More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2996 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2996  Resolvase domain  100 
 
 
221 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012222  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1741  Resolvase domain  58.56 
 
 
228 aa  242  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0275  resolvase domain-containing protein  53.81 
 
 
224 aa  217  1e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2281  resolvase-like protein  53.05 
 
 
216 aa  210  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00855121  normal  0.056664 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2725  Resolvase domain protein  55.75 
 
 
228 aa  205  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2499  resolvase, N-terminal  52.23 
 
 
229 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0802  resolvase, N-terminal  51.57 
 
 
229 aa  196  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000162467  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0893  Resolvase domain protein  51.8 
 
 
227 aa  191  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.174131  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4956  resolvase domain-containing protein  51.74 
 
 
236 aa  188  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90554  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3483  Resolvase domain  48.17 
 
 
219 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8811  Resolvase domain protein  53.15 
 
 
227 aa  184  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7746  Resolvase domain protein  47.51 
 
 
217 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6912  resolvase domain-containing protein  65.52 
 
 
243 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2472  resolvase domain-containing protein  45.33 
 
 
237 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1223  resolvase domain-containing protein  53.54 
 
 
225 aa  166  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0923  resolvase-like protein  44.83 
 
 
234 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.916878 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_7010  Resolvase domain protein  55.84 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.998314  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7497  Resolvase domain protein  43.81 
 
 
231 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1482  resolvase domain-containing protein  43.17 
 
 
233 aa  141  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.569487  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8420  Resolvase domain protein  50 
 
 
227 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.875604  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2389  Resolvase domain  47.53 
 
 
224 aa  139  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3656  resolvase-like protein  40.27 
 
 
248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2451  resolvase domain-containing protein  41.7 
 
 
268 aa  138  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4298  hypothetical protein  45.62 
 
 
226 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4942  putative DNA-invertase (site-specific recombinase)  40.18 
 
 
214 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4233  Resolvase domain  42.34 
 
 
216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3000  Resolvase domain  37.7 
 
 
197 aa  125  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3788  resolvase domain-containing protein  37.45 
 
 
269 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.692278  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6747  putative resolvase (site-specific recombinase)  41.23 
 
 
223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232296  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4152  resolvase domain-containing protein  41.18 
 
 
231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1116  resolvase family site-specific recombinase  36.84 
 
 
236 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00106717 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22080  resolvase  40.43 
 
 
231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000105368  unclonable  3.95615e-22 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6343  resolvase domain protein  36.41 
 
 
211 aa  97.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3500  resolvase-like protein  43.57 
 
 
248 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.318802  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_009433  Rsph17025_4394  resolvase domain-containing protein  41.09 
 
 
198 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1421  Resolvase domain protein  37.39 
 
 
231 aa  92.8  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.510042  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3908  resolvase domain-containing protein  41.29 
 
 
229 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.582833 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4374  Resolvase domain  33.76 
 
 
216 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1088  resolvase domain-containing protein  31.3 
 
 
227 aa  80.5  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3649  resolvase domain-containing protein  33.19 
 
 
380 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.340945 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  37.65 
 
 
182 aa  79.7  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  35.03 
 
 
203 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  35.16 
 
 
197 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  38.18 
 
 
188 aa  75.5  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  37.27 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  37.58 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.623719 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  36.36 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3478  resolvase domain-containing protein  30.12 
 
 
242 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  35.06 
 
 
183 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  35.06 
 
 
183 aa  72.4  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4026  resolvase domain-containing protein  30.6 
 
 
298 aa  72.4  0.000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.884346  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  29.15 
 
 
462 aa  70.9  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1645  resolvase-like protein  34.15 
 
 
213 aa  71.2  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  35.71 
 
 
189 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4357  resolvase-like protein  31.25 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  35.93 
 
 
189 aa  70.5  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  34.24 
 
 
181 aa  69.7  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  35.44 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  34.94 
 
 
185 aa  69.3  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  37.5 
 
 
194 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  34.05 
 
 
214 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  36.25 
 
 
188 aa  68.9  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  35.62 
 
 
187 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  36.25 
 
 
201 aa  67.4  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  36.02 
 
 
185 aa  67.8  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  35.8 
 
 
185 aa  67.4  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  35.8 
 
 
188 aa  68.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0209  Resolvase domain  31.15 
 
 
264 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  35.62 
 
 
190 aa  68.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  37.82 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  34.34 
 
 
188 aa  67  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  37.58 
 
 
193 aa  66.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9004  DNA invertase  29.33 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  35.26 
 
 
307 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  35.26 
 
 
307 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3928  resolvase domain-containing protein  33.33 
 
 
191 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.272515  hitchhiker  0.0000753359 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  34.71 
 
 
188 aa  66.2  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  30.77 
 
 
195 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  38.26 
 
 
193 aa  65.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  34.55 
 
 
219 aa  65.9  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2781  resolvase domain-containing protein  36.6 
 
 
190 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.183587  normal  0.43479 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2347  Resolvase domain protein  35.06 
 
 
204 aa  65.1  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3662  Resolvase domain protein  30.56 
 
 
188 aa  64.3  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  34.64 
 
 
309 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3853  resolvase domain-containing protein  29.74 
 
 
326 aa  64.3  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363521  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  32.32 
 
 
190 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  32.32 
 
 
190 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  32.32 
 
 
190 aa  64.3  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4105  resolvase domain-containing protein  29.74 
 
 
293 aa  64.3  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.571135  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  35.76 
 
 
191 aa  64.7  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  36.3 
 
 
184 aa  64.7  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  35.76 
 
 
191 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3683  resolvase domain-containing protein  37.74 
 
 
215 aa  63.5  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9833  Resolvase Protein  38.71 
 
 
210 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004307  resolvase N-terminal domain protein  32.75 
 
 
190 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.179008  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  34.16 
 
 
196 aa  63.5  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  33.13 
 
 
185 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3501  resolvase domain-containing protein  28.37 
 
 
324 aa  62.8  0.000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.654072  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  33.54 
 
 
228 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  33.52 
 
 
185 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0694671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>