More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3260 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0990  chorismate mutase  98.61 
 
 		 359 aa  729    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3260  chorismate mutase  100 
 
 		 359 aa  740    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1462  prephenate dehydratase  77.93 
 
 		 358 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000293484  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2608  chorismate mutase/prephenate dehydratase  77.37 
 
 		 358 aa  565  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0862  prephenate dehydratase / chorismate mutase  76.26 
 
 		 368 aa  566  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1345  chorismate mutase  71.59 
 
 		 359 aa  527  1e-149  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2150  chorismate mutase  68.16 
 
 		 358 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1887  chorismate mutase-P and prephenate dehydratase  62.75 
 
 		 360 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000192693  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0801  chorismate mutase  47.62 
 
 		 359 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1418  chorismate mutase/prephenate dehydratase  48.34 
 
 		 362 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3039  chorismate mutase  46.72 
 
 		 355 aa  332  8e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1950  prephenate dehydratase  46.5 
 
 		 366 aa  332  8e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0897  chorismate mutase/prephenate dehydratase  46.88 
 
 		 358 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.255743  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1019  chorismate mutase  46.88 
 
 		 358 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.789998  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1538  chorismate mutase  48.33 
 
 		 362 aa  329  4e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2166  chorismate mutase / prephenate dehydratase  45.45 
 
 		 373 aa  326  5e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178196  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0121  prephenate dehydratase  44.89 
 
 		 356 aa  325  9e-88  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0926  chorismate mutase / prephenate dehydratase  47.34 
 
 		 367 aa  323  4e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0176  chorismate mutase / prephenate dehydratase  48.59 
 
 		 368 aa  320  1.9999999999999998e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000165847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2575  prephenate dehydratase  44.6 
 
 		 382 aa  320  3e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0965398  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0174  chorismate mutase  44.01 
 
 		 361 aa  317  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0716  prephenate dehydratase / chorismate mutase  44.32 
 
 		 387 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1244  prephenate dehydratase / chorismate mutase  44.23 
 
 		 371 aa  317  2e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0482068  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1207  chorismate mutase  43.94 
 
 		 371 aa  316  3e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.196084  normal  0.0297935 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1313  chorismate mutase  43.66 
 
 		 359 aa  315  8e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.21838e-16 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0495  chorismate mutase  44.23 
 
 		 359 aa  315  8e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0778684  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3022  chorismate mutase  45.22 
 
 		 360 aa  314  9.999999999999999e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.123559  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1850  prephenate dehydratase  43.89 
 
 		 364 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0140857  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0845  chorismate mutase  44.09 
 
 		 371 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0602148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0774  chorismate mutase  44.09 
 
 		 371 aa  312  5.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.561025  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1635  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.89 
 
 		 360 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1963  chorismate mutase  42.15 
 
 		 365 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2885  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.629426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0198  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0432  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2997  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0950  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2948  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.457884  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2723  chorismate mutase  42.49 
 
 		 381 aa  309  5.9999999999999995e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2575  chorismate mutase/prephenate dehydratase  44.32 
 
 		 360 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1023  chorismate mutase  46.09 
 
 		 365 aa  308  9e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3645  chorismate mutasea  43.06 
 
 		 364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0734175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1641  prephenate dehydratase  41.88 
 
 		 356 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00696734  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1360  chorismate mutase  43.33 
 
 		 364 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0302882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3945  chorismate mutase  43.06 
 
 		 364 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.117888  normal  0.0191313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23280  chorismate mutase  41.6 
 
 		 365 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.110273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1769  chorismate mutase  43.06 
 
 		 367 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653886  normal  0.431896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1747  chorismate mutase/prephenate dehydratase  42.78 
 
 		 364 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0966339  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6846  chorismate mutase  42.98 
 
 		 397 aa  305  7e-82  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235672 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0904  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydratase  43.77 
 
 		 371 aa  304  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4076  prephenate dehydratase  42.78 
 
 		 364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000787581  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1376  chorismate mutase  42.86 
 
 		 364 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00716  P-protein  44.35 
 
 		 402 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00262272  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0568  chorismate mutase  47.18 
 
