More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2596 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 290 aa  574  1.0000000000000001e-163  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  90 
 
 		 290 aa  488  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  59.86 
 
 		 286 aa  292  4e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  58.74 
 
 		 286 aa  287  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  54.32 
 
 		 289 aa  272  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  49.64 
 
 		 283 aa  253  3e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  40.69 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  48.44 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  39.72 
 
 		 279 aa  209  6e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 277 aa  208  8e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 288 aa  206  4e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 277 aa  206  4e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 		 280 aa  206  4e-52  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 278 aa  205  7e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  205  8e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 277 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 		 277 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 277 aa  203  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  40.29 
 
 		 277 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 277 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  38.85 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.57 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  38.38 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 289 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 277 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  38.54 
 
 		 280 aa  196  5.000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  42.2 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  42.2 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  41.42 
 
 		 298 aa  191  8e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  46.79 
 
 		 279 aa  192  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 276 aa  191  9e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 288 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 		 288 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 288 aa  188  9e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  35.99 
 
 		 284 aa  186  4e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 273 aa  185  7e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  41.05 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  37.91 
 
 		 268 aa  179  5.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  37.91 
 
 		 268 aa  179  5.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 273 aa  178  1e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  47.18 
 
 		 284 aa  176  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 269 aa  176  6e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  42.51 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  38.63 
 
 		 283 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.05 
 
 		 288 aa  171  9e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.07 
 
 		 280 aa  171  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  42.81 
 
 		 276 aa  171  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  39.05 
 
 		 286 aa  170  3e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.69 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.69 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.69 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.69 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.69 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 		 278 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.69 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  36.07 
 
 		 288 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.96 
 
 		 286 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  45.04 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 275 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  44.44 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 279 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  37.68 
 
 		 286 aa  163  4.0000000000000004e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 		 279 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  44.13 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  36.2 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  38.58 
 
 		 284 aa  159  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.53 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 276 aa  159  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  40.43 
 
 		 278 aa  159  7e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.27 
 
 		 269 aa  159  7e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  41.4 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  41.76 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  45.9 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.99 
 
 		 290 aa  156  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  45.9 
 
 		 278 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.77 
 
 		 289 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30.29 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  39.32 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>