247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2668 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1567  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  95.7 
 
 		 629 aa  1256    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2668  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  100 
 
 		 629 aa  1302    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111087  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2531  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  48.97 
 
 		 636 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2914  hypothetical protein  42.08 
 
 		 658 aa  451  1e-125  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0874  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.83 
 
 		 704 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0878  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.83 
 
 		 704 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0827  superfamily I DNA/RNA helicase  24.96 
 
 		 737 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0025  UvrD/Rep helicase family protein  29.73 
 
 		 852 aa  99  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0864  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  31.37 
 
 		 703 aa  92.8  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0926772 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  28.99 
 
 		 691 aa  85.5  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  28.57 
 
 		 691 aa  85.1  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1872  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.72 
 
 		 763 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1591  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.72 
 
 		 763 aa  82.8  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.68447  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0116  hypothetical protein  26.93 
 
 		 335 aa  82  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  28.68 
 
 		 689 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16000  DNA/RNA helicase, superfamily I  29.78 
 
 		 813 aa  81.6  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  28.3 
 
 		 689 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0489  hypothetical protein  25.81 
 
 		 692 aa  80.5  0.0000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0388236 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5216  superfamily I DNA/RNA helicase  22.96 
 
 		 722 aa  79.7  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  28.3 
 
 		 689 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  28.3 
 
 		 689 aa  79.7  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  28.3 
 
 		 689 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  28.63 
 
 		 702 aa  79.3  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  28.3 
 
 		 689 aa  79  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1510  ATP-dependent DNA helicase  29.61 
 
 		 742 aa  78.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000268127 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2425  hypothetical protein  33.33 
 
 		 771 aa  77.8  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.548064  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  28.44 
 
 		 780 aa  77.8  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4077  hypothetical protein  24.52 
 
 		 695 aa  77.4  0.0000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0451671 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  28.57 
 
 		 691 aa  77.4  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  29.15 
 
 		 712 aa  76.6  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  28.35 
 
 		 689 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4482  hypothetical protein  23.93 
 
 		 680 aa  75.1  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0032  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.7 
 
 		 786 aa  74.3  0.000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1632  ATP-dependent DNA helicase rep  28.35 
 
 		 703 aa  73.9  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  29.13 
 
 		 755 aa  73.9  0.000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4871  hypothetical protein  31.84 
 
 		 666 aa  73.2  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24030  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.17 
 
 		 710 aa  72.8  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1311  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.07 
 
 		 748 aa  72.4  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1552  hypothetical protein  31.28 
 
 		 754 aa  72.8  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457555  normal  0.0469841 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14320  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.49 
 
 		 758 aa  72  0.00000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00598075  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4189  hypothetical protein  31.3 
 
 		 902 aa  72  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.060673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3607  ATP-dependent DNA helicase  29.88 
 
 		 759 aa  71.2  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0408041 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5818  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.49 
 
 		 766 aa  70.9  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.814611 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  26.32 
 
 		 760 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3516  hypothetical protein  23.83 
 
 		 768 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2857  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.14 
 
 		 788 aa  68.6  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1050  hypothetical protein  27.27 
 
 		 702 aa  67.8  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2547  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.36 
 
 		 861 aa  67.8  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0101417  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2397  putative ATP/GTP binding protein  26.47 
 
 		 727 aa  67.8  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115029  normal  0.0547233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.04 
 
 		 767 aa  67.4  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  29.49 
 
 		 753 aa  67  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2679  Superfamily I DNA and RNA helicase  27 
 
 		 1048 aa  66.6  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357877  normal  0.0252741 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1135  hypothetical protein  28.31 
 
 		 269 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0285416  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  25.84 
 
 		 725 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  25.2 
 
 		 603 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.45 
 
 		 659 aa  66.2  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  26.01 
 
 		 778 aa  66.2  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1224  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.92 
 
 		 645 aa  65.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1262  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.17 
 
 		 757 aa  65.5  0.000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188499  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0083  hypothetical protein  30.41 
 
 		 785 aa  65.5  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  25.86 
 
 		 673 aa  65.5  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1075  helicase, UvrD/Rep family  27.85 
 
 		 777 aa  65.1  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0171  superfamily I DNA and RNA helicase  27.71 
 
 		 759 aa  64.7  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  24.95 
 
 		 712 aa  64.7  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09430  DNA/RNA helicase, superfamily I  31.76 
 
 		 705 aa  64.7  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.260549 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7576  hypothetical protein  29.87 
 
 		 795 aa  64.7  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8440  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 685 aa  64.7  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0973  UvrD/Rep family helicase  27.4 
 
 		 776 aa  64.3  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0951  ATP-dependent DNA helicase replicase  27.4 
 
 		 777 aa  64.7  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1040  UvrD/Rep family helicase  27.4 
 
 		 776 aa  64.3  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1511  ATP-dependent DNA helicase  28.45 
 
 		 742 aa  64.7  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4092  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.82 
 
 		 670 aa  64.3  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.445905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1206  helicase, UvrD/Rep family  27.83 
 
 		 777 aa  63.9  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0580  putative helicase  28.47 
 
 		 706 aa  63.9  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.937698  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1592  hypothetical protein  28.44 
 
 		 776 aa  64.3  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.430325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0566  helicase, putative  28.47 
 
 		 706 aa  63.9  0.000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.712813  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  23.81 
 
 		 738 aa  63.9  0.000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0961  ATP-dependent DNA helicase replicase  27.71 
 
 		 776 aa  63.2  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1118  helicase, UvrD/Rep family  27.85 
 
 		 776 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0603205 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0956  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 		 778 aa  63.2  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22980  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.57 
 
 		 741 aa  63.2  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.51647  normal  0.435822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4508  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.95 
 
 		 693 aa  63.5  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  20.45 
 
 		 597 aa  63.2  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  23.59 
 
 		 1107 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  25.26 
 
 		 515 aa  62.8  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2598  putative helicase  26.96 
 
 		 734 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75582 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0765  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.06 
 
 		 832 aa  62.4  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.360581  normal  0.192195 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10650  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.39 
 
 		 747 aa  62  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.85506  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3817  hypothetical protein  29.09 
 
 		 765 aa  62  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1963  helicase  28.31 
 
 		 748 aa  62  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5583  putative helicase  28.81 
 
 		 874 aa  62  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8108  ATP-dependent DNA helicase  27.07 
 
 		 719 aa  61.6  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3630  hypothetical protein  28.38 
 
 		 705 aa  61.2  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000100418 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0457  superfamily I DNA and RNA helicase  27.9 
 
 		 710 aa  61.2  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3388  hypothetical protein  28.82 
 
 		 706 aa  61.2  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.667328 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2694  hypothetical protein  24.77 
 
 		 679 aa  60.8  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4146  putative ATP-dependent DNA helicase  30.56 
 
 		 717 aa  60.5  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8908  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.53 
 
 		 672 aa  60.5  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2447  putative ATP-dependent DNA helicase  26.2 
 
 		 792 aa  60.5  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.250058  normal  0.190451 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0201  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26 
 
 		 772 aa  60.1  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>