More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2807 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
321 aa  650    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  94.38 
 
 
321 aa  619  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  69.59 
 
 
347 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  68.03 
 
 
324 aa  464  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  66.67 
 
 
325 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.18 
 
 
325 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  60.26 
 
 
329 aa  369  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  53.05 
 
 
342 aa  355  5e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  44.66 
 
 
347 aa  290  2e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  45.71 
 
 
318 aa  283  3.0000000000000004e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  44.79 
 
 
319 aa  279  4e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 
322 aa  277  1e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.03 
 
 
322 aa  275  6e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.63 
 
 
320 aa  273  3e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.96 
 
 
324 aa  271  8.000000000000001e-72  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  43.42 
 
 
333 aa  271  8.000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.7 
 
 
328 aa  271  9e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  41.42 
 
 
326 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  41.42 
 
 
326 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.98 
 
 
330 aa  261  1e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.58 
 
 
351 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.79 
 
 
334 aa  257  2e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  39.49 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 
326 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.01 
 
 
337 aa  252  7e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.27 
 
 
331 aa  251  9.000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.91 
 
 
333 aa  251  9.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
333 aa  251  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40 
 
 
343 aa  250  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  42.99 
 
 
348 aa  249  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.22 
 
 
320 aa  249  4e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.81 
 
 
346 aa  249  4e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 
357 aa  249  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  41.35 
 
 
349 aa  248  7e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.41 
 
 
355 aa  248  8e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 
354 aa  248  9e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  40.57 
 
 
356 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  41.41 
 
 
355 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
355 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.18 
 
 
351 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.41 
 
 
355 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  41.41 
 
 
355 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.12 
 
 
337 aa  247  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.94 
 
 
352 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.74 
 
 
381 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
355 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.85 
 
 
336 aa  246  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.81 
 
 
332 aa  246  4e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  40.74 
 
 
362 aa  245  6.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.68 
 
 
356 aa  245  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 
355 aa  245  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  41.93 
 
 
346 aa  244  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  41.1 
 
 
355 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.78 
 
 
332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  40.8 
 
 
355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.12 
 
 
326 aa  243  3e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.1 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.01 
 
 
332 aa  243  3e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
358 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.41 
 
 
354 aa  242  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 
332 aa  242  6e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  37.18 
 
 
335 aa  242  6e-63  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.12 
 
 
325 aa  242  7e-63  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 
332 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 
354 aa  242  7.999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
332 aa  241  7.999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.8 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.8 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  40.8 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
357 aa  241  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  40.8 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.8 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.41 
 
 
352 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  44.16 
 
 
331 aa  241  1e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.8 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
324 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
324 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  38.36 
 
 
308 aa  240  2e-62  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.29 
 
 
348 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.1 
 
 
332 aa  241  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.99 
 
 
348 aa  240  2e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  43.23 
 
 
334 aa  241  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.1 
 
 
332 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
341 aa  238  1e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
332 aa  237  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.24 
 
 
353 aa  237  3e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.59 
 
 
354 aa  236  3e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  42.72 
 
 
306 aa  236  3e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  42.72 
 
 
306 aa  236  3e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  42.19 
 
 
350 aa  236  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  40.31 
 
 
334 aa  236  4e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 
327 aa  235  9e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.8 
 
 
354 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.43 
 
 
332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 
333 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.25 
 
 
332 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.56 
 
 
317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.25 
 
 
356 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.22 
 
 
333 aa  232  8.000000000000001e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>