More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0228 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0228  ThiJ/PfpI domain protein  100 
 
 
313 aa  617  1e-176  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000506965  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3598  transcriptional regulator, AraC family  97.67 
 
 
313 aa  583  1e-165  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0167816  normal  0.0986203 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5129  transcriptional regulator, AraC family  47.12 
 
 
326 aa  231  1e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5650  AraC family transcriptional regulator  40.89 
 
 
337 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1180  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 
320 aa  219  4e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.688099  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0916  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 
335 aa  205  8e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0966  transcriptional regulator, AraC family  40.47 
 
 
354 aa  203  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252512 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5594  AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 
321 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5545  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 
320 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.7737  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5910  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 
320 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6286  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 
320 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6415  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 
320 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 
335 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 
323 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 
335 aa  137  3e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  29.34 
 
 
347 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.58985e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  28.57 
 
 
336 aa  134  2e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  37.88 
 
 
347 aa  133  4e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  37.37 
 
 
347 aa  132  1e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 
337 aa  129  7e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 
332 aa  128  2e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  2.78765e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 
330 aa  127  4e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.02 
 
 
331 aa  126  4e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 
342 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2856  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 
314 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 
341 aa  122  6e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  37.75 
 
 
330 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  30 
 
 
329 aa  117  2e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 
387 aa  116  5e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 
327 aa  115  8e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 
348 aa  114  2e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  26.98 
 
 
326 aa  112  6e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.6714e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  28.98 
 
 
335 aa  112  7e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 
320 aa  112  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1218  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 
323 aa  112  1e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 
285 aa  112  1e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 
332 aa  110  2e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 
312 aa  111  2e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  27.62 
 
 
325 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  28.75 
 
 
332 aa  110  4e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6981  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 
345 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0671274  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  24.32 
 
 
321 aa  109  7e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 
344 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6323  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 
345 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.879961  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1506  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 
345 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.570084  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0923  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 
331 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.147864  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 
369 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
346 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
343 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
346 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  36.36 
 
 
369 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
346 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1008  Fis family transcriptional regulator  32.36 
 
 
346 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.254492 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 
344 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  36.36 
 
 
374 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 
338 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 
322 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 
339 aa  107  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
333 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
342 aa  105  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 
322 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4495  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 
340 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  26.25 
 
 
324 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  33.21 
 
 
338 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.93 
 
 
326 aa  104  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  25.39 
 
 
337 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
322 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 
313 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  28.29 
 
 
331 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  25.42 
 
 
320 aa  103  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 
334 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  28.57 
 
 
330 aa  102  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 
326 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5829  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 
338 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 
326 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  34.78 
 
 
345 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  26.04 
 
 
322 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 
332 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 
338 aa  101  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 
341 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 
326 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8583  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 
331 aa  100  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.834372  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 
334 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 
333 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 
299 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  27.59 
 
 
331 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3774  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 
349 aa  99.4  7e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0964953  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 
334 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6986  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 
356 aa  99.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.667581  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 
337 aa  98.2  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3881  transcriptional regulator  29.39 
 
 
293 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 
334 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4834  transcriptional regulator  29.32 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0500  ThiJ/PfpI domain protein  30.28 
 
 
346 aa  98.6  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.262887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 
324 aa  98.6  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4748  transcriptional regulator  29.32 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.760248  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.94 
 
 
327 aa  98.2  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  30.53 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  30.23 
 
 
338 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.295801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>