195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3135 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3135  hydrogenase maturation protease  100 
 
 		 159 aa  317  3.9999999999999996e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1127  hydrogenase maturation protease  96.86 
 
 		 159 aa  310  3.9999999999999997e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1947  hydrogenase maturation protease  69.18 
 
 		 166 aa  225  2e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0786  hydrogenase maturation protease  60.78 
 
 		 160 aa  194  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.177407  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0148  hydrogenase maturation protease  52.94 
 
 		 161 aa  169  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0542  hydrogenase expression/formation protein  36.84 
 
 		 169 aa  108  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.995345  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2322  hydrogenase expression/formation protein  36.6 
 
 		 166 aa  108  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.659738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2740  hydrogenase maturation protease  40.13 
 
 		 164 aa  106  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000112894  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3329  peptidase M52, hydrogenase maturation peptidase  35.06 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0259  hydrogenase maturation protease  38.51 
 
 		 160 aa  100  8e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0109  hydrogenase maturation protease  35.81 
 
 		 160 aa  99.8  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_119  Ni/Fe hydrogenase maturation protease  36.73 
 
 		 160 aa  99.4  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3145  hydrogenase expression/formation protein  34.87 
 
 		 159 aa  97.8  5e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00208925  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0120  hydrogenase maturation protease  35.21 
 
 		 144 aa  92.8  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0380  hydrogenase maturation protease  31.58 
 
 		 176 aa  92  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3393  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.48 
 
 		 164 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.441153 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3494  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.48 
 
 		 164 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627392  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02869  predicted maturation element for hydrogenase 2  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0703  hydrogenase expression/formation protein  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3970  HybD peptidase  31.45 
 
 		 159 aa  89.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3399  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.48 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3328  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.48 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.581349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0477  peptidase M52, hydrogen uptake protein  30.07 
 
 		 175 aa  89.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0700  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3279  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4305  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.65 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3319  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.48 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237916  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3420  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02818  hypothetical protein  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3173  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.65 
 
 		 164 aa  89  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3462  hydrogenase 2 maturation endopeptidase  36.65 
 
 		 164 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4241  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.28 
 
 		 182 aa  89  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1233  hydrogenase maturation protease  33.11 
 
 		 172 aa  88.2  4e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.120838  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1876  hydrogenase maturation protease  30.52 
 
 		 165 aa  87.8  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252899  normal  0.719205 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2733  hydrogenase maturation protease  30.52 
 
 		 165 aa  87.8  6e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2951  hydrogenase expression/formation protein  34.18 
 
 		 170 aa  86.7  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.585714 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0267  hydrogenase expression/formation protein  32.72 
 
 		 165 aa  85.9  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.312911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0051  hydrogenase maturation protease  30.13 
 
 		 166 aa  85.9  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0212564  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0272  hydrogenase maturation protease  32.93 
 
 		 159 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.268401 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0522  hydrogenase maturation protease  30.07 
 
 		 177 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1037  hydrogenase expression/formation protein  36.36 
 
 		 161 aa  84.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0456714  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1153  hydrogenase expression/formation protein  33.56 
 
 		 218 aa  84.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.838065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50560  hydrogenase expression/formation protein, HoxM  36.13 
 
 		 207 aa  84  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00480221  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4092  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.92 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0783921  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0162  hydrogenase expression/formation protein  32.7 
 
 		 201 aa  82.4  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.793155  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2053  hydrogenase maturation protease  30.61 
 
 		 152 aa  82  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52965  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0937  hydrogenase maturation protease HydD  32.12 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.353395  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0834  hydrogenase maturation protease  28.66 
 
 		 177 aa  80.5  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.850937  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1075  peptidase M52, hydrogen uptake protein  32.24 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0439307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1293  HyaD peptidase  31.37 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000175592  normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0362  hydrogenase maturation protease  32.24 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120918 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0510  hydrogenase maturation protease  30.07 
 
