More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2326 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2326  Shikimate kinase  100 
 
 		 185 aa  355  1.9999999999999998e-97  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0927033  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2617  Shikimate kinase  53.7 
 
 		 206 aa  147  6e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12559  shikimate kinase  55.7 
 
 		 176 aa  147  7e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000121488  normal  0.108726 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2646  shikimate kinase  49.42 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1091  shikimate kinase  50.3 
 
 		 172 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.393566  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3757  shikimate kinase  50.64 
 
 		 220 aa  142  3e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.28547 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2394  shikimate kinase  47.59 
 
 		 235 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0537211  normal  0.130016 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2353  shikimate kinase  47.59 
 
 		 235 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2400  shikimate kinase  47.59 
 
 		 235 aa  135  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2952  Shikimate kinase  46.15 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000140842  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15020  shikimate kinase  48.21 
 
 		 204 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0201152  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0877  Shikimate kinase  45.78 
 
 		 176 aa  124  7e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.317471 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2413  shikimate kinase  48.48 
 
 		 183 aa  120  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.237491  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2209  shikimate kinase  45.96 
 
 		 165 aa  119  3e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.218962  normal  0.751084 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15450  shikimate kinase  45.68 
 
 		 180 aa  119  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.801598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5254  Shikimate kinase  44.72 
 
 		 171 aa  113  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.12338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6534  Shikimate kinase  42.01 
 
 		 167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0818749  normal  0.0132303 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  44.2 
 
 		 171 aa  111  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  45.83 
 
 		 519 aa  109  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3208  shikimate kinase  50 
 
 		 225 aa  108  5e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.181986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  41.36 
 
 		 170 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  42.51 
 
 		 577 aa  106  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  39.76 
 
 		 170 aa  106  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1308  shikimate kinase  44.38 
 
 		 172 aa  106  2e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0211808 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  42.94 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  44 
 
 		 183 aa  105  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  44.24 
 
 		 183 aa  105  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  44.24 
 
 		 183 aa  105  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  37.21 
 
 		 540 aa  104  6e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  45.4 
 
 		 187 aa  104  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  40.83 
 
 		 182 aa  104  8e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  46.62 
 
 		 177 aa  104  9e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  39.75 
 
 		 190 aa  103  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  43.03 
 
 		 183 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  0.0000000252706 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4297  Shikimate kinase  43.04 
 
 		 179 aa  102  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.911234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  44.83 
 
 		 171 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000702686  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3014  Shikimate kinase  43.64 
 
 		 203 aa  102  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0650528 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  43.03 
 
 		 190 aa  102  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  41.76 
 
 		 229 aa  102  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  41.89 
 
 		 180 aa  102  3e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1839  shikimate kinase  45.65 
 
 		 167 aa  101  7e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 172 aa  100  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  39.63 
 
 		 179 aa  100  9e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  46.53 
 
 		 458 aa  100  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  45.33 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  42.07 
 
 		 172 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  39.38 
 
 		 199 aa  100  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  40.12 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3152  Shikimate kinase  41.04 
 
 		 192 aa  100  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  36.25 
 
 		 187 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  46.05 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  42.42 
 
 		 184 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  39.88 
 
 		 277 aa  99.8  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  44 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  41.82 
 
 		 184 aa  99.8  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  40.99 
 
 		 208 aa  99.8  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  43.64 
 
 		 594 aa  99.4  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  44.83 
 
 		 163 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  40.38 
 
 		 195 aa  99  3e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  35.62 
 
 		 187 aa  99  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  41.33 
 
 		 179 aa  98.6  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  38.37 
 
 		 192 aa  99  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  40.52 
 
 		 184 aa  99  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2389  Shikimate kinase  38.79 
 
 		 166 aa  99  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  35.98 
 
 		 184 aa  99  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.53 
 
 		 192 aa  98.2  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  42.77 
 
 		 182 aa  98.2  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  41.82 
 
 		 184 aa  98.2  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1846  shikimate kinase  49.28 
 
 		 167 aa  97.8  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  39.66 
 
 		 196 aa  97.4  9e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0225  Shikimate kinase  40 
 
 		 170 aa  97.8  9e-20  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.737302  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2020  shikimate kinase  45.95 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0278183 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12560  3-dehydroquinate synthase  41.61 
 
 		 593 aa  97.1  1e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100875  normal  0.530039 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  42.14 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  37.5 
 
 		 181 aa  97.1  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  40.61 
 
 		 199 aa  97.1  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 552 aa  97.4  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  42.14 
 
 		 172 aa  97.1  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  33.15 
 
 		 173 aa  97.4  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  41.92 
 
 		 182 aa  97.4  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  37.43 
 
 		 174 aa  96.7  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  39.02 
 
 		 172 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  39.02 
 
 		 172 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  40.61 
 
 		 184 aa  95.9  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  42.5 
 
 		 169 aa  95.9  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  40.61 
 
 		 209 aa  95.9  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  40.61 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  40.61 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  40.61 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  40.61 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1834  Shikimate kinase  42.11 
 
 		 187 aa  95.5  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.252132  normal  0.208051 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  42.55 
 
 		 181 aa  95.5  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2273  shikimate kinase  40.96 
 
 		 179 aa  95.5  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.787718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  40.61 
 
 		 177 aa  95.5  4e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  39.88 
 
 		 174 aa  95.1  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  36.57 
 
 		 180 aa  95.1  5e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2880  shikimate kinase  32.53 
 
 		 188 aa  94.7  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  34.94 
 
 		 172 aa  94.7  6e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  42.5 
 
 		 169 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  38.46 
 
 		 192 aa  94.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>