More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3502 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1561  1A family penicillin-binding protein  66.36 
 
 		 662 aa  893    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  100 
 
 		 701 aa  1439    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1671  penicillin-binding protein 1A  65.38 
 
 		 693 aa  892    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.0000000000343648  normal  0.536303 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0389  penicillin-binding protein, 1A family  61.21 
 
 		 656 aa  772    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2430  1A family penicillin-binding protein  67.69 
 
 		 667 aa  919    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000145418  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3571  penicillin-binding protein, 1A family  92.21 
 
 		 744 aa  1284    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0080  1A family penicillin-binding protein  64.74 
 
 		 704 aa  870    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2100  1A family penicillin-binding protein  38.41 
 
 		 661 aa  423  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  38.73 
 
 		 649 aa  412  1e-114  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1300  penicillin-binding protein, 1A family  36.69 
 
 		 648 aa  412  1e-113  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.396458  hitchhiker  0.0031785 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0135  1A family penicillin-binding protein  37.44 
 
 		 646 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000146416  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  37.39 
 
 		 806 aa  404  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  38.59 
 
 		 761 aa  393  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  38.55 
 
 		 757 aa  385  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  38.64 
 
 		 618 aa  381  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3462  penicillin-binding protein, 1A family  37.61 
 
 		 681 aa  380  1e-104  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5467  penicillin-binding protein  37.4 
 
 		 683 aa  366  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0739  penicillin-binding protein, 1A family  35.99 
 
 		 668 aa  369  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1369  1A family penicillin-binding protein  37.44 
 
 		 765 aa  365  1e-99  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3352  penicillin-binding protein, 1A family  35.89 
 
 		 683 aa  365  2e-99  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00461101  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0214  penicillin-binding protein 1A  35.91 
 
 		 707 aa  364  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.560264 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5168  1A family penicillin-binding protein  35.79 
 
 		 683 aa  363  4e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5223  penicillin-binding protein  37.06 
 
 		 683 aa  363  6e-99  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5623  penicillin-binding protein  37.06 
 
 		 683 aa  363  6e-99  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5055  penicillin-binding protein  36.82 
 
 		 683 aa  363  8e-99  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1710  penicillin-binding protein 1A  35.95 
 
 		 905 aa  363  8e-99  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000352248  normal  0.214747 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2389  penicillin-binding protein, 1A family  36.41 
 
 		 727 aa  362  9e-99  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.390791  normal  0.221681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  39.68 
 
 		 734 aa  362  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5071  penicillin-binding protein  36.66 
 
 		 683 aa  362  1e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0242  1A family penicillin-binding protein  35.73 
 
 		 829 aa  362  2e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4779  1A family penicillin-binding protein  36.27 
 
 		 705 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.819685 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5504  penicillin-binding protein  36.5 
 
 		 683 aa  359  8e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  36.35 
 
 		 709 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  36.84 
 
 		 709 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5424  penicillin-binding protein 1A  36.35 
 
 		 709 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.122893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5553  penicillin-binding protein  36.74 
 
 		 683 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5453  penicillin-binding protein  36.58 
 
 		 683 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5322  1A family penicillin-binding protein  36.38 
 
 		 714 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  35.81 
 
 		 770 aa  357  5e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2820  penicillin-binding protein, 1A family  38.02 
 
 		 727 aa  357  5e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.727063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5497  penicillin-binding protein  36.58 
 
 		 683 aa  356  7.999999999999999e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  38.46 
 
 		 712 aa  355  1e-96  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2871  1A family penicillin-binding protein  36.03 
 
 		 860 aa  353  4e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3888  1A family penicillin-binding protein  36.16 
 
 		 683 aa  353  7e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.318045  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1948  1A family penicillin-binding protein  35.22 
 
 		 855 aa  352  8.999999999999999e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  35.36 
 
 		 648 aa  351  3e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3332  1A family penicillin-binding protein  36.24 
 
 		 714 aa  351  3e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.741858  hitchhiker  0.0086967 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  37.25 
 
