More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3126 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1221  ammonium transporter, putative  82.27 
 
 		 406 aa  693    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.175534  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1136  Rh family protein/ammonium transporter  97.54 
 
 		 406 aa  795    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1738  Rh-like protein/ammonium transporter  80.79 
 
 		 406 aa  685    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.477019 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3126  Rh family protein/ammonium transporter  100 
 
 		 406 aa  806    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0580  Rh family protein/ammonium transporter  80.4 
 
 		 405 aa  662    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2298  Rh family protein/ammonium transporter  85.96 
 
 		 406 aa  711    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.198876  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3249  Rh family protein/ammonium transporter  83.46 
 
 		 400 aa  691    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.072262  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0443  ammonia permease  72.03 
 
 		 404 aa  595  1e-169  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00193499  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4104  Rh family protein/ammonium transporter  62.91 
 
 		 400 aa  494  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.254503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2999  Rh family protein/ammonium transporter  63.91 
 
 		 402 aa  497  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.49928  hitchhiker  0.000181565 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1761  Rh family protein/ammonium transporter  62.63 
 
 		 400 aa  495  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3703  Rh-like protein/ammonium transporter  63.45 
 
 		 400 aa  493  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.457189 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3615  Rh family protein/ammonium transporter  62.5 
 
 		 403 aa  491  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.283751  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3621  Rh family protein/ammonium transporter  62.41 
 
 		 400 aa  488  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2647  Rh family protein/ammonium transporter  61.21 
 
 		 404 aa  489  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0457  Rh family protein/ammonium transporter  62.94 
 
 		 400 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0519  Rh-like protein/ammonium transporter  63.16 
 
 		 400 aa  487  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2869  ammonium transporter  62.53 
 
 		 395 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1581  ammonium transporter family protein  60.91 
 
 		 433 aa  481  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4891  Rh-like protein/ammonium transporter  64.91 
 
 		 400 aa  481  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1085  Rh family protein/ammonium transporter  62.78 
 
 		 397 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1922  ammonium transporter family protein  60.31 
 
 		 405 aa  477  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00667378  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1594  Rh family protein/ammonium transporter  60.31 
 
 		 405 aa  477  1e-133  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204728  normal  0.0779925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1302  Rh family protein/ammonium transporter  59.66 
 
 		 417 aa  472  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356295 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0360  ammonium transporter  61.46 
 
 		 399 aa  474  1e-132  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0145815  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4038  Rh-like protein/ammonium transporter  60.86 
 
 		 400 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4750  Rh-like protein/ammonium transporter  60.61 
 
 		 400 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1627  Rh family protein/ammonium transporter  59.39 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.433949  normal  0.0709779 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4310  Rh-like protein/ammonium transporter  63.04 
 
 		 397 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00149453  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1085  Rh family protein/ammonium transporter  62.28 
 
 		 397 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0312  Rh family protein/ammonium transporter  59.65 
 
 		 402 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2106  Rh family protein/ammonium transporter  60.45 
 
 		 402 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3633  Rh family protein/ammonium transporter  60.2 
 
 		 402 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1175  Rh family protein/ammonium transporter  62.53 
 
 		 397 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103344  normal  0.265328 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1601  Rh family protein/ammonium transporter  62.03 
 
 		 395 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.679175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1648  Rh family protein/ammonium transporter  60.7 
 
 		 402 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.9313  normal  0.285064 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0722  Rh-like protein/ammonium transporter  62.53 
 
 		 397 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.621832  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2101  Rh family protein/ammonium transporter  62.13 
 
 		 397 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.313167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1202  Rh family protein/ammonium transporter  62.78 
 
 		 397 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003488  ammonium transporter  61.56 
 
 		 406 aa  464  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1701  putative ammonium transporter  61.9 
 
 		 400 aa  461  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0087  Rh family protein/ammonium transporter  59.3 
 
