More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3534 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 304 aa  628  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3600  periplasmic solute binding protein  94.41 
 
 		 304 aa  580  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  58.04 
 
 		 316 aa  363  2e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  53.48 
 
 		 318 aa  334  7.999999999999999e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  53.16 
 
 		 326 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  53.02 
 
 		 333 aa  317  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1833  periplasmic solute binding protein  50.17 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.475081  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  36.72 
 
 		 317 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  34.39 
 
 		 318 aa  218  7.999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  37.01 
 
 		 309 aa  212  7e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  35.95 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  35.95 
 
 		 316 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  35.95 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  35.95 
 
 		 316 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  34.83 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  35.95 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  35.62 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  35.62 
 
 		 316 aa  202  7e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  35.29 
 
 		 316 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  34.41 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  34.53 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  34.43 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  33.44 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  36.33 
 
 		 333 aa  192  5e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.18 
 
 		 514 aa  192  6e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  33.33 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  33.12 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  33.96 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  34.49 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0580  periplasmic solute binding protein  33.84 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  32.59 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  32.59 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2791  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000435611  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  34.88 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0598  periplasmic solute binding protein  30.13 
 
 		 333 aa  172  5e-42  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0535  zinc ABC transporter, zinc-binding adhesion liprotein  31.27 
 
 		 506 aa  169  5e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0968782  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  30.72 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  33.98 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  32.98 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  31.12 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  31.62 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2190  periplasmic solute binding protein  33.11 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2343  periplasmic solute binding protein  34.83 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.04012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  32.98 
 
 		 312 aa  152  7e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  34.21 
 
 		 324 aa  152  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  30.21 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  35.35 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  31.83 
 
 		 313 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2419  zinc ABC transporter substrate-binding protein  30.72 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0902077  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2383  ABC transporter, substrate-binding protein  30.15 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  30.94 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  30.36 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2478  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.34 
 
 		 515 aa  148  9e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00360703  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2430  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.34 
 
 		 515 aa  148  9e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000562899  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.35 
 
 		 320 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  31.79 
 
 		 303 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  29.56 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  29.24 
 
 		 291 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  30.57 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  31.12 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  34.29 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  32.03 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0438  periplasmic solute binding protein  28.83 
 
 		 336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.801015  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2081  adhesion lipoprotein, putative  28.8 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.24614  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1938  adhesion lipoprotein  27.36 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  30.51 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  31.72 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  30.74 
 
 		 290 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2065  periplasmic solute binding protein  27.86 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  27.64 
 
 		 328 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  31.21 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  28.34 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  27.95 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  27.95 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1533  periplasmic solute binding protein  30.19 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.411014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  30.36 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  32.1 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  30.56 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  29.26 
 
 		 290 aa  136  5e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  30.89 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  27.21 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  28.05 
 
 		 339 aa  135  9e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  27.68 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  31.3 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0205  periplasmic solute binding protein  32.74 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767408  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  30.5 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  30.5 
 
 		 322 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  27.41 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1234  laminin-binding surface protein  29.89 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000444188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  30.16 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  33.06 
 
 		 314 aa  133  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  29.61 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0185  periplasmic solute binding protein  31.05 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  30.3 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  30.86 
 
 		 292 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  33.74 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.71 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>