96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2918 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2539  saccharopine dehydrogenase  86.18 
 
 
398 aa  721  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2607  saccharopine dehydrogenase  84.92 
 
 
398 aa  714  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0902  saccharopine dehydrogenase  85.18 
 
 
397 aa  706  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  1.68136e-06 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2095  saccharopine dehydrogenase-like protein  86.72 
 
 
399 aa  730  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1307  Saccharopine dehydrogenase  97.99 
 
 
399 aa  791  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.84986e-15 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2918  Saccharopine dehydrogenase  100 
 
 
398 aa  829  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0981  saccharopine dehydrogenase  89.95 
 
 
398 aa  726  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0620633  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1676  Saccharopine dehydrogenase  84.17 
 
 
398 aa  699  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0203222  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1597  Acyl carrier protein (ACP)  73.4 
 
 
399 aa  599  1e-170  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.30891  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2320  Saccharopine dehydrogenase  70.63 
 
 
396 aa  592  1e-168  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2516  saccharopine dehydrogenase  72.41 
 
 
396 aa  582  1e-165  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.558897  normal  0.297438 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0572  saccharopine dehydrogenase  68.72 
 
 
398 aa  577  1e-163  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0148  Saccharopine dehydrogenase  69.49 
 
 
409 aa  569  1e-161  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1535  Saccharopine dehydrogenase  68.86 
 
 
396 aa  566  1e-160  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.82797 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0125  Saccharopine dehydrogenase  68.34 
 
 
403 aa  546  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1922  saccharopine dehydrogenase  67.1 
 
 
392 aa  533  1e-150  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00339893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1790  saccharopine dehydrogenase  63.33 
 
 
401 aa  519  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3052  saccharopine dehydrogenase  61.7 
 
 
399 aa  516  1e-145  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4440  saccharopine dehydrogenase  62.78 
 
 
401 aa  516  1e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1128  Saccharopine dehydrogenase  62.21 
 
 
399 aa  509  1e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.785881  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2888  Saccharopine dehydrogenase  62.92 
 
 
403 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.120454 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1201  saccharopine dehydrogenase  62.92 
 
 
402 aa  509  1e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.150944  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1555  Saccharopine dehydrogenase  61.7 
 
 
401 aa  508  1e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.42738e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0677  saccharopine dehydrogenase  62.27 
 
 
397 aa  504  1e-141  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.10466 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0999  saccharopine dehydrogenase  61.68 
 
 
405 aa  499  1e-140  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0445398  hitchhiker  0.00533099 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0748  saccharopine dehydrogenase  60.35 
 
 
400 aa  501  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3519  Saccharopine dehydrogenase  61.64 
 
 
405 aa  500  1e-140  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.368548  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03351  Carboxynorspermidine dehydrogenase  60.81 
 
 
400 aa  497  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00142848  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0747  saccharopine dehydrogenase  59.74 
 
 
403 aa  493  1e-138  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  4.18334e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6504  Saccharopine dehydrogenase  62.53 
 
 
395 aa  494  1e-138  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.752719  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1181  saccharopine dehydrogenase  59.69 
 
 
394 aa  488  1e-136  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.886294  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1081  saccharopine dehydrogenase  58.93 
 
 
399 aa  479  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.706576  normal  0.0928318 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0061  saccharopine dehydrogenase  57.22 
 
 
403 aa  481  1e-134  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2142  Saccharopine dehydrogenase  57.72 
 
 
404 aa  476  1e-133  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0415  saccharopine dehydrogenase  57.93 
 
 
405 aa  475  1e-133  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0285  saccharopine dehydrogenase  56.71 
 
 
404 aa  469  1e-131  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0458  saccharopine dehydrogenase  53.92 
 
 
401 aa  462  1e-129  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0165  saccharopine dehydrogenase  54.43 
 
 
401 aa  462  1e-129  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0208  saccharopine dehydrogenase  54.43 
 
 
401 aa  462  1e-129  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.69447  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0186  saccharopine dehydrogenase  54.18 
 
 
401 aa  460  1e-128  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02740  hypothetical protein  45.71 
 
 
417 aa  353  4e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003102  carboxynorspermidine dehydrogenase putative  45.2 
 
 
414 aa  352  8e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.185885  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1231  hypothetical protein  44.84 
 
 
414 aa  341  1e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.292e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0352  hypothetical protein  43.89 
 
 
413 aa  337  2e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2289  saccharopine dehydrogenase  44.84 
 
 
405 aa  337  2e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.772575  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2137  saccharopine dehydrogenase  43.69 
 
 
414 aa  335  1e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0299628  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0335  hypothetical protein  43.64 
 
