More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3316 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  98.52 
 
 
337 aa  661    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
337 aa  671    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  89.94 
 
 
338 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  85.8 
 
 
338 aa  581  1.0000000000000001e-165  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  84.82 
 
 
338 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  85.5 
 
 
338 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2321  Holliday junction DNA helicase RuvB  84.02 
 
 
338 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0801363  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.67 
 
 
341 aa  508  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  70 
 
 
352 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.6 
 
 
345 aa  476  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.84 
 
 
339 aa  475  1e-133  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.7 
 
 
357 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.7 
 
 
357 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.7 
 
 
357 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12310  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.37 
 
 
342 aa  468  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0273996  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.69 
 
 
355 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.47 
 
 
347 aa  464  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.96 
 
 
354 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.09 
 
 
351 aa  465  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.79 
 
 
363 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0182  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.73 
 
 
330 aa  462  1e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.107724  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.38 
 
 
358 aa  462  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.26 
 
 
355 aa  462  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.69 
 
 
334 aa  461  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.29 
 
 
343 aa  458  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.69 
 
 
334 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.23 
 
 
353 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.71 
 
 
353 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.65 
 
 
350 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2104  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.59 
 
 
334 aa  457  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.39 
 
 
334 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.39 
 
 
334 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.09 
 
 
334 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.79 
 
 
352 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1820  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.59 
 
 
336 aa  456  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0486722  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.21 
 
 
334 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.82 
 
 
336 aa  456  1e-127  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1796  Holliday junction DNA helicase subunit RuvB  69.42 
 
 
341 aa  455  1e-127  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000827733 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.04 
 
 
335 aa  457  1e-127  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1662  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.75 
 
 
344 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.280554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
352 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.17 
 
 
334 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.59 
 
 
334 aa  451  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 
348 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.37 
 
 
345 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 
348 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.29 
 
 
353 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.96 
 
 
340 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.78 
 
 
334 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.59 
 
 
334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.56 
 
 
336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.59 
 
 
334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.48 
 
 
334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4201  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.99 
 
 
348 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.564106  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.48 
 
 
334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 
348 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.28 
 
 
336 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.78 
 
 
334 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.09 
 
 
361 aa  452  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4505  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.26 
 
 
333 aa  447  1e-125  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00121958  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4500  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.26 
 
 
541 aa  449  1e-125  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000049576 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.88 
 
 
356 aa  448  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4315  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.26 
 
 
336 aa  449  1e-125  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0417721  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4153  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.26 
 
 
336 aa  448  1e-125  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000576232  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4164  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.26 
 
 
336 aa  448  1e-125  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000669292  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.05 
 
 
336 aa  451  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.05 
 
 
336 aa  451  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.48 
 
 
341 aa  450  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3774  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.48 
 
 
356 aa  448  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4554  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.26 
 
 
333 aa  447  1e-125  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4650  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.26 
 
 
333 aa  448  1e-125  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000830982  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 
355 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.55 
 
 
344 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0607  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.79 
 
 
354 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.655719 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0205  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  447  1e-125  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.47 
 
 
338 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.26 
 
 
336 aa  451  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0581  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.79 
 
 
355 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.95 
 
 
336 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.17 
 
 
356 aa  449  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0688  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  447  1e-125  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.77 
 
 
363 aa  449  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0655  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  447  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2696  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.58 
 
 
355 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229917  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3137  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.57 
 
 
333 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000701371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.17 
 
 
338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.26 
 
 
336 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3366  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.18 
 
 
356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.99 
 
 
354 aa  445  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.48 
 
 
334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>