102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3603 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3603  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 304 aa  618  1e-176  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3712  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  88.82 
 
 		 304 aa  568  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1849  hypothetical protein  29.43 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.26456  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1044  hypothetical protein  30.32 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  32.93 
 
 		 264 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3076  lytic transglycosylase catalytic  30.4 
 
 		 777 aa  55.5  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.627553  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  29.66 
 
 		 271 aa  55.5  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  24.07 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2038  TPR repeat-containing protein  25.14 
 
 		 1024 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.144797 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  27.17 
 
 		 285 aa  54.3  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  28.81 
 
 		 271 aa  54.3  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1484  soluble lytic murein transglycosylase, putative  34.25 
 
 		 747 aa  52  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180895  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  25.21 
 
 		 322 aa  51.6  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3296  putative lipoprotein  26.23 
 
 		 289 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  32.22 
 
 		 229 aa  51.6  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2383  TPR domain-containing protein  25.66 
 
 		 245 aa  50.4  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.28487e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 312 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  32.26 
 
 		 259 aa  50.4  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 257 aa  50.1  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2006  putative lipoprotein  27.03 
 
 		 301 aa  49.7  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.47311 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  25.61 
 
 		 239 aa  49.7  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  26.73 
 
 		 261 aa  49.7  0.00006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  25 
 
 		 322 aa  49.3  0.00008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  25.7 
 
 		 288 aa  49.3  0.00009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  30.3 
 
 		 285 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  28.87 
 
 		 343 aa  49.3  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3384  putative lipoprotein  26.49 
 
 		 301 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.321347  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  27.06 
 
 		 248 aa  48.9  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2327  TPR repeat-containing protein  27.82 
 
 		 1023 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.930727  normal  0.708749 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2583  TPR repeat-containing protein  27.49 
 
 		 729 aa  47.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  22.29 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4038  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.57 
 
 		 302 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.890375  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  29.21 
 
 		 272 aa  47.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  26.61 
 
 		 265 aa  47.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0542  hypothetical protein  27.83 
 
 		 922 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348097  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2960  cellulose binding, type IV  26.83 
 
 		 952 aa  47.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  31.18 
 
 		 253 aa  47.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  31.25 
 
 		 268 aa  47.8  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  31.18 
 
 		 253 aa  46.6  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  33.33 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2208  Tol-Pal system YbgF  29.29 
 
 		 275 aa  46.6  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00178877  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  25.23 
 
 		 236 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  32.63 
 
 		 273 aa  46.2  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 265 aa  46.2  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5521  Tetratricopeptide repeat protein  30.3 
 
 		 607 aa  46.2  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0375374  normal  0.605341 
 
 
-
 
NC_002950  PG1215  lipoprotein protein, putative  29.27 
 
 		 270 aa  45.8  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.839375 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3430  tetratricopeptide domain-containing protein  26.63 
 
 		 258 aa  46.2  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  30.88 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  30.67 
 
 		 287 aa  45.4  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6164  hypothetical protein  26.14 
 
 		 297 aa  45.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0345463 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  28.41 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  25.51 
 
 		 279 aa  45.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  24.35 
 
 		 251 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1225  hypothetical protein  27.64 
 
 		 941 aa  45.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  32.98 
 
 		 243 aa  44.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  31.68 
 
 		 264 aa  45.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1517  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.38 
 
 		 1000 aa  44.3  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261003  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0501  putative lipoprotein  24.1 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2360  TPR repeat-containing protein  29.36 
 
 		 346 aa  43.9  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0361524  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 271 aa  43.9  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  27.22 
 
 		 302 aa  43.9  0.003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0073  DNA uptake lipoprotein-like  24.64 
 
 		 497 aa  44.3  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  27.11 
 
 		 283 aa  44.3  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0753  tol-pal system protein YbgF  32.38 
 
 		 258 aa  43.9  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000204373  normal  0.160376 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  25.58 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  25.58 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  27.68 
 
 		 222 aa  43.5  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1288  putative lipoprotein  23.63 
 
 		 325 aa  43.9  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.571416  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.63 
 
 		 248 aa  43.9  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  25.27 
 
 		 350 aa  43.5  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1816  hypothetical protein  24.11 
 
 		 321 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.18225  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2832  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  30 
 
 		 644 aa  43.5  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3014  putative lipoprotein  26.16 
 
 		 249 aa  43.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.6887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  25 
 
 		 249 aa  43.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3469  DNA uptake lipoprotein-like protein  24.71 
 
 		 264 aa  43.1  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627105  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0102  hypothetical protein  40.35 
 
 		 152 aa  43.1  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  36.49 
 
 		 263 aa  43.1  0.006  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1601  TPR repeat-containing protein  28.72 
 
 		 939 aa  42.7  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  24.11 
 
 		 252 aa  42.7  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1709  tol-pal system protein YbgF  30.36 
 
 		 267 aa  42.7  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000149068  decreased coverage  0.0000715536 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  27.96 
 
 		 249 aa  43.1  0.007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3586  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.85 
 
 		 1077 aa  42.7  0.007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  24.73 
 
 		 263 aa  42.7  0.008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  29.55 
 
 		 249 aa  42.7  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0263  tol-pal system protein YbgF  23.33 
 
 		 333 aa  42.7  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.067735 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0315  hypothetical protein  31.94 
 
 		 249 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00113686  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1229  TPR repeat-containing protein  24.53 
 
 		 1016 aa  42.4  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.748097  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0798  hypothetical protein  31.94 
 
 		 249 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00161054  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  23.59 
 
 		 287 aa  42.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0767  tol-pal system protein YbgF  31.94 
 
 		 249 aa  42.4  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0348274  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>