114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2902 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2902  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 230 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000393442  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1323  Peptidoglycan-binding LysM  94.35 
 
 		 230 aa  312  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.6395e-23 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1464  LysM domain-containing protein  46.49 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.026138  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2195  peptidoglycan-binding LysM  51.82 
 
 		 238 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000396131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1358  peptidoglycan-binding LysM  44.39 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000598649  hitchhiker  5.9516e-20 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2328  peptidoglycan-binding LysM  39.92 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000346433  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1623  Peptidoglycan-binding LysM  38.6 
 
 		 232 aa  119  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000375126  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  53.85 
 
 		 243 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000199986  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2091  hypothetical protein  45.71 
 
 		 167 aa  73.6  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.314887  normal  0.895772 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  46.27 
 
 		 156 aa  60.8  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02210  hypothetical protein  40.58 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0939  peptidoglycan-binding LysM  32.28 
 
 		 309 aa  58.9  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.013426  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  48.15 
 
 		 428 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  45 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2006  Peptidoglycan-binding LysM  47.06 
 
 		 154 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899391  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  45 
 
 		 404 aa  57.4  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0302  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  34.74 
 
 		 155 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  41.25 
 
 		 546 aa  57  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0523  LysM domain/BON superfamily protein  29.03 
 
 		 168 aa  56.2  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000072506  hitchhiker  0.00844539 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0518  LysM domain/BON superfamily protein  28.8 
 
 		 168 aa  55.5  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000100124  decreased coverage  0.00200043 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2211  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  45.76 
 
 		 500 aa  53.9  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00497018  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2992  LysM domain/BON superfamily protein  33.33 
 
 		 149 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.021376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2975  LysM domain/BON superfamily protein  33.33 
 
 		 149 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.870465  normal  0.0673181 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2940  LysM domain/BON superfamily protein  33.33 
 
 		 149 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.137331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2908  LysM domain/BON superfamily protein  33.33 
 
 		 149 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3097  LysM domain/BON superfamily protein  33.33 
 
 		 149 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.507543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0991  peptidoglycan-binding LysM  36.08 
 
 		 339 aa  53.1  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0156975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  41.43 
 
 		 158 aa  52.8  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0459  LysM domain/BON superfamily protein  30.83 
 
 		 168 aa  52.4  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2836  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 148 aa  52.8  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00380861 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1018  Peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1041  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2785  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.267708 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3686  Peptidoglycan-binding LysM  43.4 
 
 		 97 aa  52.4  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02521  hypothetical protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2328  Transglycosylase domain protein  49.06 
 
 		 256 aa  52  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00483486  hitchhiker  0.000113604 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2800  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2945  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02485  hypothetical protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3216  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3907  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 149 aa  52.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.979345  normal  0.391605 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0490  peptidoglycan-binding LysM  38.36 
 
 		 291 aa  50.4  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000860962  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5181  LysM domain/BON superfamily protein  31.18 
 
 		 156 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.556952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  45 
 
 		 1051 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  37.88 
 
 		 511 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0473  peptidoglycan-binding LysM  29.9 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1406  cation transport ATPase  45.76 
 
 		 1082 aa  50.1  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.52322  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0233  peptidoglycan-binding LysM  46.15 
 
 		 242 aa  50.1  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  37.88 
 
 		 511 aa  50.1  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1904  LysM domain/BON superfamily protein  31.18 
 
 		 156 aa  49.7  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  38.67 
 
 		 390 aa  49.3  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 161 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6198  LysM domain/BON superfamily protein  31.18 
 
 		 156 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0206564  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1818  LysM domain/BON superfamily protein  31.18 
 
 		 156 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1881  LysM domain/BON superfamily protein  31.18 
 
 		 156 aa  49.7  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.168616  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  43.14 
 
 		 161 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 395 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  43.08 
 
 		 364 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1393  LysM domain/BON superfamily protein  31.18 
 
 		 156 aa  48.5  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  35.71 
 
 		 451 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2193  peptidoglycan-binding LysM  32.14 
 
 		 521 aa  48.5  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.81786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 162 aa  48.1  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  41.18 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  43.1 
 
 		 405 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0818  hypothetical protein  46.81 
 
 		 623 aa  47.8  0.0001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1790  LysM domain/BON superfamily protein  30.11 
 
 		 156 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 		 546 aa  47.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 162 aa  48.1  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  41.18 
 
 		 160 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2695  peptidoglycan-binding protein  48.08 
 
 		 440 aa  47.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2667  LysM domain/BON superfamily protein  42.31 
 
 		 158 aa  47.4  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000146101  normal  0.333538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  42.86 
 
 		 156 aa  47.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4952  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 150 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.182933  hitchhiker  0.0000184292 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1352  peptidoglycan-binding LysM  48.08 
 
 		 440 aa  47  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.47776  normal  0.0441198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 552 aa  47  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  37.5 
 
 		 663 aa  46.6  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5954  Transglycosylase domain protein  37.1 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139784  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0258  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 146 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0155386 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  41.07 
 
 		 352 aa  46.2  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  38.89 
 
 		 143 aa  45.8  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0273  LysM domain/BON superfamily protein  42 
 
 		 146 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  44.23 
 
 		 572 aa  45.8  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1112  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 322 aa  45.8  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  35.94 
 
 		 161 aa  45.4  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1024  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 680 aa  45.1  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0999741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  44.44 
 
 		 349 aa  45.1  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  34.62 
 
 		 651 aa  44.7  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  46.15 
 
 		 531 aa  44.7  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0283  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 146 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  40.74 
 
 		 439 aa  44.7  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1176  Peptidoglycan-binding LysM  35.14 
 
 		 676 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0861609  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  40 
 
 		 146 aa  44.3  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  38.89 
 
 		 388 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68400  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 145 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00863438  normal  0.536726 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  41.18 
 
 		 163 aa  44.3  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1869  peptidoglycan-binding LysM  42.19 
 
 		 367 aa  44.3  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5918  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 145 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  43.14 
 
 		 1910 aa  43.5  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2433  treponemal membrane protein, putative  38.81 
 
 		 233 aa  42.7  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00220902  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  34.78 
 
 		 219 aa  43.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>