 		 643 aa  350  4e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  37.25 
 
 		 643 aa  350  4e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  36.42 
 
 		 751 aa  350  5e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1646  1A family penicillin-binding protein  34.81 
 
 		 828 aa  350  7e-95  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.651104  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0339  1A family penicillin-binding protein  36.41 
 
 		 713 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0432  1A family penicillin-binding protein  36.41 
 
 		 713 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1773  1A family penicillin-binding protein  36.41 
 
 		 713 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2605  1A family penicillin-binding protein  35.87 
 
 		 853 aa  349  1e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1123  1A family penicillin-binding protein  36.24 
 
 		 713 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.438177  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1832  1A family penicillin-binding protein  36.24 
 
 		 713 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.421648  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0163  1A family penicillin-binding protein  32.73 
 
 		 713 aa  347  4e-94  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0832  1A family penicillin-binding protein  36.24 
 
 		 713 aa  347  4e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313161  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  36.67 
 
 		 778 aa  346  1e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  36.7 
 
 		 643 aa  343  5.999999999999999e-93  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  38.12 
 
 		 712 aa  342  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2648  penicillin-binding protein, 1A family  36.42 
 
 		 814 aa  342  1e-92  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.213317  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1109  peptidoglycan glycosyltransferase  32.86 
 
 		 795 aa  342  2e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000046818  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  37.46 
 
 		 654 aa  341  2.9999999999999998e-92  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  40.38 
 
 		 732 aa  340  4e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  40.78 
 
 		 723 aa  340  5e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3834  1A family penicillin-binding protein  35.29 
 
 		 861 aa  340  5e-92  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2011  penicillin-binding protein, 1A family  37.21 
 
 		 676 aa  338  9.999999999999999e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3673  penicillin-binding protein 1A  33.64 
 
 		 679 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.52133  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0597  penicillin-binding protein, 1A family  33.68 
 
 		 665 aa  337  2.9999999999999997e-91  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2145  1A family penicillin-binding protein  34.57 
 
 		 710 aa  338  2.9999999999999997e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  38.2 
 
 		 776 aa  337  3.9999999999999995e-91  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  36.11 
 
 		 827 aa  337  5e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3992  bifunctional peptidoglycan glycosyl transferase/transpeptidase  36.03 
 
 		 687 aa  336  7e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155009  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0301  1A family penicillin-binding protein  32.26 
 
 		 760 aa  336  7.999999999999999e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  39.25 
 
 		 734 aa  336  1e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  37.68 
 
 		 640 aa  335  1e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  37.73 
 
 		 730 aa  336  1e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  38.01 
 
 		 640 aa  335  1e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  37.56 
 
 		 763 aa  335  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  36.11 
 
 		 827 aa  335  2e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1892  penicillin-binding protein 1A  35.08 
 
 		 655 aa  333  7.000000000000001e-90  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477214  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0395  penicillin-binding protein, 1A family  38.06 
 
 		 709 aa  332  1e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.14301  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  39.31 
 
 		 720 aa  332  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  38.68 
 
 		 739 aa  330  4e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2308  penicillin-binding protein 1A  36.63 
 
 		 761 aa  329  8e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0308818  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  36.95 
 
 		 757 aa  329  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1010  penicillin-binding protein, 1A family  37.89 
 
 		 710 aa  329  1.0000000000000001e-88  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2797  penicillin-binding protein, 1A family  37.48 
 
 		 677 aa  328  2.0000000000000001e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2885  penicillin-binding protein, 1A family  35.33 
 
 		 705 aa  328  2.0000000000000001e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.060613  normal  0.0841224 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  36.91 
 
 		 881 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  34.06 
 
 		 774 aa  328  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1421  penicillin-binding protein, 1A family  35.08 
 
 		 801 aa  327  4.0000000000000003e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  39.18 
 
 		 824 aa  327  7e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  38.5 
 
 		 735 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  37.61 
 
 		 691 aa  325  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  33.75 
 
 		 811 aa  324  4e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  37.23 
 
 		 720 aa  323  6e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0048  succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein subunit  32.85 
 
 		 642 aa  323  7e-87  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>