More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3089 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  100 
 
 
266 aa  535  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  98.87 
 
 
266 aa  528  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  78.39 
 
 
239 aa  378  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  70.09 
 
 
247 aa  338  7e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  68.09 
 
 
258 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  59.44 
 
 
271 aa  296  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  56.59 
 
 
274 aa  293  3e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.2 
 
 
236 aa  278  7e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.65 
 
 
237 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  52.99 
 
 
251 aa  257  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  53.42 
 
 
264 aa  255  5e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  52.44 
 
 
243 aa  251  6e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  53.85 
 
 
309 aa  251  7e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  53.5 
 
 
243 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.22 
 
 
240 aa  243  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  50.21 
 
 
242 aa  242  3.9999999999999997e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.36 
 
 
242 aa  237  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  49.36 
 
 
242 aa  238  1e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.36 
 
 
242 aa  238  1e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.36 
 
 
242 aa  238  1e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.36 
 
 
242 aa  237  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  49.36 
 
 
242 aa  237  2e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  48.51 
 
 
242 aa  237  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.94 
 
 
242 aa  237  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  48.94 
 
 
242 aa  236  3e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.94 
 
 
242 aa  236  3e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  50.42 
 
 
245 aa  235  6e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  48.95 
 
 
324 aa  231  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  48.95 
 
 
329 aa  231  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  52.36 
 
 
238 aa  231  9e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.43 
 
 
249 aa  230  1e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  46.33 
 
 
354 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  51.27 
 
 
273 aa  227  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  48.5 
 
 
236 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  45.86 
 
 
680 aa  226  3e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.03 
 
 
328 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  47.62 
 
 
235 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  50 
 
 
238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  51.26 
 
 
255 aa  219  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50 
 
 
249 aa  217  1e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  48.28 
 
 
567 aa  215  5e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  47.41 
 
 
556 aa  213  2.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.02 
 
 
239 aa  212  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  47.84 
 
 
296 aa  212  3.9999999999999995e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.75 
 
 
238 aa  211  7e-54  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  46.98 
 
 
624 aa  211  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  45.89 
 
 
239 aa  211  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  45.38 
 
 
241 aa  210  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  49.15 
 
 
329 aa  209  4e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  43.04 
 
 
230 aa  207  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  48.54 
 
 
306 aa  207  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.27 
 
 
245 aa  206  4e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.27 
 
 
245 aa  206  4e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  49.79 
 
 
250 aa  204  8e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  43.64 
 
 
251 aa  204  2e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  48.29 
 
 
403 aa  202  3e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  47.41 
 
 
406 aa  202  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  48.09 
 
 
253 aa  202  4e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  43.39 
 
 
274 aa  202  6e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  48.93 
 
 
728 aa  200  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  43.39 
 
 
245 aa  198  7.999999999999999e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
244 aa  198  7.999999999999999e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  44.49 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.21 
 
 
251 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0600  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.76 
 
 
252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.168278  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.59 
 
 
240 aa  196  3e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.65 
 
 
236 aa  196  3e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.59 
 
 
255 aa  194  9e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.81 
 
 
247 aa  194  9e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.411992  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2458  pseudouridine synthase  47.81 
 
 
332 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  44.59 
 
 
284 aa  194  2e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  45.22 
 
 
236 aa  192  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  47.84 
 
 
233 aa  191  1e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  43.72 
 
 
621 aa  191  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.92 
 
 
239 aa  191  1e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  44.77 
 
 
247 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  42.01 
 
 
282 aa  190  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4425  pseudouridine synthase  42.55 
 
 
244 aa  190  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.223617  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.9 
 
 
268 aa  189  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  43.33 
 
 
243 aa  189  4e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  47.35 
 
 
289 aa  188  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  44.4 
 
 
318 aa  188  8e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.45 
 
 
269 aa  188  8e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  44.59 
 
 
322 aa  188  9e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  44.26 
 
 
254 aa  187  1e-46  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  43.78 
 
 
553 aa  186  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  43.29 
 
 
265 aa  187  2e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  39.83 
 
 
284 aa  187  2e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  43.1 
 
 
245 aa  187  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.98 
 
 
256 aa  187  2e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  43.1 
 
 
426 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  43.51 
 
 
247 aa  185  6e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  41.74 
 
 
306 aa  185  7e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  41.6 
 
 
254 aa  184  9e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.72 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  43.72 
 
 
694 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.77 
 
 
328 aa  183  3e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  42.74 
 
 
375 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1919  pseudouridine synthase  44.21 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118075 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  44.87 
 
 
239 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>