More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2114 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2114  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 		 368 aa  748    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0781681  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1678  radical SAM enzyme, Cfr family  82.02 
 
 		 371 aa  613  9.999999999999999e-175  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2223  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.61 
 
 		 365 aa  584  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.522742  normal  0.264818 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4121  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.06 
 
 		 365 aa  577  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2178  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  78.57 
 
 		 372 aa  568  1e-161  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0846545  hitchhiker  0.000495188 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5902  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.2 
 
 		 368 aa  552  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.185229  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12894  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.28 
 
 		 364 aa  551  1e-156  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.942196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09960  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  75.07 
 
 		 370 aa  552  1e-156  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.434962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2006  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.13 
 
 		 374 aa  547  1e-154  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.578114  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1987  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.13 
 
 		 374 aa  547  1e-154  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0876088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2052  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  79.13 
 
 		 374 aa  547  1e-154  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0683  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.08 
 
 		 365 aa  504  1e-141  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.882739  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3404  radical SAM enzyme, Cfr family  70.08 
 
 		 388 aa  496  1e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00306025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2203  radical SAM enzyme, Cfr family  68.11 
 
 		 388 aa  493  9.999999999999999e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00426672  normal  0.359249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1869  radical SAM protein  68.04 
 
 		 374 aa  490  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.340482 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1235  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.1 
 
 		 380 aa  489  1e-137  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.478405  hitchhiker  0.00730149 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3677  radical SAM enzyme, Cfr family  66.94 
 
 		 365 aa  486  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23560  radical SAM enzyme, Cfr family  67.04 
 
 		 364 aa  482  1e-135  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1000  radical SAM enzyme, Cfr family  68.13 
 
 		 388 aa  482  1e-135  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.189733  normal  0.570497 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1327  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.99 
 
 		 353 aa  478  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3980  radical SAM enzyme, Cfr family  68.83 
 
 		 395 aa  478  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.118303  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3237  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.95 
 
 		 376 aa  476  1e-133  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1420  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.82 
 
 		 391 aa  467  9.999999999999999e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0340942  normal  0.291727 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1009  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  61.92 
 
 		 376 aa  461  1e-129  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.834278 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.43 
 
 		 395 aa  462  1e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0799869 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1489  radical SAM enzyme, Cfr family  65.45 
 
 		 375 aa  458  9.999999999999999e-129  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2502  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  64.46 
 
 		 383 aa  453  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.293735  normal  0.506779 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11240  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.07 
 
 		 426 aa  442  1e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.43214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21300  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  58.65 
 
 		 465 aa  441  1e-123  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.830404  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1536  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.03 
 
 		 430 aa  437  1e-121  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.571829 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1185  radical SAM enzyme, Cfr family  62.78 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10170  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  59.66 
 
 		 429 aa  428  1e-119  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3577  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.36 
 
 		 421 aa  420  1e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0409  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  57.62 
 
 		 389 aa  421  1e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.112692  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1166  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  63.07 
 
 		 385 aa  411  1e-113  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.800858  normal  0.253487 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4305  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.88 
 
 		 363 aa  314  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1376  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.68 
 
 		 399 aa  293  4e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0286  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  48.96 
 
 		 361 aa  289  4e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3583  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  44.89 
 
 		 399 aa  282  8.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  47.45 
 
 		 354 aa  276  4e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  43.47 
 
 		 349 aa  266  4e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1403  radical SAM enzyme, Cfr family  41.74 
 
 		 371 aa  264  2e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0164  radical SAM enzyme, Cfr family  47.65 
 
 		 353 aa  264  2e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  47.73 
 
 		 408 aa  263  3e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.53 
 
 		 364 aa  257  2e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  40.8 
 
 		 343 aa  257  2e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.94 
 
 		 365 aa  256  5e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2488  radical SAM protein  41.62 
 
 		 356 aa  256  6e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00360289  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  41.47 
 
 		 351 aa  253  3e-66  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.66 
 
 		 343 aa  253  3e-66  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  40.75 
 
 		 344 aa  251  1e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  39.82 
 
 		 341 aa  249  4e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  40.18 
 
 		 348 aa  248  1e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  40.77 
 
 		 342 aa  247  2e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.05 
 
 		 362 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.16 
 
 		 347 aa  245  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0633  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  43.67 
 
 		 344 aa  245  8e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.76 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5022  radical SAM protein  43.82 
 
 		 397 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.380261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.86 
 
 		 347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1087  radical SAM enzyme, Cfr family  42.54 
 
 		 383 aa  243  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.486861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1167  radical SAM protein  42.54 
 
 		 374 aa  243  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.55 
 
 		 349 aa  243  5e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2184  radical SAM enzyme, Cfr family  42.49 
 
 		 382 aa  242  9e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1751  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.28 
 
 		 342 aa  242  9e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.493385  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.87 
 
 		 362 aa  241  1e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2611  hypothetical protein  42.98 
 
 		 382 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00319585  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1869  radical SAM protein  42.09 
 
 		 382 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1421  radical SAM protein  42.86 
 
 		 373 aa  238  1e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.196113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  44.77 
 
 		 372 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_3052  predicted protein  42.61 
 
 		 378 aa  237  2e-61  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.100127  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.54 
 
 		 348 aa  237  2e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  44.48 
 
 		 372 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  41.93 
 
 		 359 aa  237  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1503  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.79 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.578618  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  40.82 
 
 		 364 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.44 
 
 		 364 aa  236  6e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  44.19 
 
 		 372 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  41.16 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1479  hypothetical protein  41.16 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  39.76 
 
 		 355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  41.84 
 
 		 377 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.58 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.58 
 
 		 364 aa  233  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4057  radical SAM domain-containing protein  42.9 
 
 		 342 aa  234  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.291969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1590  radical SAM protein  45.05 
 
 		 318 aa  233  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2558  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  42.2 
 
 		 351 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.150479999999999e-35 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  41.47 
 
 		 361 aa  233  4.0000000000000004e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  40.96 
 
 		 364 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2310  hypothetical protein  41.71 
 
 		 382 aa  232  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102281  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0444  hypothetical protein  42.06 
 
 		 355 aa  232  1e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2012  radical SAM enzyme, Cfr family  34.93 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>