195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1890 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1890  DNA repair exonuclease, SbcC  100 
 
 
989 aa  1892    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.295467  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31440  DNA repair ATPase  43.11 
 
 
986 aa  552  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.651152 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01270  DNA repair ATPase  35.35 
 
 
1047 aa  348  4e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  29.28 
 
 
1018 aa  311  5e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  29.7 
 
 
1018 aa  310  9e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2843  exonuclease SbcC, putative  30.12 
 
 
1018 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1589  exonuclease SbcC, putative  28.63 
 
 
1018 aa  306  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  29.43 
 
 
1018 aa  303  8.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  29.34 
 
 
1018 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  29.34 
 
 
1018 aa  301  4e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  30.33 
 
 
1018 aa  299  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  28.1 
 
 
1018 aa  298  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  29.92 
 
 
1020 aa  294  7e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2456  SMC domain-containing protein  29.9 
 
 
1018 aa  291  4e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.053709  unclonable  0.00000627318 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  26.42 
 
 
1029 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  28.93 
 
 
1018 aa  281  5e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  26.38 
 
 
1029 aa  280  1e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  41.76 
 
 
962 aa  278  4e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2199  exonuclease  25.14 
 
 
1029 aa  278  5e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2360  exonuclease  25.14 
 
 
1029 aa  278  5e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.293135  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  28.79 
 
 
953 aa  277  7e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  26.86 
 
 
1018 aa  275  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2122  exonuclease  25.48 
 
 
1029 aa  274  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.837048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  25.38 
 
 
1029 aa  274  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  25.67 
 
 
1029 aa  274  7e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2391  exonuclease, putative  25.53 
 
 
1029 aa  273  1e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15331  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  25.88 
 
 
1029 aa  272  2e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  25.57 
 
 
1029 aa  268  4e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  23.15 
 
 
1009 aa  266  2e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  52.61 
 
 
881 aa  226  1e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  43.26 
 
 
1291 aa  226  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2305  SMC domain protein  39.53 
 
 
1025 aa  211  5e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000506659 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4360  putative ATP-dependent dsDNA exonuclease  51.25 
 
 
986 aa  210  1e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.288982  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2166  SMC domain-containing protein  40.67 
 
 
1249 aa  203  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2573  SMC domain-containing protein  45.37 
 
 
1023 aa  198  5.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1225  putative exonuclease  50.51 
 
 
1058 aa  196  1e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1924  DNA repair exonuclease, SbcC  60 
 
 
995 aa  194  9e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557877  decreased coverage  0.00069537 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2822  SMC domain-containing protein  34.72 
 
 
1020 aa  186  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0052  SMC domain protein  29.45 
 
 
1049 aa  183  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08420  exonuclease SbcC  38.55 
 
 
1009 aa  181  7e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2960  DNA repair exonuclease, SbcC  55.5 
 
 
1191 aa  180  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.263309 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  46.54 
 
 
995 aa  179  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2998  putative exonuclease  27.27 
 
 
1029 aa  174  6.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000658197  decreased coverage  0.00861967 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3946  exonuclease protein  30.4 
 
 
1024 aa  173  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27300  DNA repair ATPase  37.01 
 
 
1022 aa  166  3e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0427932  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0171  nuclease SbcCD, C subunit, putative  34.83 
 
 
1030 aa  164  7e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2519  SMC domain-containing protein  37.16 
 
 
1018 aa  160  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00280637  unclonable  0.0000395857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2611  exonuclease SbcC, putative  36.88 
 
 
1018 aa  160  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153819  hitchhiker  0.0000000100584 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2449  SMC domain-containing protein  37.71 
 
 
1018 aa  159  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00634989  unclonable  0.0000000000799023 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0124  putative exonuclease  44.83 
 
 
1046 aa  157  9e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0895241  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  23.2 
 
 
1039 aa  154  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  46.51 
 
 
1009 aa  153  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  46.51 
 
 
1009 aa  153  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1364  ATP-dependent dsDNA exonuclease  28.25 
 
 
1059 aa  152  3e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  28.55 
 
 
1013 aa  151  6e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3664  dsDNA exonuclease SbcC  54.44 
 
 
1017 aa  148  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  48 
 
 
1020 aa  147  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2144  DNA repair exonuclease, SbcC  53.68 
 
 
1006 aa  145  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214587  normal  0.18739 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  40.33 
 
 
1081 aa  143  9.999999999999999e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0772  SMC domain protein  20.66 
 
 
961 aa  144  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00238509  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1246  SMC domain-containing protein  24.57 
 
 
1038 aa  140  1e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1443  ATPase for DNA repair  36.17 
 
 
1046 aa  134  9e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1031  SMC domain-containing protein  44.32 
 
 
1033 aa  132  4.0000000000000003e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  46.2 
 
 
1214 aa  120  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  45.91 
 
 
1214 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  44.65 
 
 
1213 aa  120  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  42.24 
 
 
910 aa  119  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  45.86 
 
 
1214 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  45.86 
 
 
1214 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  45.86 
 
 
1214 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  53.39 
 
 
1211 aa  118  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  45.86 
 
 
1214 aa  118  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  46.5 
 
 
1101 aa  118  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  53.39 
 
 
1211 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0982  SMC domain-containing protein  30.18 
 
 
906 aa  115  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  21.79 
 
 
1108 aa  114  1.0000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  27.38 
 
 
1088 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  26.55 
 
 
1085 aa  111  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  40.26 
 
 
1307 aa  109  2e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  40.26 
 
 
1303 aa  109  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0205  exonuclease SbcC  20.93 
 
 
1172 aa  107  8e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305096  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  36.94 
 
 
1223 aa  107  8e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  26.72 
 
 
1114 aa  107  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  40 
 
 
1238 aa  107  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  42.36 
 
 
1091 aa  106  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0673  SMC domain protein  25.04 
 
 
1116 aa  106  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00700495  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  41.38 
 
 
1346 aa  106  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0521  SMC domain protein  27.05 
 
 
1011 aa  106  2e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  41.67 
 
 
1091 aa  103  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4031  SMC domain-containing protein  34.63 
 
 
810 aa  103  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.515725  normal  0.378288 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  21.81 
 
 
852 aa  102  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  40.36 
 
 
1226 aa  100  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  41.78 
 
 
1226 aa  100  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  29.11 
 
 
1219 aa  99.8  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  34.13 
 
 
1308 aa  99  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2384  exonuclease SbcC  42.35 
 
 
1099 aa  98.2  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00297099  hitchhiker  0.00111486 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0205  SMC domain-containing protein  28.5 
 
 
1180 aa  97.8  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  38.85 
 
 
1230 aa  97.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  42.65 
 
 
1223 aa  96.7  2e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  25.67 
 
 
1047 aa  96.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>