More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3394 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0080  protease degQ  67.58 
 
 
471 aa  653  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0879  protease Do  68.78 
 
 
476 aa  673  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.81376e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3457  protease Do  97.48 
 
 
476 aa  937  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3437  peptidase S1C, Do  68.7 
 
 
472 aa  659  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3394  protease Do  100 
 
 
476 aa  960  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0792545  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3198  protease Do  60.04 
 
 
474 aa  554  1e-156  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2948  serine endoprotease  49.79 
 
 
478 aa  449  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0484  2-alkenal reductase  60.37 
 
 
388 aa  449  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.48342e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0228  protease Do  50.23 
 
 
457 aa  400  1e-110  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  50.34 
 
 
476 aa  399  1e-110  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4295  protease Do  45.51 
 
 
466 aa  389  1e-107  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.36052e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3362  peptidase S1C, Do  49.56 
 
 
464 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.6609e-07  decreased coverage  0.00312332 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0244  protease Do  50.46 
 
 
458 aa  389  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0117444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0331  trypsin domain/PDZ domain-containing protein  44.47 
 
 
464 aa  374  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00109847  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3083  trypsin-like serine protease  47.71 
 
 
462 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2005  protease Do  44.34 
 
 
475 aa  350  3e-95  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2815  protease Do  43.95 
 
 
485 aa  344  2e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.351815  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0837  protease Do  43.24 
 
 
476 aa  339  6e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0905  protease Do  41.42 
 
 
502 aa  334  2e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2139  peptidase S1C, Do  42.89 
 
 
479 aa  334  3e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0865536  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  43.46 
 
 
473 aa  333  3e-90  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0999  protease Do  44.84 
 
 
461 aa  330  2e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1565  protease Do  41.63 
 
 
502 aa  329  5e-89  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  9.01531e-09  hitchhiker  0.00330598 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0715  protease Do  43.24 
 
 
500 aa  328  1e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00445387  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1087  protease Do  42.6 
 
 
477 aa  328  2e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.386741  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0308  protease Do  45.52 
 
 
481 aa  327  2e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.582048 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1611  protease Do  43.88 
 
 
482 aa  327  3e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.4051  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1749  peptidase S1C, Do  41.85 
 
 
473 aa  325  9e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4753  serine protease MucD precursor  44.04 
 
 
474 aa  324  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249411  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54390  serine protease MucD precursor  43.97 
 
 
474 aa  321  2e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1208  protease Do  41.76 
 
 
475 aa  321  2e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0118678  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0984  protease Do  41.07 
 
 
485 aa  320  3e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1855  protease Do  41.5 
 
 
504 aa  319  9e-86  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.19147  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1070  protease Do  43.68 
 
 
479 aa  319  9e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0040  protease Do  43.15 
 
 
484 aa  318  1e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1430  protease Do  43.88 
 
 
492 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2174  protease Do  42.92 
 
 
490 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.281026 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4291  protease Do  43.88 
 
 
477 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2091  peptidase S1C, Do  43.89 
 
 
464 aa  318  2e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2811  serine protease, MucD  42.61 
 
 
502 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1793  serine protease, MucD  42.61 
 
 
502 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.455589  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4242  peptidase S1C, Do  41.85 
 
 
500 aa  317  3e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2470  serine protease, MucD  42.61 
 
 
502 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1010  protease Do  42.33 
 
 
499 aa  317  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.644369  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2898  peptidase  42.61 
 
 
485 aa  316  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0210  serine protease  43.14 
 
 
497 aa  317  4e-85  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.187881  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2783  Do family protease  42.61 
 
 
502 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.96749  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2845  Do family protease  42.61 
 
 
502 aa  317  4e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0539  serine protease, MucD  42.61 
 
 
461 aa  316  5e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.794345  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1006  protease Do  42.33 
 
 
499 aa  315  8e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.836835  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0650  peptidase S1C, Do  42.24 
 
 
498 aa  315  1e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1130  protease Do  42.24 
 
