More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3387 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 557 aa  1138    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  59.12 
 
 		 600 aa  673    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  93.9 
 
 		 557 aa  1082    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  49.21 
 
 		 570 aa  525  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  40.07 
 
 		 569 aa  391  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  40.53 
 
 		 584 aa  363  3e-99  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  37.91 
 
 		 583 aa  358  9.999999999999999e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  40.36 
 
 		 590 aa  330  4e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  38.79 
 
 		 590 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  38.06 
 
 		 575 aa  326  8.000000000000001e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  33.99 
 
 		 559 aa  320  3e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  34.18 
 
 		 559 aa  318  1e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  37.35 
 
 		 656 aa  317  4e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  34.7 
 
 		 562 aa  301  2e-80  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  34.27 
 
 		 583 aa  294  3e-78  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  36.73 
 
 		 581 aa  290  7e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  31.37 
 
 		 535 aa  246  6e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  30.19 
 
 		 502 aa  238  2e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  32.3 
 
 		 552 aa  236  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  32.39 
 
 		 524 aa  229  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  32.92 
 
 		 505 aa  228  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  29.96 
 
 		 504 aa  226  8e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  33.79 
 
 		 536 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  31.4 
 
 		 504 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.42 
 
 		 551 aa  215  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  37.3 
 
 		 623 aa  212  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  32.73 
 
 		 530 aa  212  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  32.93 
 
 		 530 aa  211  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  30.99 
 
 		 624 aa  211  4e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  31.13 
 
 		 589 aa  203  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  30.43 
 
 		 622 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  30.88 
 
 		 625 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  30.99 
 
 		 609 aa  189  8e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  32.31 
 
 		 490 aa  188  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 		 616 aa  176  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.3742100000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 646 aa  151  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 		 625 aa  136  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32 
 
 		 564 aa  128  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.73 
 
 		 518 aa  127  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  30.85 
 
 		 554 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.25 
 
 		 674 aa  123  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.34 
 
 		 556 aa  123  8e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  29.1 
 
 		 473 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 		 669 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.22 
 
 		 502 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 		 472 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  31.38 
 
 		 564 aa  114  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 472 aa  114  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.27 
 
 		 484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  29.4 
 
 		 494 aa  110  6e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  29.67 
 
 		 494 aa  110  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.78 
 
 		 472 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  25.72 
 
 		 563 aa  110  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.99 
 
 		 512 aa  109  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 		 521 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.76 
 
 		 677 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 		 473 aa  108  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.94 
 
 		 494 aa  105  2e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.94 
 
 		 494 aa  105  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.99 
 
 		 459 aa  105  3e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.96 
 
 		 520 aa  105  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.87 
 
 		 459 aa  105  3e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 		 475 aa  105  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.05 
 
 		 473 aa  104  4e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  24.55 
 
 		 468 aa  104  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 520 aa  104  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3382  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.05 
 
 		 473 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  25.77 
 
 		 501 aa  103  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  25.19 
 
 		 476 aa  103  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  28.57 
 
 		 459 aa  103  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 533 aa  102  3e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  26.43 
 
 		 524 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.89 
 
 		 489 aa  101  4e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  28.62 
 
 		 437 aa  100  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  31.85 
 
 		 598 aa  100  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.41 
 
 		 609 aa  100  9e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  27.62 
 
 		 529 aa  100  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.92 
 
 		 506 aa  99  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.73 
 
 		 516 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  27.3 
 
 		 864 aa  98.2  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  29.67 
 
 		 487 aa  98.2  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  22.14 
 
 		 545 aa  97.8  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 		 723 aa  97.1  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  23.63 
 
 		 475 aa  96.3  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 484 aa  96.7  1e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.77 
 
 		 490 aa  95.9  2e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.76 
 
 		 506 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.42 
 
 		 461 aa  95.5  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.81 
 
 		 681 aa  95.9  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  22.73 
 
 		 475 aa  95.1  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 		 472 aa  95.1  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.76 
 
 		 506 aa  94.4  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  25.85 
 
 		 486 aa  94.4  6e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 		 513 aa  94  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.47 
 
 		 612 aa  94  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.08 
 
 		 478 aa  94  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  24.78 
 
 		 476 aa  93.6  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 		 472 aa  93.6  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.1 
 
 		 515 aa  93.2  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 		 471 aa  92.4  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>