 		 400 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1625  Rh family protein/ammonium transporter  61.19 
 
 		 402 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.160065 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0093  Rh family protein/ammonium transporter  59.55 
 
 		 400 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.850827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3968  Rh-like protein/ammonium transporter  61.44 
 
 		 402 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.750778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2100  putative transporter  62.19 
 
 		 402 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.390807  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24780  putative transporter  61.69 
 
 		 460 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0954  Rh-like protein/ammonium transporter  55.86 
 
 		 405 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000369516  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0637  Rh-like protein/ammonium transporter  58.9 
 
 		 402 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0742  Rh family protein/ammonium transporter  59.26 
 
 		 400 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1609  ammonium transporter  40.43 
 
 		 411 aa  275  9e-73  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1080  ammonium transporter  40.34 
 
 		 408 aa  272  7e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0880  ammonium transporter  39.95 
 
 		 411 aa  272  7e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0728502  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1065  ammonium transporter  40.48 
 
 		 411 aa  272  7e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1067  ammonium transporter  40.19 
 
 		 411 aa  271  1e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.796795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0882  ammonium transporter  39.85 
 
 		 411 aa  264  2e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.103537  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1612  ammonium transporter  41.95 
 
 		 408 aa  263  3e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1062  ammonium transporter  40.49 
 
 		 408 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.265606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1482  ammonium transporter  41.18 
 
 		 403 aa  256  5e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0885  ammonium transporter  40 
 
 		 408 aa  251  1e-65  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.373792  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  38.73 
 
 		 468 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  36.83 
 
 		 444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  36 
 
 		 435 aa  226  7e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  36 
 
 		 435 aa  226  7e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  36.9 
 
 		 445 aa  224  3e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  35.28 
 
 		 449 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1479  ammonium transporter  36.71 
 
 		 384 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.946275  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  34.22 
 
 		 461 aa  219  7e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  34.93 
 
 		 460 aa  219  8.999999999999998e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  35.06 
 
 		 469 aa  216  5e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  35.48 
 
 		 483 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3089  ammonium transporter  35.48 
 
 		 441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.417967 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0144  ammonium transporter  36.71 
 
 		 437 aa  209  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  35.6 
 
 		 478 aa  207  3e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0210  ammonium transporter  35.68 
 
 		 439 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3120  ammonium transporter  34.94 
 
 		 414 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  35.17 
 
 		 446 aa  206  6e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1757  ammonium transporter  34.76 
 
 		 437 aa  203  6e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  35.04 
 
 		 497 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2630  ammonium transporter  34.62 
 
 		 440 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  34.29 
 
 		 515 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  34.29 
 
 		 515 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  33.49 
 
 		 478 aa  200  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4057  ammonium transporter  35.42 
 
 		 435 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.211238 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  34.91 
 
 		 471 aa  197  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0916  ammonium transporter  34.11 
 
 		 462 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.685309  normal  0.315253 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  34.14 
 
 		 441 aa  195  2e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  33.25 
 
 		 458 aa  194  2e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  36.18 
 
 		 422 aa  193  4e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3649  ammonium transporter  33.01 
 
 		 416 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243704  hitchhiker  0.000385246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3707  ammonium transporter  33.01 
 
 		 416 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00259002  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.42 
 
 		 1016 aa  193  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0798  ammonium transporter  33.01 
 
 		 416 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0469975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3240  Rh family protein/ammonium transporter  33.89 
 
 		 416 aa  192  7e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.212447  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1303  ammonium transporter  33.57 
 
 		 447 aa  192  9e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.863538  normal  0.392639 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3831  ammonium transporter  33.01 
 
 		 416 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0618394  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02901  ammonium transporter  33.17 
 
 		 476 aa  191  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  32.19 
 
 		 409 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3993  adenylate/guanylate cyclase  34.16 
 
 		 1209 aa  187  2e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.787867  normal  0.246996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  32.62 
 
 		 421 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>