More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2859 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  97.15 
 
 
421 aa  850    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
421 aa  870    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  64.51 
 
 
418 aa  572  1.0000000000000001e-162  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  55.94 
 
 
420 aa  464  1e-129  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  57.07 
 
 
416 aa  463  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0628  diaminopimelate decarboxylase  55.69 
 
 
420 aa  460  9.999999999999999e-129  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00760  diaminopimelate decarboxylase  48.17 
 
 
445 aa  402  1e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.26 
 
 
413 aa  387  1e-106  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0302  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.02 
 
 
419 aa  381  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3249  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.65 
 
 
421 aa  373  1e-102  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28180  diaminopimelate decarboxylase  46.53 
 
 
432 aa  369  1e-101  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000200142  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1405  diaminopimelate decarboxylase  45.19 
 
 
419 aa  368  1e-101  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0299  diaminopimelate decarboxylase  46.57 
 
 
417 aa  363  4e-99  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000126182  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0514  Diaminopimelate decarboxylase  44.09 
 
 
434 aa  345  8e-94  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00534186 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  34.64 
 
 
402 aa  231  2e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  33.42 
 
 
407 aa  217  4e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  32.49 
 
 
398 aa  210  5e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  31.51 
 
 
421 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  31.22 
 
 
425 aa  199  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  30.37 
 
 
416 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  33.16 
 
 
418 aa  194  2e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  31.19 
 
 
421 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  30.22 
 
 
430 aa  190  5e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  30.27 
 
 
434 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  31.42 
 
 
409 aa  189  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  32.75 
 
 
410 aa  187  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 
429 aa  186  5e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  30.15 
 
 
406 aa  186  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 
402 aa  186  9e-46  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 
402 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  33.17 
 
 
402 aa  185  2.0000000000000003e-45  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  29.98 
 
 
406 aa  180  2.9999999999999997e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  30.17 
 
 
430 aa  181  2.9999999999999997e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  30.25 
 
 
430 aa  177  2e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  32.67 
 
 
407 aa  176  6e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  32.84 
 
 
399 aa  176  7e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 
433 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  30.69 
 
 
424 aa  174  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  32.14 
 
 
386 aa  172  1e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  31.16 
 
 
382 aa  170  5e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  31.44 
 
 
466 aa  169  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 
401 aa  168  2e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  30.6 
 
 
412 aa  166  5e-40  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  31.38 
 
 
386 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  31.19 
 
 
401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.44 
 
 
859 aa  164  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  29.47 
 
 
859 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  31.23 
 
 
420 aa  160  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  29.46 
 
 
415 aa  159  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  28.97 
 
 
453 aa  159  8e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.16 
 
 
410 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  28.82 
 
 
417 aa  157  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  31.34 
 
 
403 aa  158  2e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  29.35 
 
 
435 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 
417 aa  157  3e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  31.3 
 
 
440 aa  157  3e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  26.43 
 
 
418 aa  157  4e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  29 
 
 
416 aa  157  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  30.84 
 
 
410 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  28.85 
 
 
420 aa  156  8e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 
434 aa  156  8e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  30.48 
 
 
412 aa  155  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  28.64 
 
 
427 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  27.45 
 
 
394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  30.54 
 
 
431 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  28.16 
 
 
427 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  31.86 
 
 
427 aa  154  4e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  30.3 
 
 
416 aa  153  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  30.07 
 
 
434 aa  153  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  26.88 
 
 
416 aa  153  5e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  30.83 
 
 
878 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  28.4 
 
 
427 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 
418 aa  152  8.999999999999999e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  31.26 
 
 
420 aa  152  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  30.36 
 
 
410 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  29.09 
 
 
419 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  31.31 
 
 
419 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  31.31 
 
 
419 aa  151  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  28.96 
 
 
445 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  31.02 
 
 
436 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0209  diaminopimelate decarboxylase  29.7 
 
 
415 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  28.26 
 
 
419 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  28.22 
 
 
445 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.16 
 
 
422 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 
420 aa  150  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 
420 aa  150  6e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  30.59 
 
 
435 aa  150  6e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  29.15 
 
 
432 aa  149  6e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  29.79 
 
 
412 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2740  diaminopimelate decarboxylase  25.85 
 
 
411 aa  149  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  30.47 
 
 
436 aa  149  8e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  32.3 
 
 
420 aa  149  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  29.77 
 
 
436 aa  149  9e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  29.43 
 
 
403 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07140  diaminopimelate decarboxylase  29.98 
 
 
448 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.993125  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 
416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  29.36 
 
 
414 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  28.11 
 
 
417 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  29.47 
 
 
420 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  29.17 
 
 
412 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>