 		 362 aa  303  3.0000000000000004e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0741  chorismate mutase  43.18 
 
 		 360 aa  299  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2192  chorismate mutase  42.94 
 
 		 355 aa  297  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15830  chorismate mutase  42.7 
 
 		 365 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351764  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0336  chorismate mutase  41.8 
 
 		 419 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0977  prephenate dehydratase / chorismate mutase  44.03 
 
 		 360 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.23904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1442  chorismate mutase  43.5 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.105369  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2147  prephenate dehydratase  42.66 
 
 		 373 aa  296  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.707843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1336  chorismate mutase  41.73 
 
 		 413 aa  295  6e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0116  chorismate mutase  42.37 
 
 		 377 aa  295  7e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2539  chorismate mutase  43.66 
 
 		 399 aa  295  8e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.409768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0951  chorismate mutase / prephenate dehydratase  42.17 
 
 		 365 aa  295  8e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.356586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1497  P-protein (prephenate dehydratase / chorismate mutase)  43.22 
 
 		 374 aa  295  9e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.554673  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3006  chorismate mutase  43.75 
 
 		 360 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.224868  normal  0.0525817 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2475  chorismate mutase  41.88 
 
 		 391 aa  293  2e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.248764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1250  chorismate mutase  42.27 
 
 		 382 aa  292  6e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149804  normal  0.0219371 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1232  prephenate dehydratase  43.54 
 
 		 363 aa  291  9e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.964016 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2858  chorismate mutase  43.21 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.42066  hitchhiker  0.0000000270068 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3487  prephenate dehydratase  39.77 
 
 		 379 aa  291  2e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1186  prephenate dehydratase  42.23 
 
 		 393 aa  289  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.343107 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1749  prephenate dehydratase  41.26 
 
 		 418 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4156  prephenate dehydratase / chorismate mutase  43.18 
 
 		 360 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1193  chorismate mutase  39.61 
 
 		 366 aa  286  4e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1204  chorismate mutase  42.23 
 
 		 393 aa  286  4e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.973222  normal  0.768195 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1792  chorismate mutase / prephenate dehydratase  42.66 
 
 		 360 aa  285  8e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027177 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0009  chorismate mutase  41.14 
 
 		 385 aa  284  1.0000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4721  chorismate mutase  41.93 
 
 		 366 aa  283  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.997566 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0961  chorismate mutase  43.34 
 
 		 374 aa  283  4.0000000000000003e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2261  chorismate mutase  43.18 
 
 		 360 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.561054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2793  chorismate mutase  42.94 
 
 		 360 aa  282  6.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00163655 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2241  prephenate dehydratase / chorismate mutase  44.35 
 
 		 370 aa  281  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1394  chorismate mutase  41.64 
 
 		 371 aa  280  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0138573  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2466  chorismate mutase / prephenate dehydratase  41.64 
 
 		 371 aa  280  3e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.148339 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1043  chorismate mutase  43.47 
 
 		 360 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1002  chorismate mutase  43.47 
 
 		 360 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1686  chorismate mutase / prephenate dehydratase  41.6 
 
 		 355 aa  277  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3121  chorismate mutase  41.36 
 
 		 365 aa  275  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0293375 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2809  prephenate dehydratase  40.91 
 
 		 372 aa  275  6e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3282  chorismate mutase  41.41 
 
 		 366 aa  275  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0668525  normal  0.62913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1617  chorismate mutase  41.41 
 
 		 373 aa  273  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1569  chorismate mutase  43.38 
 
 		 360 aa  269  7e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.203479  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0923  chorismate mutase  42.33 
 
 		 360 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432858 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0919  chorismate mutase  42.33 
 
 		 360 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0585516  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23140  chorismate mutase, clade 2  39.78 
 
 		 706 aa  266  4e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.839893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2583  prephenate dehydratase  38.68 
 
 		 372 aa  264  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0216  chorismate mutase  41.6 
 
 		 355 aa  263  3e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2048  Prephenate dehydratase  41.04 
 
 		 383 aa  261  1e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>