206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2017 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  100 
 
 
181 aa  370  1e-102  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  51.61 
 
 
189 aa  184  4e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  48.57 
 
 
190 aa  182  2e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  47.4 
 
 
181 aa  167  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  36.72 
 
 
183 aa  130  9e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  38.29 
 
 
177 aa  129  2e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  42.61 
 
 
178 aa  126  2e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  41.48 
 
 
184 aa  125  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
195 aa  124  8e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  35.8 
 
 
201 aa  123  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  42.77 
 
 
185 aa  118  5e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  34.66 
 
 
179 aa  118  5e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  7.56416e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  42.77 
 
 
196 aa  117  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  42.77 
 
 
196 aa  117  8e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  42.2 
 
 
185 aa  116  1e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  38.07 
 
 
179 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  38.07 
 
 
179 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  36.72 
 
 
176 aa  114  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  38.92 
 
 
202 aa  110  2e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  38.92 
 
 
202 aa  110  2e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  35.23 
 
 
179 aa  110  2e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  39.44 
 
 
183 aa  109  2e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
192 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  39.16 
 
 
179 aa  104  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
196 aa  101  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  31.87 
 
 
184 aa  101  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  33.86 
 
 
185 aa  100  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  36.72 
 
 
189 aa  98.2  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  31.41 
 
 
188 aa  90.9  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
216 aa  87  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  31.28 
 
 
203 aa  86.3  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  27.72 
 
 
195 aa  84.3  8e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  28.65 
 
 
305 aa  82.4  3e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  30.73 
 
 
187 aa  82.4  3e-15  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  39.25 
 
 
176 aa  82  4e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  31.03 
 
 
325 aa  80.5  1e-14  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 
179 aa  79.7  2e-14  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
204 aa  79  3e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
191 aa  78.6  4e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  26.11 
 
 
183 aa  78.6  4e-14  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  42.35 
 
 
176 aa  73.9  1e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  33.52 
 
 
194 aa  72.8  3e-12  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  31.79 
 
 
187 aa  70.9  9e-12  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  42.5 
 
 
185 aa  68.9  3e-11  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  32.1 
 
 
186 aa  68.2  7e-11  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  26.74 
 
 
168 aa  67.4  9e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  33.14 
 
 
222 aa  67  1e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  39.02 
 
 
184 aa  67  1e-10  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  27.91 
 
 
168 aa  67  1e-10  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  40.24 
 
 
172 aa  65.1  5e-10  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  31.89 
 
 
182 aa  64.3  8e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  27.78 
 
 
179 aa  63.9  1e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
174 aa  62.8  2e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  30.17 
 
 
191 aa  62.8  2e-09  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  30.6 
 
 
196 aa  63.5  2e-09  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
179 aa  61.6  6e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  34.48 
 
 
191 aa  60.5  1e-08  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  1.11873e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  43.28 
 
 
242 aa  60.8  1e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  35.37 
 
 
184 aa  60.5  1e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  26.83 
 
 
190 aa  59.7  2e-08  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  27.78 
 
 
179 aa  60.1  2e-08  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
179 aa  60.1  2e-08  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0615  PadR-like family transcriptional regulator  39.39 
 
 
212 aa  59.7  2e-08  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.169768  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  27.78 
 
 
179 aa  60.1  2e-08  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
173 aa  60.1  2e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  39.19 
 
 
174 aa  59.7  2e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
173 aa  59.7  2e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
173 aa  59.7  2e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  26.6 
 
 
242 aa  59.7  2e-08  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  33.06 
 
 
174 aa  59.3  3e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  29.65 
 
 
200 aa  58.9  4e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  36.17 
 
 
175 aa  58.5  4e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  35.71 
 
 
187 aa  58.2  6e-08  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4729  transcriptional regulator, PadR-like family  29.08 
 
 
197 aa  58.2  7e-08  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05950  predicted transcriptional regulator  37.93 
 
 
188 aa  56.6  2e-07  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  23.86 
 
 
179 aa  57  2e-07  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  36.78 
 
 
183 aa  56.2  2e-07  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  27.08 
 
 
160 aa  56.6  2e-07  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  29.52 
 
 
185 aa  56.6  2e-07  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  31.2 
 
 
174 aa  56.6  2e-07  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  28.49 
 
 
210 aa  55.5  4e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  30.43 
 
 
175 aa  55.5  5e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  37.25 
 
 
223 aa  55.1  6e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  29.84 
 
 
174 aa  54.3  1e-06  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  28.9 
 
 
202 aa  53.5  1e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  27.22 
 
 
194 aa  53.9  1e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  29.81 
 
 
198 aa  54.3  1e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  30.47 
 
 
179 aa  53.9  1e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  30.36 
 
 
186 aa  52.8  2e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  35.23 
 
 
219 aa  52  5e-06  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  31.2 
 
 
176 aa  52  5e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3177  transcriptional regulator, PadR-like family  25.28 
 
 
204 aa  51.6  7e-06  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.556918  normal  0.03966 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4233  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 
181 aa  50.8  1e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 
174 aa  50.4  1e-05  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2451  hypothetical protein  23.15 
 
 
165 aa  50.1  2e-05  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.073124  n/a   
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  28.02 
 
 
207 aa  50.1  2e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  34.57 
 
 
176 aa  50.1  2e-05  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2376  hypothetical protein  23.15 
 
 
165 aa  49.7  2e-05  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.247862  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  34.72 
 
 
184 aa  49.7  2e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2413  hypothetical protein  23.15 
 
 
165 aa  50.1  2e-05  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.5361e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>