More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3800 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3365  cysteinyl-tRNA synthetase  70.95 
 
 		 481 aa  722    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4174  cysteinyl-tRNA synthetase  74.9 
 
 		 494 aa  760    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.801152  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0404  cysteinyl-tRNA synthetase  64.83 
 
 		 487 aa  653    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.751484  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0057  cysteinyl-tRNA synthetase  71.34 
 
 		 485 aa  721    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3883  cysteinyl-tRNA synthetase  97.29 
 
 		 480 aa  969    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0031  cysteinyl-tRNA synthetase  63.84 
 
 		 493 aa  653    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.173028  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3800  cysteinyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 480 aa  997    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  60 
 
 		 481 aa  600  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1634  cysteinyl-tRNA synthetase  54.07 
 
 		 493 aa  553  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0430499 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1667  cysteinyl-tRNA synthetase  54.98 
 
 		 479 aa  537  1e-151  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.67425  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2571  cysteinyl-tRNA synthetase  53.33 
 
 		 461 aa  511  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00897166  hitchhiker  0.0000307026 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2051  cysteinyl-tRNA synthetase  53.44 
 
 		 461 aa  508  1e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0707347  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0482  cysteinyl-tRNA synthetase  52.26 
 
 		 485 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00357659 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2121  cysteinyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 485 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00371034  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3508  cysteinyl-tRNA synthetase  53.97 
 
 		 460 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1554  cysteinyl-tRNA synthetase  52.87 
 
 		 485 aa  502  1e-141  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0509  cysteinyl-tRNA synthetase  54.51 
 
 		 465 aa  504  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2253  cysteinyl-tRNA synthetase  50.53 
 
 		 465 aa  502  1e-141  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000105277  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1952  cysteinyl-tRNA synthetase  50.62 
 
 		 485 aa  504  1e-141  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.00515246  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1844  cysteinyl-tRNA synthetase  53.14 
 
 		 463 aa  501  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41360  cysteinyl-tRNA synthetase  53.56 
 
 		 460 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.490011 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0415  cysteinyl-tRNA synthetase  51.65 
 
 		 490 aa  502  1e-141  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.148475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1263  cysteinyl-tRNA synthetase  53.7 
 
 		 505 aa  498  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.227331  normal  0.0688568 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1735  cysteinyl-tRNA synthetase  51.88 
 
 		 460 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2737  cysteinyl-tRNA synthetase  49.37 
 
 		 466 aa  495  1e-139  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2424  cysteinyl-tRNA synthetase  49.48 
 
 		 466 aa  495  1e-139  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2110  cysteinyl-tRNA synthetase  54.2 
 
 		 460 aa  498  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000230638 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3742  cysteinyl-tRNA synthetase  51.46 
 
 		 460 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156882  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2249  cysteine--tRNA ligase  50.41 
 
 		 485 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000746597  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3638  cysteinyl-tRNA synthetase  52.09 
 
 		 460 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1842 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0500  cysteinyl-tRNA synthetase  52.93 
 
 		 455 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.996276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1166  cysteinyl-tRNA synthetase  51.97 
 
 		 461 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00193068  normal  0.0129624 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2065  cysteinyl-tRNA synthetase  49.59 
 
 		 468 aa  493  9.999999999999999e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00052706  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1221  cysteinyl-tRNA synthetase  51.98 
 
 		 459 aa  491  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000543718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0923  cysteinyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 456 aa  486  1e-136  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1881  cysteinyl-tRNA synthetase  48.85 
 
 		 464 aa  486  1e-136  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0936  cysteinyl-tRNA synthetase  51.25 
 
 		 460 aa  488  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1810  cysteinyl-tRNA synthetase  51.57 
 
 		 485 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0706644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0846  cysteinyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 466 aa  488  1e-136  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000447814  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2407  cysteinyl-tRNA synthetase  51.35 
 
 		 460 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0439107  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1791  cysteinyl-tRNA synthetase  52.61 
 
 		 459 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1012  cysteinyl-tRNA synthetase  50.21 
 
 		 468 aa  484  1e-135  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2786  cysteinyl-tRNA synthetase  51.14 
 
 		 460 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.401544  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1447  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 483 aa  482  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2905  cysteinyl-tRNA synthetase  50.94 
 
 		 460 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.242748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  50 
 
 		 466 aa  480  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2878  cysteinyl-tRNA synthetase  50.73 
 
 		 460 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.846571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0398  cysteinyl-tRNA synthetase  50.52 
 
 		 477 aa  478  1e-134  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000244083  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 		 461 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000973737  normal  0.0233858 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2566  cysteinyl-tRNA synthetase  51.87 
 
