More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2712 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1528  DNA protecting protein DprA  95.82 
 
 		 359 aa  694    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.42126e-31 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2712  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 359 aa  723    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00267536  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  67.31 
 
 		 359 aa  479  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2550  DNA processing protein DprA  61.76 
 
 		 356 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304192  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  59.27 
 
 		 358 aa  402  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0529  DNA protecting protein DprA  55.43 
 
 		 371 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102387  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  53.44 
 
 		 364 aa  350  3e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  46.96 
 
 		 386 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  43.49 
 
 		 370 aa  288  8e-77  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  44.83 
 
 		 362 aa  286  4e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  43.6 
 
 		 374 aa  286  4e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  42.82 
 
 		 389 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  44.67 
 
 		 366 aa  277  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07520  DNA protecting protein DprA  40.27 
 
 		 409 aa  267  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.891455  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  45.38 
 
 		 372 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  44.84 
 
 		 385 aa  265  7e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  45.63 
 
 		 361 aa  263  4e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0103  DNA protecting protein DprA  43.56 
 
 		 365 aa  261  1e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0599  DNA protecting protein DprA  45.96 
 
 		 394 aa  261  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.148256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0408  Rossmann-fold nucleotide-binding protein  42.25 
 
 		 366 aa  256  4e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0567  DNA protecting protein DprA  41.76 
 
 		 356 aa  253  3e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  44.44 
 
 		 385 aa  252  7e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  45.19 
 
 		 336 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0180  DNA protecting protein DprA  41.67 
 
 		 382 aa  249  4e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  43.47 
 
 		 360 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0571  DNA protecting protein DprA  43.87 
 
 		 375 aa  247  3e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.607235  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1985  DNA protecting protein DprA  42.6 
 
 		 364 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435802  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  41.23 
 
 		 373 aa  245  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0890  DNA protecting protein DprA  40.97 
 
 		 395 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.135631  normal  0.947282 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  44.23 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  43.52 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3661  DNA protecting protein DprA  41.96 
 
 		 365 aa  244  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  41.27 
 
 		 379 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  40.78 
 
 		 406 aa  240  2e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3792  SMF protein  39.89 
 
 		 372 aa  241  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  41.99 
 
 		 399 aa  239  4e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  40.39 
 
 		 373 aa  239  5e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  41.07 
 
 		 374 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3718  DNA protecting protein DprA  39.68 
 
 		 389 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000018591  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  43.3 
 
 		 368 aa  237  2e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0839  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  41.45 
 
 		 362 aa  237  2e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00754519  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0474  DNA protecting protein DprA  40.66 
 
 		 367 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.13893  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  45.68 
 
 		 368 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0443  DNA protecting protein DprA  39.67 
 
 		 375 aa  234  2.0000000000000002e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0740883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  40.95 
 
 		 388 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1041  DNA protecting protein DprA  44.21 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.367593  normal  0.132089 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1380  DNA protecting protein DprA  39.08 
 
 		 349 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  normal  0.326941 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2083  transcriptional regulator TrmB  43.28 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1527  DNA protecting protein DprA  37.85 
 
 		 364 aa  229  7e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0993227  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1610  DNA protecting protein DprA  39.12 
 
 		 370 aa  227  2e-58  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  46.05 
 
 		 399 aa  226  4e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  40.53 
 
 		 379 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  41.08 
 
 		 401 aa  226  6e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  36.07 
 
 		 421 aa  225  8e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0383  DNA protecting protein DprA  37.26 
 
 		 381 aa  225  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.2777  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0314  DNA protecting protein DprA  40.44 
 
 		 392 aa  225  8e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.9 
 
 		 369 aa  225  9e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  42.54 
 
 		 364 aa  225  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0507  DNA protecting protein DprA  41.67 
 
 		 362 aa  224  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.402405  hitchhiker  0.00180808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  40.5 
 
 		 389 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0382  DNA protecting protein DprA  39.72 
 
 		 382 aa  223  3e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0642748 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  40.66 
 
 		 365 aa  223  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1290  DNA protecting protein DprA  41.7 
 
 		 363 aa  222  7e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00929772  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1581  DNA processing protein DprA, putative  38.52 
 
 		 425 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.301322  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  39.32 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  41.32 
 
 		 369 aa  220  3e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  40.22 
 
 		 375 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2723  DNA protecting protein DprA  34.45 
 
 		 369 aa  219  6e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.36752  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  47.39 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1716  DNA protecting protein DprA  38.62 
 
 		 387 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.913278  normal  0.251857 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  39.89 
 
 		 361 aa  218  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  47.02 
 
 		 377 aa  218  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  39.94 
 
 		 365 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  37.79 
 
 		 422 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  39.94 
 
 		 365 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  47.81 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  38.81 
 
 		 369 aa  215  7e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  37.85 
 
 		 399 aa  215  8e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  45.32 
 
 		 434 aa  215  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  46.67 
 
 		 308 aa  215  9e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  46.39 
 
 		 433 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  45.32 
 
 		 434 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  46.67 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1675  DNA protecting protein DprA  35.65 
 
 		 360 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0238407  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  49.1 
 
 		 394 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  41.19 
 
 		 387 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1957  DNA protecting protein DprA  35.93 
 
 		 360 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  46.69 
 
 		 401 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  37.97 
 
 		 386 aa  212  7e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0703  DNA processing protein DprA, putative  39.07 
 
 		 402 aa  212  7.999999999999999e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.055587  normal  0.280141 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0412  DNA protecting protein DprA  40.52 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  37.85 
 
 		 408 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  48.72 
 
 		 366 aa  210  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1159  DNA protecting protein DprA  44.17 
 
 		 668 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.20942 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 386 aa  209  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  54.15 
 
 		 434 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  54.15 
 
 		 434 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  45.32 
 
 		 396 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  54.15 
 
 		 434 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  45.32 
 
 		 396 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>