More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3557 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
297 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  97.64 
 
 
297 aa  598  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  67.13 
 
 
296 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  59.52 
 
 
295 aa  353  1e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  60.42 
 
 
296 aa  349  3e-95  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  53.82 
 
 
306 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  49.65 
 
 
295 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  38.46 
 
 
298 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  38.55 
 
 
301 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.2 
 
 
331 aa  141  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  37.5 
 
 
299 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  34.09 
 
 
352 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  33.45 
 
 
301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 
352 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  30.19 
 
 
578 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  35.38 
 
 
352 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.33 
 
 
311 aa  128  9.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.24 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.67 
 
 
319 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.13 
 
 
321 aa  127  3e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  31.36 
 
 
310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
240 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.65 
 
 
334 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  37.91 
 
 
239 aa  126  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.66 
 
 
306 aa  125  6e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  38.5 
 
 
239 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.24 
 
 
314 aa  124  1e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  29.69 
 
 
303 aa  125  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.19 
 
 
308 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.72 
 
 
313 aa  124  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  38.42 
 
 
249 aa  122  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 
325 aa  122  8e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.31 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  31.37 
 
 
541 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  39.57 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  34.33 
 
 
286 aa  120  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.5 
 
 
320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  32.14 
 
 
315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  33.85 
 
 
313 aa  119  7e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.63 
 
 
300 aa  119  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  36.98 
 
 
299 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  37.97 
 
 
224 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.43 
 
 
294 aa  118  9e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.84 
 
 
321 aa  119  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  34 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  30.39 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  35.53 
 
 
234 aa  118  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.3 
 
 
302 aa  118  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  30.48 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  29.82 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  33.46 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.06 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 
337 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  30.55 
 
 
318 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 
304 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  32.24 
 
 
320 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  32.55 
 
 
323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  34.22 
 
 
235 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.74 
 
 
343 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  32.53 
 
 
325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  30.6 
 
 
369 aa  116  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.45 
 
 
316 aa  116  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.19 
 
 
319 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.89 
 
 
320 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
296 aa  116  5e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  34.53 
 
 
234 aa  116  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.54 
 
 
325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  38.62 
 
 
304 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.65 
 
 
315 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.72 
 
 
330 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  30.56 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.37 
 
 
327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.36 
 
 
296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  31.89 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  30.88 
 
 
327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  29.81 
 
 
322 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.29 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.34 
 
 
298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  30.95 
 
 
323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  34.31 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  29.45 
 
 
304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.47 
 
 
391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 
305 aa  114  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  34.4 
 
 
304 aa  113  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
323 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  30.13 
 
 
323 aa  114  3e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.35 
 
 
325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1014  pseudouridine synthase  35.18 
 
 
229 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0896  pseudouridine synthase  34.01 
 
 
251 aa  113  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.925257 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  31.47 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  31.58 
 
 
320 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  33.08 
 
 
400 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  30.23 
 
 
327 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>