More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3415 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  100 
 
 		 322 aa  649    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  97.2 
 
 		 322 aa  631  1e-180  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  77.95 
 
 		 322 aa  510  1e-143  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  75.94 
 
 		 322 aa  502  1e-141  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  74.53 
 
 		 322 aa  489  1e-137  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2277  Polyprenyl synthetase  70.62 
 
 		 322 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2007  trans-hexaprenyltranstransferase  72.98 
 
 		 322 aa  459  9.999999999999999e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00197396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1983  octaprenyl diphosphate synthase  53.44 
 
 		 322 aa  341  9e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.977315  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1586  trans-hexaprenyltranstransferase  50.78 
 
 		 323 aa  310  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  49.53 
 
 		 322 aa  295  8e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2950  farnesyltranstransferase  46.91 
 
 		 360 aa  292  6e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530131  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3354  trans-hexaprenyltranstransferase  46.2 
 
 		 331 aa  291  9e-78  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00431304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  48.11 
 
 		 325 aa  291  1e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3448  polyprenyl synthetase  44.69 
 
 		 341 aa  288  8e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142936 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  46.67 
 
 		 322 aa  287  2e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  47.47 
 
 		 325 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  46.82 
 
 		 322 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  46.71 
 
 		 334 aa  285  5.999999999999999e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0658  polyprenyl synthetase  49.21 
 
 		 341 aa  285  9e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.586121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  47.28 
 
 		 322 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  46.82 
 
 		 322 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  47.47 
 
 		 322 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  46.96 
 
 		 322 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  46.96 
 
 		 322 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  46.18 
 
 		 322 aa  282  5.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3107  polyprenyl synthetase  47.17 
 
 		 325 aa  282  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1432  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 344 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  44.06 
 
 		 345 aa  281  9e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  45 
 
 		 320 aa  281  9e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  45.31 
 
 		 335 aa  280  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  46.65 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2517  Polyprenyl synthetase  48.49 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2899  octaprenyl-diphosphate synthase  48.49 
 
 		 322 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  47.15 
 
 		 325 aa  280  3e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  46.84 
 
 		 322 aa  278  1e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0855  polyprenyl synthetase  45.43 
 
 		 336 aa  277  1e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  45.89 
 
 		 323 aa  278  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0487  trans-hexaprenyltranstransferase  45.94 
 
 		 335 aa  276  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2004  Trans-hexaprenyltranstransferase  45.31 
 
 		 322 aa  276  4e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0410  polyprenyl synthetase family protein  46.31 
 
 		 328 aa  275  5e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3301  Polyprenyl synthetase  43.17 
 
 		 351 aa  276  5e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.470384 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0340  trans-hexaprenyltranstransferase  47.13 
 
 		 321 aa  276  5e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104163  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  46.23 
 
 		 323 aa  275  6e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 370 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  45.6 
 
 		 323 aa  275  8e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  47.65 
 
 		 337 aa  275  8e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  275  8e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  45.74 
 
 		 358 aa  275  8e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  45.91 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  45.91 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_004310  BR0401  polyprenyl synthetase family protein  45.97 
 
 		 340 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2592  polyprenyl synthetase  43.75 
 
 		 336 aa  274  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.114773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  46.5 
 
 		 322 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  45.77 
 
 		 334 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5347  polyprenyl synthetase  44.06 
 
 		 339 aa  273  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.960617 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3215  farnesyltranstransferase  43.75 
 
 		 336 aa  273  3e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.153645  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0514  trans-hexaprenyltranstransferase  42.5 
 
 		 337 aa  273  3e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  45.71 
 
 		 343 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  45.94 
 
 		 323 aa  272  6e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2349  octaprenyl diphosphate synthase  43.12 
 
 		 336 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0519  polyprenyl synthetase  45.64 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0458  polyprenyl synthetase  45.71 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.480075 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2220  trans-hexaprenyltranstransferase  46.01 
 
 		 322 aa  271  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000307661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  46.08 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2470  polyprenyl synthetase  44.48 
 
 		 333 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.870364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  44.59 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  45.37 
 
 		 313 aa  270  2.9999999999999997e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1115  Polyprenyl synthetase  43.35 
 
 		 337 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3742  farnesyltranstransferase  45.25 
 
 		 336 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.326793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  44.13 
 
 		 322 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  45.91 
 
 		 323 aa  269  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  46.25 
 
 		 330 aa  269  4e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02016  polyprenyl synthetase  44.44 
 
 		 332 aa  269  4e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2406  trans-hexaprenyltranstransferase  44.16 
 
 		 333 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.463272  normal  0.792362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1849  trans-hexaprenyltranstransferase  45.17 
 
 		 323 aa  269  5e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0750  geranylgeranyl pyrophosphate synthase/polyprenyl synthetase  44.16 
 
 		 333 aa  269  5e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  44.97 
 
 		 323 aa  269  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0711  polyprenyl synthetase  42.9 
 
 		 338 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0498261  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1232  Polyprenyl synthetase  42.19 
 
 		 336 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0722  polyprenyl synthetase  42.22 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.197048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  44.97 
 
 		 323 aa  267  1e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1088  farnesyltranstransferase  41.88 
 
 		 336 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1353  farnesyltranstransferase  43.99 
 
 		 337 aa  267  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.350614  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  44.97 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  45.94 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  45.65 
 
 		 333 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  46.56 
 
 		 323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  45.89 
 
 		 330 aa  266  4e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  45.89 
 
 		 330 aa  266  5e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1214  farnesyltranstransferase  41.88 
 
 		 336 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3072  octaprenyl-diphosphate synthase  47.94 
 
 		 334 aa  265  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.436808  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>