More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0065 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_0065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
266 aa  530  1e-149  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305038  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.39 
 
 
295 aa  275  7e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.347777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 
269 aa  249  2e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654543  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6672  putative short-chain dehydrogenase/reductase  46.38 
 
 
264 aa  227  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.157918  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
256 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.965194  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3663  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
270 aa  221  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712953  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
258 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.236452 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
263 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
263 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.428856  normal  0.173588 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1294  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.99 
 
 
263 aa  219  3e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.625854  normal  0.126067 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3982  putative short-chain dehydrogenase/reductase  52.71 
 
 
270 aa  217  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0102992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 
263 aa  215  5.9999999999999996e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.542402  normal  0.392428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
269 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.52559  normal  0.660743 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.93 
 
 
266 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16720  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  48.31 
 
 
263 aa  210  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
264 aa  207  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.115187 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.98 
 
 
265 aa  202  5e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.12 
 
 
272 aa  202  6e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
263 aa  196  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2915  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.55 
 
 
318 aa  195  5.000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.718315  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.59 
 
 
264 aa  189  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
269 aa  181  1e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0863327  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
258 aa  177  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0109588  hitchhiker  0.00528047 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
258 aa  177  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.748  normal  0.0174696 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3939  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
266 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0544906  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
267 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.209869  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 
264 aa  174  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
263 aa  170  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
253 aa  145  5e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.561861  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
268 aa  125  9e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
263 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  37.34 
 
 
265 aa  118  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
285 aa  115  5e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.51 
 
 
274 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189012  normal  0.165554 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.69 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  33.83 
 
 
289 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
274 aa  109  6e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
280 aa  108  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  31.23 
 
 
300 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
285 aa  107  1e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
259 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
273 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
275 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0241632 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
269 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  30.86 
 
 
300 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
269 aa  106  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  28.75 
 
 
273 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 
276 aa  106  4e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 
246 aa  106  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  28.75 
 
 
273 aa  105  6e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
259 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
259 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
259 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
252 aa  105  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
259 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
291 aa  105  6e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0300911  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
280 aa  105  6e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  32.1 
 
 
300 aa  105  7e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
298 aa  104  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
271 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.224446 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
253 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
289 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
253 aa  103  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0816082  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
280 aa  103  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
254 aa  102  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  37.04 
 
 
258 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
258 aa  102  9e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  30.83 
 
 
300 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
260 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3487  short chain dehydrogenase  39.38 
 
 
259 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
260 aa  101  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0967231  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
260 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  33.33 
 
 
301 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  29.89 
 
 
304 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
252 aa  100  2e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
260 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  36.1 
 
 
277 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 
275 aa  100  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  33.58 
 
 
301 aa  99.8  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
258 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  31.65 
 
 
300 aa  99  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
258 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
276 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  27.56 
 
 
255 aa  99.4  6e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
269 aa  99  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.06 
 
 
253 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  33.95 
 
 
305 aa  98.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
252 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.98 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  32.85 
 
 
300 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.5 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
285 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  35.93 
 
 
301 aa  97.4  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>