 		 175 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2530  hydrogenase expression/formation protein  31.82 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.780336  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7262  hydrogenase expression/formation protein  30.07 
 
 		 214 aa  79  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.356245 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0505  hydrogenase maturation protease  29.41 
 
 		 175 aa  79  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0269  hydrogenase expression/formation protein  31.61 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0820491 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1165  hydrogenase expression/formation protein  30.82 
 
 		 203 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.464172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3372  hypothetical protein  31.82 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.288217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3804  hydrogenase maturation protease  31.41 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0765  hydrogenase expression/formation protein  30.38 
 
 		 161 aa  77.8  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1244  hydrogenase expression/formation protein  35.04 
 
 		 165 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.791163  normal  0.298279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1157  hydrogenase expression/formation protein  31.17 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.486513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1999  hydrogenase maturation  32.03 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.116789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1414  hydrogenase expression/formation protein  28.22 
 
 		 166 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3101  hydrogenase expression/formation protein  32.26 
 
 		 222 aa  75.5  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0715  Ni/Fe hydrogenase, expression/formation protein  31.71 
 
 		 177 aa  75.5  0.0000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.930335  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3225  hydrogenase maturation protease  30.77 
 
 		 271 aa  74.7  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.679402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00344  hydrogenase 2 maturation protease  29.93 
 
 		 184 aa  73.9  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3769  hydrogenase expression/formation protein  34.78 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0173  hydrogenase maturation protease  28.28 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3986  HyaD peptidase  30.82 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0499  HyaD peptidase  31.82 
 
 		 206 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1707  hydrogenase expression/formation protein  29.22 
 
 		 202 aa  72.4  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2139  hydrogenase expression/formation protein  29.11 
 
 		 165 aa  72.4  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1640  hydrogenase expression/formation protein  29.22 
 
 		 202 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1800  hydrogenase expression/formation protein  29.22 
 
 		 202 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2150  hydrogenase expression/formation protein  31.82 
 
 		 206 aa  72  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.133093  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1648  hydrogenase expression/formation protein  29.22 
 
 		 202 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1635  hydrogenase expression/formation protein  29.22 
 
 		 202 aa  72  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2030  hydrogenase expression/formation protein  30.06 
 
 		 185 aa  72  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.468392  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1280  hydrogenase maturation protease HydD  29.27 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00834079  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2822  Ni-Fe hydrogenase maturation factor-like protein  29.61 
 
 		 224 aa  71.6  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3909  hydrogenase maturation protease  30.99 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0857  hydrogenase maturation protease  33.08 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.685665  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1590  hydrogenase maturation protease  30.88 
 
 		 160 aa  71.2  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1676  hydrogenase expression/formation protein  30.06 
 
 		 185 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2176  hydrogenase expression/formation protein  31.33 
 
 		 208 aa  71.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0123485  normal  0.201269 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1211  hydrogenase 1 maturation protease  33.05 
 
 		 195 aa  70.5  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2502  HybD peptidase  31.01 
 
 		 183 aa  70.9  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0644035 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1400  hydrogenase maturation protease HydD  29.27 
 
 		 178 aa  70.5  0.000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1905  hydrogenase expression/formation protein  32.12 
 
 		 185 aa  70.5  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0136333 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1529  hydrogenase 1 maturation protease  31.45 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.468604  normal  0.329104 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1927  hydrogenase 1 maturation protease  32.2 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.822664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1247  hydrogenase maturation protease  29.75 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.188771 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1987  hydrogenase 1 maturation protease  32.2 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1931  hydrogenase 1 maturation protease  32.2 
 
 		 198 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1345  hydrogenase 1 maturation protease  31.45 
 
 		 198 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0864  hydrogenase maturation protease HydD  30.25 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1090  hydrogenase 1 maturation protease  30.92 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557672  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2367  hydrogenase maturation protease  32.41 
 
 		 257 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0307441 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>