 
498 aa  315  1e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1088  protease Do  42.24 
 
 
498 aa  315  1e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.648763  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1102  protease Do  42.79 
 
 
469 aa  315  1e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.432426  normal  0.334771 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3170  peptidase S1C, Do  42.54 
 
 
515 aa  314  3e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963921  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4377  protease Do  43.43 
 
 
477 aa  313  3e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.937074  normal  0.327825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0943  protease Do  42.66 
 
 
491 aa  313  3e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.250261  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1773  protease Do  42 
 
 
489 aa  313  4e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  2.25032e-08  hitchhiker  0.000850393 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2956  protease Do  45.41 
 
 
472 aa  313  5e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.60419e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1726  serine protease, MucD  42.61 
 
 
485 aa  313  6e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1365  peptidase S1C, Do  44.17 
 
 
482 aa  311  1e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0859447  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2461  protease Do  41.46 
 
 
487 aa  312  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.282198 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  41.33 
 
 
481 aa  309  6e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7809  serine protease do-like precursor  43.3 
 
 
473 aa  309  8e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0707872  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2343  protease DO  39.82 
 
 
465 aa  308  1e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0682  protease Do  41.65 
 
 
494 aa  308  1e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.160737  normal  0.370456 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1673  protease Do  41.7 
 
 
505 aa  308  2e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0684799  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5947  peptidase S1C, Do  41.26 
 
 
494 aa  308  2e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1467  peptidase S1C, Do  40.51 
 
 
499 aa  308  2e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.441743  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5274  protease Do  41.34 
 
 
501 aa  308  2e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1628  peptidase S1C, Do  40 
 
 
478 aa  307  3e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0530  protease Do  42.69 
 
 
457 aa  306  4e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0494  peptidase S1C, Do  41.86 
 
 
506 aa  306  4e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2536  protease Do  41.99 
 
 
494 aa  306  4e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.483569  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0763  protease Do  40.57 
 
 
501 aa  306  5e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0355  serine protease  40.04 
 
 
493 aa  306  5e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459558  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1726  protease Do  42.29 
 
 
513 aa  306  6e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618401  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1471  protease Do  42.35 
 
 
474 aa  306  6e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1999  protease Do  40.27 
 
 
506 aa  306  6e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0697759  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2645  protease Do  41.26 
 
 
493 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3955  peptidase S1, chymotrypsin:PDZ/DHR/GLGF  42.35 
 
 
481 aa  306  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2616  protease Do  41.26 
 
 
493 aa  306  7e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2024  peptidase S1C, Do  42.6 
 
 
473 aa  306  8e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115837  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1782  protease Do  41.31 
 
 
498 aa  305  1e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2663  protease Do  41.26 
 
 
494 aa  305  1e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2006  peptidase S1C, Do  40.99 
 
 
493 aa  305  1e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1467  serine protease, MucD  42.89 
 
 
473 aa  305  1e-81  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.627151  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2161  protease Do  41.21 
 
 
524 aa  304  2e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0871  protease Do  41.14 
 
 
500 aa  304  2e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3598  protease Do  40.95 
 
 
451 aa  303  3e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133395  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1952  protease Do  41.67 
 
 
473 aa  303  4e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.151255  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0610  serine protease  41.38 
 
 
513 aa  303  4e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  39.15 
 
 
480 aa  303  4e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2953  2-alkenal reductase  41.41 
 
 
460 aa  303  4e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0837  protease Do  40.94 
 
 
502 aa  303  4e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0676  peptidase Do  40.41 
 
 
450 aa  303  4e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.30411  hitchhiker  0.00175979 
 
 
-
 
NC_004310  BR0611  serine protease  41.38 
 
 
513 aa  303  4e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2733  protease do precursor  40.22 
 
 
501 aa  303  6e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0138399  normal  0.054673 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4221  serine protease, MucD  41.87 
 
 
479 aa  302  7e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.560498  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3271  peptidase Do  40.41 
 
 
450 aa  302  8e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.137957  hitchhiker  0.000509076 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>