 
413 aa  333  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0438  saccharopine dehydrogenase  43.39 
 
 
426 aa  333  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0417875  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1380  saccharopine dehydrogenase  43.64 
 
 
412 aa  332  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000104449  normal  0.291708 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0988  saccharopine dehydrogenase  42.89 
 
 
413 aa  329  4e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  5.77497e-06 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2884  saccharopine dehydrogenase  43.53 
 
 
412 aa  323  4e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2764  saccharopine dehydrogenase  41.9 
 
 
414 aa  322  1e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.114818  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2928  saccharopine dehydrogenase  41.9 
 
 
414 aa  322  1e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4157  saccharopine dehydrogenase  42.64 
 
 
413 aa  321  1e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.152115  normal  0.83779 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0126  saccharopine dehydrogenase  43.92 
 
 
412 aa  319  7e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.281282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1475  saccharopine dehydrogenase family protein  43.92 
 
 
412 aa  319  7e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5844  hypothetical protein  41.9 
 
 
413 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0028  saccharopine dehydrogenase  42.29 
 
 
412 aa  317  2e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2125  saccharopine dehydrogenase  40.77 
 
 
399 aa  306  4e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.530272  normal  0.238501 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2844  saccharopine dehydrogenase  40.51 
 
 
399 aa  305  8e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.241943 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0914  putative saccharopine dehydrogenase family protein  41.23 
 
 
424 aa  300  3e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.867111  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1501  saccharopine dehydrogenase  41.23 
 
 
424 aa  299  4e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1715  saccharopine dehydrogenase  41.63 
 
 
422 aa  297  3e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  6.59439e-10  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2955  saccharopine dehydrogenase  41.4 
 
 
407 aa  283  4e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1950  hypothetical protein  30.46 
 
 
408 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.275408  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3221  saccharopine dehydrogenase  30.69 
 
 
407 aa  192  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4946  saccharopine dehydrogenase  29.82 
 
 
407 aa  176  7e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5034  saccharopine dehydrogenase  29.82 
 
 
407 aa  176  7e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5327  saccharopine dehydrogenase  29.82 
 
 
407 aa  175  1e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0356987  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3295  Saccharopine dehydrogenase  28.79 
 
 
403 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.886794  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4677  Saccharopine dehydrogenase  30.81 
 
 
401 aa  169  7e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2976  saccharopine dehydrogenase  25.97 
 
 
415 aa  97.1  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.809568  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1835  Saccharopine dehydrogenase  24.87 
 
 
398 aa  94  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.257501  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4315  saccharopine dehydrogenase  25.17 
 
 
378 aa  76.6  6e-13  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.224112  normal  0.228939 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3651  Saccharopine dehydrogenase  25.22 
 
 
367 aa  71.6  2e-11  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1254  Saccharopine dehydrogenase  24.69 
 
 
385 aa  69.7  8e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4394  saccharopine dehydrogenase  23.56 
 
 
384 aa  68.9  1e-10  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000130212 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1202  saccharopine dehydrogenase  23.15 
 
 
403 aa  66.6  7e-10  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5058  saccharopine dehydrogenase  22.54 
 
 
369 aa  65.5  1e-09  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3399  Saccharopine dehydrogenase  24.16 
 
 
350 aa  61.2  3e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1495  Saccharopine dehydrogenase  29.31 
 
 
376 aa  59.7  9e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  6.91069e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1941  Saccharopine dehydrogenase  25.27 
 
 
446 aa  57.8  3e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0384  Saccharopine dehydrogenase  21.96 
 
 
384 aa  54.3  4e-06  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0854083  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1424  potassium efflux system protein  28.65 
 
 
371 aa  52  2e-05  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1241  hypothetical protein  24.55 
 
 
394 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1441  hypothetical protein  23.95 
 
 
394 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1217  saccharopine dehydrogenase, NADP+, L-lysine forming; L-lysine dehydrogenase  24.55 
 
 
394 aa  49.3  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1342  hypothetical protein  24.55 
 
 
394 aa  49.3  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1416  hypothetical protein  24.55 
 
 
394 aa  49.3  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.572078 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3965  hypothetical protein  22.3 
 
 
394 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1219  saccharopine dehydrogenase, NADP+, L-lysine forming; L-lysine dehydrogenase  23.95 
 
 
394 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.182404  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1242  saccharopine dehydrogenase  24.42 
 
 
394 aa  47.8  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1482  hypothetical protein  23.95 
 
 
394 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5762  Saccharopine dehydrogenase  28.82 
 
 
355 aa  46.2  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.353531 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2611  Saccharopine dehydrogenase  19.2 
 
 
413 aa  45.8  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1379  hypothetical protein  21.43 
 
 
394 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>