More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2164 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.04 
 
 
786 aa  1037  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10380  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.73 
 
 
753 aa  1026  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0265534  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.24 
 
 
744 aa  1065  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.4 
 
 
753 aa  1039  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0664507  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5823  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.42 
 
 
747 aa  1184  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.410349  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.21 
 
 
792 aa  757  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7876  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.15 
 
 
737 aa  1091  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.017282 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14690  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.46 
 
 
823 aa  1149  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.423913  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12796  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.61 
 
 
752 aa  1221  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09250  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.12 
 
 
842 aa  1054  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1466  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.66 
 
 
746 aa  1060  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.859477  normal  0.095353 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.04 
 
 
729 aa  1013  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1439  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.01 
 
 
752 aa  1034  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30923e-09 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2083  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  83.27 
 
 
759 aa  1218  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408201  normal  0.158604 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1434  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.15 
 
 
746 aa  1049  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.153931  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.52 
 
 
782 aa  1018  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.604737  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  69.08 
 
 
729 aa  995  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3177  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.02 
 
 
742 aa  1085  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  83.27 
 
 
759 aa  1218  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0644051  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1664  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.25 
 
 
913 aa  918  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.123997  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  83.27 
 
 
759 aa  1218  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0744177 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2350  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  82.54 
 
 
754 aa  1205  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1025  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.49 
 
 
735 aa  1079  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0784  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.7 
 
 
767 aa  1055  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23380  guanosine pentaphosphate synthetase I/polynucleotide phosphorylase  72.64 
 
 
735 aa  1022  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0262857 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1518  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.21 
 
 
744 aa  1075  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.734214  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2132  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.68 
 
 
773 aa  1063  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1738  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  86.85 
 
 
750 aa  1292  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0035  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.44 
 
 
791 aa  1056  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0213  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  62.65 
 
 
926 aa  919  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3324  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  71.72 
 
 
775 aa  1034  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109983  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2164  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  100 
 
 
759 aa  1524  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00328934  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.49 
 
 
785 aa  1032  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  76.33 
 
 
762 aa  1129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1217  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.07 
 
 
744 aa  1032  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.118879  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3583  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  70.08 
 
 
770 aa  1037  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1068  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  69.13 
 
 
773 aa  1030  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.63376  normal  0.0171355 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2221  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.16 
 
 
750 aa  1107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000781302  normal  0.116464 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  71.94 
 
 
825 aa  1041  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4023  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  82.68 
 
 
756 aa  1229  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.688268  normal  0.0248792 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.71 
 
 
686 aa  614  1e-174  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.91 
 
 
723 aa  590  1e-167  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.2 
 
 
755 aa  584  1e-165  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.37 
 
 
718 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 
747 aa  580  1e-164  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.35 
 
 
722 aa  579  1e-164  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.21 
 
 
718 aa  582  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.27 
 
 
714 aa  576  1e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.4 
 
 
735 aa  576  1e-163  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.92 
 
 
722 aa  577  1e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.36 
 
 
714 aa  573  1e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
745 aa  572  1e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.07 
 
 
718 aa  574  1e-162  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
752 aa  573  1e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.63 
 
 
703 aa  574  1e-162  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.35 
 
 
705 aa  572  1e-162  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.91 
 
 
712 aa  572  1e-162  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.84021e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.43 
 
 
700 aa  572  1e-161  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.7 
 
 
739 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.49 
 
 
746 aa  570  1e-161  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
720 aa  571  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.12 
 
 
747 aa  569  1e-161  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.09 
 
 
706 aa  572  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.21 
 
 
734 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.23 
 
 
715 aa  566  1e-160  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.79 
 
 
745 aa  567  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.92 
 
 
703 aa  568  1e-160  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  45.21 
 
 
734 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.55 
 
 
732 aa  567  1e-160  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  6.77019e-07  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.16 
 
 
710 aa  565  1e-160  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
711 aa  564  1e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.01 
 
 
715 aa  562  1e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
711 aa  563  1e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.44 
 
 
722 aa  565  1e-159  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.17 
 
 
711 aa  564  1e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
711 aa  563  1e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.78 
 
 
741 aa  562  1e-159  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.29 
 
 
725 aa  564  1e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.16 
 
 
748 aa  564  1e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.68 
 
 
700 aa  565  1e-159  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
711 aa  564  1e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.54 
 
 
715 aa  564  1e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.17 
 
 
711 aa  564  1e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.09 
 
 
725 aa  563  1e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.86 
 
 
716 aa  563  1e-159  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.99 
 
 
733 aa  559  1e-158  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.46 
 
 
740 aa  559  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.92 
 
 
698 aa  559  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.85 
 
 
746 aa  562  1e-158  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.56 
 
 
705 aa  560  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.12 
 
 
713 aa  560  1e-158  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.2 
 
 
701 aa  560  1e-158  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.46 
 
 
705 aa  559  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.44 
 
 
761 aa  560  1e-158  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.95 
 
 
721 aa  559  1e-158  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.89 
 
 
711 aa  561  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.43 
 
 
717 aa  555  1e-157  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.18 
 
 
701 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.38 
 
 
713 aa  557  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.32 
 
 
701 aa  557  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>