More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3257 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3257  cytidylate kinase  100 
 
 
233 aa  462  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0255416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0993  cytidylate kinase  94.42 
 
 
233 aa  440  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1465  cytidylate kinase  73.33 
 
 
240 aa  333  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00293534  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2605  cytidylate kinase  70.8 
 
 
233 aa  314  7e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0865  cytidylate kinase  65.3 
 
 
232 aa  297  1e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.054851  normal  0.903587 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2147  cytidylate kinase  60.35 
 
 
232 aa  282  4.0000000000000003e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0902079  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1884  cytidylate kinase  60.55 
 
 
235 aa  264  8e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000963447  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1348  cytidylate kinase  55.8 
 
 
233 aa  258  7e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000802306  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1982  cytidylate kinase  48.39 
 
 
222 aa  214  8e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000405125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2351  cytidylate kinase  52.31 
 
 
251 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2439  cytidylate kinase  52.31 
 
 
251 aa  208  6e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1515  cytidylate kinase  51.39 
 
 
250 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2309  cytidylate kinase  50.22 
 
 
237 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.6369 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1325  cytidylate kinase  47.03 
 
 
226 aa  199  3e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2380  cytidylate kinase  51.57 
 
 
243 aa  196  3e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.042532  normal  0.287603 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1080  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  47.6 
 
 
511 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1109  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  47.6 
 
 
511 aa  195  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.976092 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2171  cytidylate kinase  44.34 
 
 
224 aa  195  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000313487  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1622  cytidylate kinase  44.44 
 
 
217 aa  192  5e-48  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2450  cytidylate kinase  45.37 
 
 
227 aa  191  6e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000180887  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1542  cytidylate kinase  47.71 
 
 
225 aa  191  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.624713  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1026  cytidylate kinase  46.41 
 
 
226 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000434199  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1623  cytidylate kinase  43.19 
 
 
225 aa  189  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000468562  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1220  cytidylate kinase  42.86 
 
 
225 aa  190  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000130808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1407  cytidylate kinase  43.48 
 
 
225 aa  188  5e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000164884  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1379  cytidylate kinase  43.48 
 
 
225 aa  188  5e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000311756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1378  cytidylate kinase  43.48 
 
 
225 aa  188  5e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000246043  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1518  cytidylate kinase  43.48 
 
 
225 aa  188  5e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000739284  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1659  cytidylate kinase  43.48 
 
 
225 aa  188  5e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000228259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1591  cytidylate kinase  43.48 
 
 
225 aa  188  5e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1931099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0712  cytidylate kinase  44.34 
 
 
227 aa  188  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000327752  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2467  cytidylate kinase  43.27 
 
 
225 aa  187  1e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000550284  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0564  cytidylate kinase  46.79 
 
 
227 aa  187  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1148  cytidylate kinase  47.37 
 
 
218 aa  186  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3792  cytidylate kinase  43.19 
 
 
225 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157235  hitchhiker  0.0000757077 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1552  cytidylate kinase  42.72 
 
 
225 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000178847  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1331  cytidylate kinase  46.73 
 
 
229 aa  185  4e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000282811  decreased coverage  0.00883322 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10390  cytidylate kinase  45.75 
 
 
228 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000240582  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1749  cytidylate kinase  44.29 
 
 
229 aa  185  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00238031  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0891  cytidylate kinase  43.06 
 
 
230 aa  185  5e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00236441  decreased coverage  0.00000000000000152921 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2799  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  41.52 
 
 
528 aa  184  8e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.167261 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2164  cytidylate kinase  44.93 
 
 
232 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00199731  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1375  cytidylate kinase  43.18 
 
 
230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1371  cytidylate kinase  43.18 
 
 
230 aa  183  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3643  cytidylate kinase  43.38 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000551434  normal  0.674927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1853  cytidylate kinase  43.64 
 
 
221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0179513  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1378  cytidylate kinase  44.29 
 
 
228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.925348  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1362  cytidylate kinase  44.29 
 
 
228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105821  normal  0.0198977 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0977  cytidylate kinase  45.5 
 
