43.1  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0656  ABC Fe3+-hydroxamate transporter substrate-binding protein  24.08 
 
 
308 aa  43.1  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.485376  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>