145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0442 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  100 
 
 
425 aa  852    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  76.04 
 
 
412 aa  566  1e-160  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  68.11 
 
 
408 aa  519  1e-146  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  68.11 
 
 
408 aa  519  1e-146  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  68.11 
 
 
408 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13744  ligase  68.61 
 
 
413 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  70.02 
 
 
425 aa  508  1e-143  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  69.35 
 
 
406 aa  495  1e-139  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  48.95 
 
 
394 aa  331  2e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  44.21 
 
 
424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  42.04 
 
 
412 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  41.26 
 
 
429 aa  304  2.0000000000000002e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  43.41 
 
 
420 aa  299  5e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  43.03 
 
 
415 aa  298  9e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  45.7 
 
 
410 aa  293  3e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  40.1 
 
 
418 aa  279  7e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  41.41 
 
 
418 aa  271  2e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  42.75 
 
 
416 aa  265  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  39.05 
 
 
411 aa  258  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  44.85 
 
 
421 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  41.12 
 
 
417 aa  254  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  38.21 
 
 
408 aa  189  7e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  31.61 
 
 
462 aa  179  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  29.89 
 
 
447 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.34 
 
 
452 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.57 
 
 
455 aa  173  5.999999999999999e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  30.43 
 
 
441 aa  172  9e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  34.3 
 
 
463 aa  169  1e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  29.17 
 
 
445 aa  165  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29 
 
 
445 aa  164  3e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.14 
 
 
449 aa  163  5.0000000000000005e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  31.45 
 
 
491 aa  159  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  33.03 
 
 
469 aa  159  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  32.67 
 
 
458 aa  152  8e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  26.62 
 
 
451 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  26.62 
 
 
451 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  29 
 
 
437 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  29 
 
 
437 aa  149  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  26.58 
 
 
443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  26.77 
 
 
446 aa  146  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  28.41 
 
 
437 aa  146  6e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  28.78 
 
 
448 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  28.78 
 
 
448 aa  146  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  29.91 
 
 
507 aa  145  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.27 
 
 
455 aa  144  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  32.56 
 
 
436 aa  144  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  28.79 
 
 
445 aa  144  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  34.06 
 
 
474 aa  144  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  29.91 
 
 
467 aa  143  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  29.75 
 
 
447 aa  143  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  26.81 
 
 
467 aa  142  8e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  31.56 
 
 
474 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  29.74 
 
 
476 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  29.67 
 
 
744 aa  139  7.999999999999999e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  27.91 
 
 
445 aa  136  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  26.07 
 
 
444 aa  133  5e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  28.38 
 
 
464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  31.29 
 
 
490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  30.23 
 
 
463 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  25.69 
 
 
446 aa  125  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  30.7 
 
 
466 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  27.46 
 
 
445 aa  124  5e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  29.87 
 
 
472 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  32.52 
 
 
430 aa  107  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  32.99 
 
 
456 aa  103  4e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  32.12 
 
 
429 aa  103  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  23.38 
 
 
470 aa  66.6  0.0000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1049  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  37.39 
 
 
466 aa  57.4  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148666  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1277  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.25 
 
 
466 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.396011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2456  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  28.8 
 
 
465 aa  55.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6176  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.71 
 
 
466 aa  55.1  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09480  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  30.5 
 
 
471 aa  54.3  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0452016  normal  0.0351394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0493  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.78 
 
 
460 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2645  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  27.11 
 
 
495 aa  51.6  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16560  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  35.29 
 
 
518 aa  50.8  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.351525  normal  0.0165029 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2103  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  28.39 
 
 
465 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.188407  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0690  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  28.39 
 
 
465 aa  50.8  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2192  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.07 
 
 
466 aa  50.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1111  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  29.41 
 
 
472 aa  50.1  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1992  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.28 
 
 
466 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00736654  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0779  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  27.97 
 
 
465 aa  49.3  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230521  normal  0.687569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2359  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.28 
 
 
454 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0150548 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0690  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  40.78 
 
 
462 aa  49.3  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255156  normal  0.240658 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2153  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  23.75 
 
 
461 aa  48.9  0.0002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.136521 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1335  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  28.81 
 
 
444 aa  48.9  0.0002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3523  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanyl ligase  25.69 
 
 
471 aa  48.9  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6976  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  23.83 
 
 
446 aa  48.9  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.282447  hitchhiker  0.0000349353 
 
 
-
 
NC_002978  WD0849  UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase  29.63 
 
 
509 aa  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.106849  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3396  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  34.82 
 
 
470 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.291122 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  28.67 
 
 
489 aa  48.1  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0589  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.84 
 
 
466 aa  47.8  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3669  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  33.05 
 
 
469 aa  47.8  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00445508  normal  0.10958 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4050  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.63 
 
 
469 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03262  D-alanine:D-alanine-adding enzyme  25.29 
 
 
469 aa  47.8  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17861  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  22.5 
 
 
469 aa  47  0.0006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.863899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5174  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  36.54 
 
 
455 aa  47  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2401  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  21.36 
 
 
455 aa  46.6  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0349  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  27.41 
 
 
487 aa  46.2  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.593739  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3005  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  31.52 
 
 
448 aa  45.8  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.113641  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3426  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.31 
 
 
471 aa  46.6  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.294637  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>