 		 461 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000164638  normal  0.0688617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2664  cysteinyl-tRNA synthetase  52.28 
 
 		 461 aa  480  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000406523  normal  0.136129 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2933  cysteinyl-tRNA synthetase  49.9 
 
 		 461 aa  478  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.395948  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003837  cysteinyl-tRNA synthetase  51.15 
 
 		 460 aa  478  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000455216  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2753  cysteinyl-tRNA synthetase  51.57 
 
 		 459 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000279239  normal  0.0782158 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1278  cysteinyl-tRNA synthetase  51.55 
 
 		 461 aa  477  1e-133  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1589  cysteinyl-tRNA synthetase  48.47 
 
 		 487 aa  475  1e-133  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.354492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3014  cysteinyl-tRNA synthetase  51.55 
 
 		 461 aa  477  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000439481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1538  cysteinyl-tRNA synthetase  50.73 
 
 		 459 aa  477  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.205032  hitchhiker  0.0027552 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0107  cysteinyl-tRNA synthetase  51.99 
 
 		 459 aa  478  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0530  cysteinyl-tRNA synthetase  49.79 
 
 		 460 aa  476  1e-133  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.474927  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  48.75 
 
 		 465 aa  478  1e-133  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000240351  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3324  cysteinyl-tRNA synthetase  48.13 
 
 		 470 aa  478  1e-133  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0251973  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  47.92 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0154063  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0089  cysteinyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0086  cysteinyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00483591  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0085  cysteinyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1487  cysteinyl-tRNA synthetase  51.45 
 
 		 461 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000012906  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0089  cysteinyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000157643  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0120  cysteinyl-tRNA synthetase  47.71 
 
 		 465 aa  472  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000252042  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1666  cysteinyl-tRNA synthetase  49.79 
 
 		 458 aa  473  1e-132  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.226197  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1624  cysteinyl-tRNA synthetase  51.15 
 
 		 459 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000105095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3152  cysteinyl-tRNA synthetase  51.35 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00287269  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23530  cysteinyl-tRNA synthetase  52.27 
 
 		 461 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0265  cysteinyl-tRNA synthetase  48.09 
 
 		 500 aa  473  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000351954  normal  0.0179812 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0537  cysteinyl-tRNA synthetase  48.25 
 
 		 485 aa  473  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1590  cysteinyl-tRNA synthetase  51.36 
 
 		 459 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000784367  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0100  cysteinyl-tRNA synthetase  48.12 
 
 		 465 aa  474  1e-132  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.67266e-60 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1940  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 462 aa  471  1.0000000000000001e-131  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1601  cysteinyl-tRNA synthetase  50.73 
 
 		 459 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000105927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3116  cysteinyl-tRNA synthetase  49.48 
 
 		 459 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000569576  decreased coverage  0.000000405781 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1271  cysteinyl-tRNA synthetase  49.48 
 
 		 456 aa  471  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1902  cysteinyl-tRNA synthetase  52.2 
 
 		 454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.478316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0084  cysteinyl-tRNA synthetase  47.5 
 
 		 465 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2865  cysteinyl-tRNA synthetase  48.36 
 
 		 462 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2498  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 459 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000158827  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2511  cysteinyl-tRNA synthetase  50.1 
 
 		 459 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000706228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1345  cysteinyl-tRNA synthetase  49.27 
 
 		 461 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164999  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2599  cysteinyl-tRNA synthetase  50.62 
 
 		 460 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00582653  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01842  cysteinyl-tRNA synthetase  50.52 
 
 		 460 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1270  cysteinyl-tRNA synthetase  49.27 
 
 		 456 aa  468  9.999999999999999e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1361  cysteinyl-tRNA synthetase  49.79 
 
 		 488 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1122  cysteinyl-tRNA synthetase  50.73 
 
 		 462 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189583  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2660  cysteinyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 461 aa  467  9.999999999999999e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0958679  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1084  cysteinyl-tRNA synthetase  49.27 
 
 		 454 aa  465  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.462524  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2684  cysteinyl-tRNA synthetase  50.73 
 
 		 459 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000025745  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0919  cysteinyl-tRNA synthetase  50.31 
 
 		 456 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0980  cysteinyl-tRNA synthetase  49.9 
 
 		 465 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1670  cysteinyl-tRNA synthetase  49.06 
 
 		 457 aa  464  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1003  cysteinyl-tRNA synthetase  49.48 
 
 		 488 aa  464  1e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3792  cysteinyl-tRNA synthetase  47.52 
 
 		 469 aa  461  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>