 
237 aa  183  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000004631  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1420  cytidylate kinase  42.51 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000147531  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1506  cytidylate kinase  42.66 
 
 
229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000236579  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1771  cytidylate kinase  43.84 
 
 
228 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00506628  normal  0.0452484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4073  cytidylate kinase  43.84 
 
 
229 aa  182  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293328  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1333  cytidylate kinase  49.3 
 
 
252 aa  182  3e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.671241 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003019  cytidylate kinase  41.82 
 
 
226 aa  182  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000338917  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0695  cytidylate kinase  40.36 
 
 
223 aa  182  4.0000000000000006e-45  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3943  cytidylate kinase  43.84 
 
 
225 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.302806  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1914  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  44 
 
 
483 aa  182  4.0000000000000006e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.650764  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09660  cytidylate kinase  46.51 
 
 
223 aa  181  7e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1151  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  46.85 
 
 
527 aa  181  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0416  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  43.56 
 
 
480 aa  180  2e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130302  normal  0.171776 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2219  cytidylate kinase  43.48 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000392774  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1409  cytidylate kinase  42.92 
 
 
224 aa  179  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0393534  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1640  cytidylate kinase  39.38 
 
 
231 aa  179  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.302898 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3014  cytidylate kinase  41.89 
 
 
228 aa  178  4.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000196489  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1291  cytidylate kinase  48.43 
 
 
228 aa  178  7e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06850  cytidylate kinase  48.87 
 
 
223 aa  177  8e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.734775  normal  0.308288 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0930  cytidylate kinase  43.67 
 
 
234 aa  177  9e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02861  cytidylate kinase  41.36 
 
 
226 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1346  cytidylate kinase  39.53 
 
 
219 aa  177  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0048747  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1008  cytidylate kinase  39.35 
 
 
219 aa  177  1e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0417  cytidylate kinase  41.53 
 
 
237 aa  177  1e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000354402  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1966  cytidylate kinase  46.26 
 
 
229 aa  176  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.64739  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2055  cytidylate kinase  41.33 
 
 
230 aa  176  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000628627  unclonable  0.0000241467 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2072  cytidylate kinase  40.18 
 
 
230 aa  176  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000270816  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1976  cytidylate kinase  40.35 
 
 
230 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000166074  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3387  cytidylate kinase  41.82 
 
 
232 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000123016  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0964  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  41.2 
 
 
534 aa  176  4e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.955795  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0086  cytidylate kinase  43.27 
 
 
234 aa  176  4e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0568049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23320  cytidylate kinase  46.58 
 
 
229 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000301501  normal  0.0247908 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10343  putative cytidylate kinase  41.15 
 
 
232 aa  175  6e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1729  cytidylate kinase  43 
 
 
223 aa  175  6e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1923  cytidylate kinase  40.35 
 
 
230 aa  175  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000722421  unclonable  0.0000000000403388 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1293  cytidylate kinase  38.99 
 
 
224 aa  175  6e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3339  bifunctional pantoate ligase/cytidylate kinase  41.96 
 
 
529 aa  175  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3221  cytidylate kinase  41.59 
 
 
227 aa  175  7e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.529092  normal  0.197926 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1190  cytidylate kinase  39.37 
 
 
225 aa  174  8e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.988165  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2043  cytidylate kinase  40.35 
 
 
230 aa  174  8e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000246913  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2669  cytidylate kinase  43.75 
 
 
230 aa  174  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410063  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1954  cytidylate kinase  43.75 
 
 
230 aa  174  9e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000903512  normal  0.349566 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2581  cytidylate kinase  43.75 
 
 
230 aa  174  9e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000568011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1429  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000204841  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1645  cytidylate kinase  42.03 
 
 
225 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.170178 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1152  cytidylate kinase  44.65 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2210  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000277871  normal  0.370624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00921  hypothetical protein  42.92 
 
 
227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411433  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0451  cytidylate kinase  43.72 
 
 
231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.001027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1071  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000134482  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1953  cytidylate kinase  43.84 
 
 
230 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000156815  hitchhiker  0.0000548451 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2418  cytidylate kinase  42.92 
 
 
227 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000459306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>