248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2020 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2020  protein of unknown function UPF0074  100 
 
 
177 aa  358  2e-98  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0707899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3513  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.33 
 
 
142 aa  157  9e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3450  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50.33 
 
 
146 aa  149  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22810  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  52.9 
 
 
149 aa  146  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.489543 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0915  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.8 
 
 
153 aa  141  6e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.127976  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0932  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.8 
 
 
153 aa  141  6e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3203  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.67 
 
 
143 aa  140  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0943  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.55 
 
 
153 aa  140  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0422  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.2 
 
 
155 aa  137  8.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.67 
 
 
148 aa  134  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00965194  normal  0.580811 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3453  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.23 
 
 
148 aa  127  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.879628  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3804  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.65 
 
 
141 aa  117  6e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602111  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0358  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.41 
 
 
151 aa  108  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.53378 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3032  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.4 
 
 
143 aa  103  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.921134 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03520  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  41.67 
 
 
157 aa  99.4  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0669  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.3 
 
 
149 aa  98.6  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.416555  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3220  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36 
 
 
150 aa  97.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.46 
 
 
143 aa  97.1  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.92 
 
 
149 aa  94.7  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3383  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.1 
 
 
155 aa  91.7  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.33 
 
 
183 aa  88.2  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.915426 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.06 
 
 
152 aa  85.9  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4024  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  33.57 
 
 
151 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.89096  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.46 
 
 
150 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.209804  normal  0.479131 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0930  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.81 
 
 
150 aa  83.2  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  34.12 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3365  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.81 
 
 
188 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.312723  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.51 
 
 
166 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2769  transcriptional repressor NsrR  35.86 
 
 
141 aa  81.6  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.78 
 
 
149 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.49 
 
 
166 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.87 
 
 
143 aa  80.5  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0045  Rrf2 family protein  32.86 
 
 
151 aa  79.3  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.64 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.64 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.64 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.64 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  79  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.75 
 
 
151 aa  78.2  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  27.08 
 
 
143 aa  77.8  0.00000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  35.1 
 
 
141 aa  77.8  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.86 
 
 
167 aa  77.4  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  29.22 
 
 
147 aa  77.4  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0816  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.41 
 
 
161 aa  77  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3024  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.36 
 
 
145 aa  77  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.23 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.23 
 
 
141 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  34.23 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  34.23 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0036  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.64 
 
 
151 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  34.23 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  34.23 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  34.23 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  34.23 
 
 
141 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00086  transcriptional repressor NsrR  33.99 
 
 
141 aa  75.9  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  26.39 
 
 
143 aa  75.5  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  33.57 
 
 
141 aa  75.5  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.73 
 
 
171 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.67 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  32.21 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.33 
 
 
156 aa  74.7  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.14 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000199058  hitchhiker  0.00000000296889 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  31.69 
 
 
142 aa  73.9  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3446  transcriptional repressor NsrR  30.71 
 
 
141 aa  73.6  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  30.71 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  32.89 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  27.78 
 
 
153 aa  73.2  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3702  hypothetical protein  31.41 
 
 
151 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.91 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  32.89 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.91 
 
 
171 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.48 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.37 
 
 
172 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.91 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002267  nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR  32.68 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
151 aa  72.8  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.339527  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  32.89 
 
 
141 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.37 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.47 
 
 
153 aa  72  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2272  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.56 
 
 
154 aa  71.6  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257031  normal  0.323507 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.43 
 
 
147 aa  71.2  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  32.21 
 
 
162 aa  71.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  32.21 
 
 
162 aa  71.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  31.47 
 
 
157 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.47 
 
 
157 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0787  transcriptional repressor NsrR  32.14 
 
 
141 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.82 
 
 
160 aa  70.5  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  30.67 
 
 
143 aa  70.1  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0766  transcriptional repressor NsrR  30.71 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.61103  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  28.99 
 
 
141 aa  68.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0056  Rrf2 family protein  30.22 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0941015  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.34 
 
 
145 aa  68.6  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35 
 
 
149 aa  68.6  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  31.97 
 
 
172 aa  68.6  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.76 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2204  Rrf2 family protein  35.33 
 
 
180 aa  67  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0131831  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.15 
 
 
140 aa  67  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.88 
 
 
175 aa  67  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
163 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>