More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3025 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 150 aa  307  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 150 aa  307  2.9999999999999997e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  84 
 
 		 150 aa  273  8e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1687  transcriptional regulator NrdR  81.33 
 
 		 150 aa  260  4e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1597  transcriptional regulator NrdR  79.33 
 
 		 150 aa  256  5.0000000000000005e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000000794729  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1748  transcriptional regulator NrdR  81.33 
 
 		 150 aa  256  9e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0805744  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1623  transcriptional regulator NrdR  78.67 
 
 		 150 aa  254  4e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000406382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1444  transcriptional regulator NrdR  66.22 
 
 		 157 aa  214  4e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2059  transcriptional regulator NrdR  57.05 
 
 		 154 aa  187  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000239578  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1998  transcriptional regulator NrdR  57.72 
 
 		 158 aa  187  5.999999999999999e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000130508  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0450  transcriptional regulator NrdR  56.08 
 
 		 151 aa  184  3e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00111  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2835  transcriptional regulator NrdR  56.67 
 
 		 155 aa  183  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0802183  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2732  transcriptional regulator NrdR  58 
 
 		 162 aa  183  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  56 
 
 		 156 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2927  transcriptional regulator NrdR  56 
 
 		 155 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1510  transcriptional regulator NrdR  56.08 
 
 		 153 aa  181  4.0000000000000006e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000423148  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  58.5 
 
 		 156 aa  179  8.000000000000001e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0157  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 150 aa  175  2e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09190  ATP-cone domain protein  55.03 
 
 		 151 aa  174  5e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000241232  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2026  transcriptional regulator NrdR  56.46 
 
 		 174 aa  173  7e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4041  transcriptional regulator NrdR  56.76 
 
 		 163 aa  172  9e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1244  transcriptional regulator NrdR  52.35 
 
 		 154 aa  172  9.999999999999999e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000621144  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0374  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 151 aa  172  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.233344  normal  0.151767 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0842  ATP-cone domain-containing protein  57.14 
 
 		 172 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  55.03 
 
 		 154 aa  170  5e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06700  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 154 aa  170  5e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0692  transcriptional regulator NrdR  55.7 
 
 		 158 aa  170  5e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.663246  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3459  transcriptional regulator NrdR  56.38 
 
 		 156 aa  169  7.999999999999999e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.007384 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3858  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 155 aa  169  9e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1439  ATP-cone domain-containing protein  53.06 
 
 		 151 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1044  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 175 aa  167  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11380  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 154 aa  167  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.165423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1156  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 153 aa  166  8e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0793  transcriptional regulator NrdR  53.33 
 
 		 153 aa  166  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2725  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 153 aa  166  9e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561851  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0559  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0513  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.579451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0566  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  53.33 
 
 		 163 aa  166  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0548  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  166  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0689  hypothetical protein  52 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4051  ATP-cone domain-containing protein  55.78 
 
 		 170 aa  165  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4463  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  165  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5020  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 154 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582624 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004266  ribonucleotide reductase transcriptional regulator NrdR  51.7 
 
 		 149 aa  164  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000298691  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2665  transcriptional regulator NrdR  53.33 
 
 		 153 aa  164  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00143728  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0729  transcriptional regulator NrdR  51.7 
 
 		 165 aa  164  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1070  transcriptional regulator NrdR  51.33 
 
 		 150 aa  163  8e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2386  transcriptional regulator NrdR  52.38 
 
 		 153 aa  162  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000689968 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1862  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  162  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00283574  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4705  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000119407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4695  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.91866e-60 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4711  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000383164  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4476  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000265338  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4311  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.8117699999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4322  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000178124  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4690  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1200  ATP-cone domain protein  48.67 
 
 		 155 aa  161  2.0000000000000002e-39  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4824  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000114279  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1310  transcriptional regulator NrdR  55.1 
 
 		 149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1730  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 		 149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0593738  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0548  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  162  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000060118  unclonable  2.0296800000000001e-26 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2012  transcriptional regulator NrdR  51.01 
 
 		 149 aa  160  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.37372  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1579  transcriptional regulator NrdR  54 
 
 		 157 aa  160  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000136219  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1418  transcriptional regulator NrdR  49.33 
 
 		 154 aa  161  4.0000000000000004e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000085641  hitchhiker  0.00000000000128798 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0578  transcriptional regulator NrdR  54 
 
 		 157 aa  160  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0921  transcriptional regulator NrdR  48.99 
 
 		 149 aa  160  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4411  transcriptional regulator NrdR  52.67 
 
 		 153 aa  160  5.0000000000000005e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000407341  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3470  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2779  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.392187  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1095  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.287796  normal  0.608767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1161  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.860678  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1095  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0146085  normal  0.938869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1015  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3161  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  7e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.769122  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3304  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  7e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.311833  hitchhiker  0.000761879 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1210  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  7e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3160  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 149 aa  160  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.166441  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1623  transcriptional regulator NrdR  51.33 
 
 		 159 aa  159  8.000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00056172  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1887  ATP-cone domain protein  50.67 
 
 		 176 aa  159  9e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4090  ATP-cone domain protein  50.34 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2659  transcriptional regulator NrdR  53.57 
 
 		 149 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0802189  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0576  transcriptional regulator NrdR  51.02 
 
 		 173 aa  159  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2142  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 152 aa  158  2e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.497739  hitchhiker  0.00230243 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3266  transcriptional regulator NrdR  52 
 
 		 153 aa  159  2e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000209294  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3251  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 		 152 aa  159  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1249  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 156 aa  157  3e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0638697  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0279  transcriptional regulator NrdR  46 
 
 		 174 aa  158  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00520187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0989  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 152 aa  157  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.38462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 155 aa  157  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02986  transcriptional regulator NrdR  54.42 
 
 		 149 aa  157  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000784776  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3896  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  157  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0789  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 154 aa  157  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861935  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0949  hypothetical protein  51.02 
 
 		 150 aa  157  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000456921  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0776  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  156  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.327359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0807  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  156  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.102565  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1743  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 156 aa  156  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0701  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  156  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0684  transcriptional regulator NrdR  53.06 
 
 		 159 aa  156  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.701389  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0356  transcriptional regulator NrdR  50.34 
 
 		 159 aa  156  8e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.0000016324  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>