More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2707 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 230 aa  464  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  93.91 
 
 		 230 aa  441  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  69.13 
 
 		 231 aa  327  8e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  67.84 
 
 		 228 aa  315  5e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  66.67 
 
 		 237 aa  309  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  66.09 
 
 		 231 aa  293  2e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  62.28 
 
 		 228 aa  281  6.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  60.79 
 
 		 228 aa  276  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  50.67 
 
 		 227 aa  231  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2739  alanine racemase domain protein  53.54 
 
 		 231 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  49.78 
 
 		 226 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  50.22 
 
 		 234 aa  213  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  50.66 
 
 		 231 aa  212  2.9999999999999995e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  46.46 
 
 		 235 aa  212  3.9999999999999995e-54  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  49.78 
 
 		 231 aa  211  5.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  52.86 
 
 		 234 aa  211  9e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0703  alanine racemase domain-containing protein  50.65 
 
 		 229 aa  209  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0858  hypothetical protein  49.57 
 
 		 236 aa  205  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0454343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  44.87 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  47.19 
 
 		 230 aa  202  4e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  43.86 
 
 		 224 aa  201  9e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  46.32 
 
 		 244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  43.42 
 
 		 235 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  45.58 
 
 		 233 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4047  alanine racemase domain protein  42.73 
 
 		 233 aa  198  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0138922  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1414  alanine racemase domain-containing protein  52.19 
 
 		 234 aa  198  6e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000108104  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  41.2 
 
 		 253 aa  198  7e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  46.35 
 
 		 236 aa  197  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  46.22 
 
 		 225 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  42.86 
 
 		 235 aa  196  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2011  alanine racemase domain protein  45.18 
 
 		 220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  46.02 
 
 		 234 aa  195  5.000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  47.39 
 
 		 232 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  46.72 
 
 		 229 aa  192  4e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  44.87 
 
 		 255 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2910  alanine racemase domain-containing protein  48.29 
 
 		 242 aa  191  6e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000373899  normal  0.226909 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  47.75 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  45.3 
 
 		 241 aa  191  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  47.81 
 
 		 229 aa  190  2e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  46.72 
 
 		 227 aa  188  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  46.72 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  47.6 
 
 		 237 aa  188  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  46.75 
 
 		 230 aa  187  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  45.06 
 
 		 241 aa  187  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  44.98 
 
 		 228 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3003  hypothetical protein  47.35 
 
 		 231 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  45.02 
 
 		 229 aa  187  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1015  alanine racemase domain protein  46.88 
 
 		 247 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1116  alanine racemase domain protein  48.04 
 
 		 219 aa  187  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0312206  normal  0.913907 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1539  alanine racemase domain-containing protein  46.51 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.237332  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  45.06 
 
 		 233 aa  186  2e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  46.96 
 
 		 229 aa  187  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  47.81 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  46.72 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  45.96 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  46.32 
 
 		 237 aa  184  9e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  49.04 
 
 		 213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3912  alanine racemase domain protein  51.42 
 
 		 243 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.459164  normal  0.0218623 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0085  alanine racemase domain protein  47.35 
 
 		 235 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  48.03 
 
 		 229 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  43.91 
 
 		 244 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  44.78 
 
 		 234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  43.11 
 
 		 275 aa  182  3e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1034  alanine racemase domain protein  43.36 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000216914  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2208  alanine racemase domain protein  43.14 
 
 		 272 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.834769 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  46.29 
 
 		 229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1094  alanine racemase domain-containing protein  44.44 
 
 		 229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.952967  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1026  alanine racemase domain-containing protein  44.44 
 
 		 229 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  46.32 
 
 		 235 aa  181  7e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2108  hypothetical protein  47.14 
 
 		 241 aa  181  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  43.29 
 
 		 237 aa  179  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3449  alanine racemase domain-containing protein  40.17 
 
 		 219 aa  179  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  45.02 
 
 		 246 aa  180  2e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  47.66 
 
 		 240 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5046  hypothetical protein  44.54 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.166269  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  46.93 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  45.92 
 
 		 235 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  44.64 
 
 		 237 aa  179  4e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  45.76 
 
 		 234 aa  179  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  45.22 
 
 		 229 aa  178  4.999999999999999e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  46.78 
 
 		 237 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1822  hypothetical protein  40.43 
 
 		 219 aa  178  5.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000058196  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  44.21 
 
 		 236 aa  178  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  46.72 
 
 		 228 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  43.1 
 
 		 239 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1062  hypothetical protein  42.79 
 
 		 216 aa  177  1e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  43.1 
 
 		 232 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6290  alanine racemase domain protein  46.41 
 
 		 225 aa  176  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.418922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  45.76 
 
 		 234 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  44.59 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  45.22 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1904  alanine racemase domain protein  44.44 
 
 		 224 aa  176  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>