More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2645 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2048  TPR repeat-containing protein  57.47 
 
 
573 aa  682  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.732994  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1589  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  93.88 
 
 
572 aa  1073  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.499739 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2645  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 
572 aa  1152  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000110346  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  54.53 
 
 
573 aa  631  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1233  intermediate filament protein  51.91 
 
 
573 aa  610  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.190296 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2656  TPR repeat-containing protein  45.57 
 
 
568 aa  521  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  1.62187e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  44.29 
 
 
566 aa  470  1e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.20088e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  31.32 
 
 
567 aa  286  5e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1872  TPR repeat-containing protein  30.87 
 
 
594 aa  230  4e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0261679  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  28.27 
 
 
594 aa  206  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  29.38 
 
 
632 aa  171  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.49 
 
 
563 aa  167  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1861  TPR repeat-containing protein  27.75 
 
 
565 aa  165  2e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.244613  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.13 
 
 
599 aa  165  2e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.42 
 
 
722 aa  161  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1550  TPR repeat-containing protein  27.47 
 
 
562 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.119519  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2117  TPR repeat-containing protein  33.57 
 
 
566 aa  156  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000306715  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  24.31 
 
 
878 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  35.52 
 
 
619 aa  146  8e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  32.31 
 
 
677 aa  142  1e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.15 
 
 
581 aa  143  1e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.53 
 
 
610 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  25.65 
 
 
1676 aa  140  5e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  32.01 
 
 
610 aa  140  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  24.06 
 
 
810 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  31.49 
 
 
583 aa  136  1e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  33.7 
 
 
607 aa  135  2e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0520  TPR repeat-containing protein  35.15 
 
 
621 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  24.45 
 
 
621 aa  130  7e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  29.41 
 
 
593 aa  129  1e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  26.55 
 
 
573 aa  128  2e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  24.27 
 
 
621 aa  128  2e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  30.58 
 
 
593 aa  128  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.89 
 
 
557 aa  128  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.89 
 
 
594 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  23.5 
 
 
603 aa  127  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.5 
 
 
553 aa  126  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  31.03 
 
 
617 aa  126  1e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1117  TPR repeat-containing protein  29.34 
 
 
585 aa  126  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.573354 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  26.79 
 
 
595 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  34 
 
 
572 aa  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.21 
 
 
2240 aa  125  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  26.05 
 
 
581 aa  124  7e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  22.31 
 
 
1737 aa  123  7e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  32.71 
 
 
592 aa  122  1e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3074  TPR domain protein  30.92 
 
 
584 aa  122  2e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83813  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3694  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 
638 aa  121  4e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.663272  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  25.35 
 
 
1694 aa  120  8e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  29.48 
 
 
592 aa  120  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3744  tetratricopeptide TPR_2  32.74 
 
 
572 aa  119  2e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2478  TPR repeat-containing protein  24.57 
 
 
884 aa  117  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.599046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1382  TPR repeat-containing protein  24.68 
 
 
579 aa  117  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.18968  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  25.78 
 
 
586 aa  117  8e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  29.91 
 
 
566 aa  116  1e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  29.91 
 
 
425 aa  116  1e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2168  TPR repeat-containing protein  33.62 
 
 
573 aa  114  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.28547  normal  0.066147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0485  tetratricopeptide TPR_2  31.06 
 
 
566 aa  114  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  27.98 
 
 
606 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.46 
 
 
574 aa  114  7e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  28.25 
 
 
606 aa  113  8e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  22.07 
 
 
4079 aa  112  1e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  22.52 
 
 
3172 aa  112  2e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2032  TPR repeat-containing protein  26.13 
 
 
883 aa  111  4e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.192732  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2472  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 
566 aa  111  4e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4380  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.67 
 
 
619 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.842579  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3111  TPR repeat-containing protein  27.83 
 
 
631 aa  109  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.651134 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3430  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.83 
 
 
633 aa  109  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.345499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4074  TPR repeat-containing protein  23.95 
 
 
622 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0588  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.8 
 
 
571 aa  108  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.795395  normal  0.0835537 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0382  TPR repeat-containing protein  26.8 
 
 
576 aa  108  3e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  25.7 
 
 
572 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3305  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.18 
 
 
633 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.68435  normal  0.412793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  39.86 
 
 
642 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2747  TPR repeat-containing protein  29.11 
 
 
617 aa  104  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.538174  normal  0.232228 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  22.03 
 
 
936 aa  104  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  24.8 
 
 
864 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1154  TPR repeat-containing protein  23.23 
 
 
511 aa  103  7e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  21.62 
 
 
1276 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2367  TPR repeat-containing protein  22.76 
 
 
860 aa  103  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  23.29 
 
 
543 aa  103  1e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  23.39 
 
 
486 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2321  TPR repeat-containing protein  21.06 
 
 
750 aa  102  3e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  22.01 
 
 
562 aa  101  4e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0523  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.27 
 
 
582 aa  101  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2555  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.09 
 
 
804 aa  101  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.152731  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  23.09 
 
 
1154 aa  100  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  24.42 
 
 
520 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  24.88 
 
 
562 aa  100  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  25.34 
 
 
955 aa  100  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1284  TPR repeat-containing protein  25.87 
 
 
612 aa  99  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0264  TPR repeat-containing protein  34.62 
 
 
599 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.907544  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  26.37 
 
 
613 aa  99  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  22.25 
 
 
448 aa  98.6  3e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  24.33 
 
 
745 aa  98.2  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>