225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0975 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0975  LamB/YcsF family protein  100 
 
 
250 aa  491  1e-138  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0323656  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  56.68 
 
 
252 aa  269  4e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  58.57 
 
 
254 aa  268  9e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4813  LamB/YcsF family protein  58.57 
 
 
254 aa  268  9e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.297543 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  58.57 
 
 
254 aa  268  9e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5327  LamB/YcsF family protein  57.32 
 
 
254 aa  266  3e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  56.91 
 
 
253 aa  260  1e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  56.28 
 
 
254 aa  258  5e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  54.69 
 
 
254 aa  257  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  57.14 
 
 
251 aa  256  2e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  55.1 
 
 
249 aa  256  3e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  58.3 
 
 
255 aa  254  8e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  53.44 
 
 
256 aa  253  2e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  53.44 
 
 
252 aa  252  5e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  53.23 
 
 
255 aa  252  5e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5927  LamB/YcsF family protein  55.14 
 
 
252 aa  251  5e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.286455  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  55.06 
 
 
254 aa  251  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1451  LamB/YcsF family protein  57.49 
 
 
252 aa  250  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  56.91 
 
 
250 aa  248  7e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6351  LamB/YcsF family protein  55.82 
 
 
254 aa  246  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  53.17 
 
 
254 aa  246  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0313  LamB/YcsF family protein  52.65 
 
 
249 aa  246  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09670  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  57.14 
 
 
253 aa  246  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673064  normal  0.33099 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2770  LamB/YcsF family protein  54.03 
 
 
299 aa  246  3e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00407074  hitchhiker  1.26458e-05 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  53.82 
 
 
257 aa  244  1e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  55.87 
 
 
252 aa  242  4e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  55.1 
 
 
301 aa  241  1e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  54.44 
 
 
251 aa  239  3e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3743  LamB/YcsF family protein  49.38 
 
 
250 aa  237  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.819674  normal  0.479135 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0870  LamB/YcsF family protein  53.88 
 
 
255 aa  231  8e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  54.72 
 
 
258 aa  231  8e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0193  LamB/YcsF family protein  48.15 
 
 
250 aa  230  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2905  LamB/YcsF family protein  48.56 
 
 
250 aa  229  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.493812 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3558  LamB/YcsF family protein  54.88 
 
 
255 aa  228  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455471  normal  0.87063 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  52.24 
 
 
252 aa  226  4e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0535  LamB/YcsF family protein  53.66 
 
 
256 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.884685  normal  0.0105482 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2113  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3370  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2978  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.8067  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3309  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  221  1e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.716241  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29760  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  52.94 
 
 
255 aa  220  2e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0447  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
262 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0264  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0974794  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0251  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  220  2e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0228  LamB/YcsF family protein  47.11 
 
 
254 aa  218  7e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3034  LamB/YcsF family protein  47.93 
 
 
254 aa  218  8e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.689834 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  47.54 
 
 
264 aa  216  2e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4365  LamB/YcsF family protein  45.45 
 
 
246 aa  215  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  53.06 
 
 
304 aa  214  8e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0096  LamB/YcsF family protein  50 
 
 
249 aa  214  1e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000523388 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6386  LamB/YcsF family protein  47.93 
 
 
254 aa  214  1e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.631285  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3058  LamB/YcsF family protein  47.93 
 
 
254 aa  213  2e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0249954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2425  LamB/YcsF family protein  47.93 
 
 
274 aa  213  2e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16977  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  45.97 
 
 
258 aa  213  2e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  42.91 
 
 
255 aa  213  2e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3039  LamB/YcsF family protein  47.93 
 
 
274 aa  213  2e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.596492  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2950  LamB/YcsF family protein  46.69 
 
 
254 aa  213  3e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.815554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3084  LamB/YcsF family protein  46.69 
 
 
254 aa  213  3e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0099  LamB/YcsF family protein  49.19 
 
 
255 aa  213  3e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0006  LamB/YcsF family protein  45.64 
 
 
242 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154728 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  46.28 
 
 
246 aa  208  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1228  LamB/YcsF family protein  45.31 
 
 
245 aa  208  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  46.28 
 
 
246 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0728  LamB/YcsF family protein  44.63 
 
 
244 aa  206  2e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190889  normal  0.45791 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2923  LamB/YcsF family protein  44.21 
 
 
244 aa  206  3e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.140615  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0803  LamB/YcsF family protein  43.8 
 
 
244 aa  205  5e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.179932  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1216  LamB/YcsF family protein  44.26 
 
 
245 aa  202  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.653039  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1098  LamB/YcsF family protein  41.08 
 
 
253 aa  202  4e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.248626  normal  0.159804 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2226  LamB/YcsF family protein  41.98 
 
 
254 aa  202  4e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0027  LamB/YcsF family protein  43.27 
 
 
247 aa  201  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.529091  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  40.73 
 
 
253 aa  201  8e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0630  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
244 aa  201  1e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  40.73 
 
 
253 aa  201  1e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  40.32 
 
 
253 aa  201  1e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  40.32 
 
 
253 aa  201  1e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00673  hypothetical protein  42.98 
 
 
244 aa  200  2e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00662  hypothetical protein  42.98 
 
 
244 aa  200  2e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0761  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
244 aa  200  2e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1257  LamB/YcsF family protein  43.67 
 
 
245 aa  200  2e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.187621  normal  0.809316 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0738  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
244 aa  200  2e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2942  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
244 aa  200  2e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  41.13 
 
 
253 aa  199  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1117  LamB/YcsF family protein  43.85 
 
 
245 aa  198  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.33292e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1169  LamB/YcsF family protein  43.85 
 
 
245 aa  198  7e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.36688e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  40.73 
 
 
253 aa  198  7e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3591  LamB/YcsF family protein  43.85 
 
 
245 aa  198  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  40.32 
 
 
253 aa  197  2e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2169  LamB/YcsF family protein  43.39 
 
 
247 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.514078  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0465  LamB/YcsF family protein  46.34 
 
 
261 aa  195  6e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  40.73 
 
 
254 aa  195  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  45.34 
 
 
255 aa  194  8e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  39.84 
 
 
253 aa  194  9e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0871  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
244 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.557987  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0008  LamB/YcsF family protein  42.37 
 
 
246 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  1.19793e-05 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0761  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
244 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1103  LamB/YcsF family protein  45.12 
 
 
255 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0380368  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2372  LamB/YcsF family protein  42.98 
 
 
247 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.839401 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2802  LamB/YcsF family protein  45.2 
 
 
273 aa  192  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.785043 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0774  LamB/YcsF family protein  42.56 
 
 
244 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.846244 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0822  LamB/YcsF family protein  42.15 
 
 
244 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0506032  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>