111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2713 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 335 aa  687    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  94.08 
 
 		 338 aa  607  9.999999999999999e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  62.2 
 
 		 333 aa  434  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000030411  hitchhiker  0.00000000000323717 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  59.53 
 
 		 340 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  61.08 
 
 		 335 aa  411  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  51.99 
 
 		 331 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  44.19 
 
 		 339 aa  287  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  38.62 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000322112  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  31.48 
 
 		 440 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  31.58 
 
 		 435 aa  152  5e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  30.64 
 
 		 440 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  30.64 
 
 		 440 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.68 
 
 		 429 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  27.3 
 
 		 383 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  27.94 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  30 
 
 		 394 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000201658  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  29.69 
 
 		 388 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  28.75 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  28.22 
 
 		 395 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  28.22 
 
 		 364 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  29.06 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  29.02 
 
 		 389 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  27.36 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  28.53 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  27.89 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  27.55 
 
 		 369 aa  102  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  28.1 
 
 		 390 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  27.88 
 
 		 358 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  25.85 
 
 		 367 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  26.38 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  26.77 
 
 		 353 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  27.1 
 
 		 341 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  27.42 
 
 		 341 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  28.01 
 
 		 341 aa  96.3  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  26.09 
 
 		 345 aa  96.3  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  28.21 
 
 		 420 aa  96.3  7e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  26.72 
 
 		 341 aa  94.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.8 
 
 		 374 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  27.48 
 
 		 376 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.48 
 
 		 376 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  27.15 
 
 		 376 aa  92.8  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  26.17 
 
 		 365 aa  92.8  8e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  26.33 
 
 		 349 aa  92.4  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  27.74 
 
 		 378 aa  92.4  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  26.48 
 
 		 341 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 		 374 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000243599 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  26.82 
 
 		 376 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235775 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  27.33 
 
 		 374 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.29 
 
 		 393 aa  90.5  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  26.88 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  26.88 
 
 		 349 aa  90.1  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  28.74 
 
 		 405 aa  89.7  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  27.81 
 
 		 374 aa  89.4  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  26.07 
 
 		 343 aa  89.4  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  27.54 
 
 		 394 aa  89  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  27.84 
 
 		 346 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  27.92 
 
 		 368 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  28.34 
 
 		 403 aa  87.4  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  25.3 
 
 		 369 aa  87.4  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  26.76 
 
 		 364 aa  86.7  5e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  27.22 
 
 		 345 aa  86.7  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  24.62 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  27.92 
 
 		 408 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  24.93 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  25.92 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  27.95 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  26.78 
 
 		 362 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  25.9 
 
 		 364 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  27.88 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  26.53 
 
 		 409 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  24.28 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  25.41 
 
 		 426 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  28.24 
 
 		 367 aa  73.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  30.6 
 
 		 384 aa  73.9  0.000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  30.68 
 
 		 366 aa  73.2  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 		 384 aa  72.8  0.000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  25.61 
 
 		 419 aa  72.8  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  25.77 
 
 		 417 aa  72.4  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  22.86 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  23.14 
 
 		 359 aa  68.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  59.18 
 
 		 430 aa  68.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  22.99 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  44.9 
 
 		 377 aa  54.7  0.000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  39.44 
 
 		 1051 aa  52.4  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1442  hypothetical protein  40 
 
 		 212 aa  49.7  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2915  Peptidoglycan-binding LysM  43.1 
 
 		 566 aa  47.4  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 166 aa  47  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 161 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  40 
 
 		 161 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  25.5 
 
 		 329 aa  46.6  0.0006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0431  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 543 aa  46.6  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000410197  normal  0.723763 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1074  signal peptide protein  35.23 
 
 		 568 aa  45.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.107534  normal  0.60277 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  35.85 
 
 		 243 aa  44.7  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000199986  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4163  hypothetical protein  35.8 
 
 		 556 aa  45.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.868125  normal  0.304031 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  38.46 
 
 		 161 aa  45.1  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  39.58 
 
 		 219 aa  45.1  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2152  Peptidoglycan-binding LysM  36.92 
 
 		 334 aa  44.7  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  39.58 
 
 		 160 aa  44.3  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4237  peptidoglycan-binding LysM  35.29 
 
 		 1910 aa  44.3  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.618664  normal  0.182755 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>