More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2459 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1758  rod shape-determining protein RodA  96.17 
 
 		 366 aa  654    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.225068 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2459  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 366 aa  734    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2857  rod shape-determining protein RodA  79.78 
 
 		 366 aa  601  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0929  rod shape-determining protein RodA  72.13 
 
 		 366 aa  534  1e-150  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00142012  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2078  rod shape-determining protein RodA  71.58 
 
 		 366 aa  520  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.73314  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2544  rod shape-determining protein RodA  68.03 
 
 		 366 aa  513  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2491  rod shape-determining protein RodA  66.12 
 
 		 366 aa  477  1e-133  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0147688  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1045  rod shape-determining membrane protein; sensitivity to radiation and drugs  63.11 
 
 		 365 aa  434  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2588  rod shape-determining protein RodA  47.55 
 
 		 371 aa  333  4e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0958791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0596  rod shape-determining protein RodA  51.12 
 
 		 368 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000143295  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2218  rod shape-determining protein RodA  49.73 
 
 		 373 aa  318  1e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.466784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1455  rod shape-determining protein RodA  48.91 
 
 		 373 aa  316  4e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1358  rod shape-determining protein RodA  48.91 
 
 		 373 aa  316  5e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0160  rod shape-determining protein RodA  47.97 
 
 		 368 aa  315  8e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.714589  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3360  rod shape-determining protein RodA  47.84 
 
 		 369 aa  308  6.999999999999999e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132084  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0992  rod shape-determining protein RodA  47.7 
 
 		 371 aa  306  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0276003  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2127  rod shape-determining protein RodA  45.9 
 
 		 365 aa  306  5.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000937002  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2497  rod shape-determining protein RodA  49.45 
 
 		 373 aa  305  7e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.689415  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2188  rod shape-determining protein RodA  46.59 
 
 		 371 aa  295  9e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0470446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2483  rod shape-determining protein RodA  44.75 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.113844 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2824  rod shape-determining protein RodA  49.59 
 
 		 371 aa  292  7e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.806923 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1371  rod shape-determining protein RodA  48.22 
 
 		 373 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0444396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3332  rod shape-determining protein RodA  44.5 
 
 		 380 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00191901  normal  0.82399 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1416  rod shape-determining protein RodA  44.78 
 
 		 384 aa  286  5e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  43.85 
 
 		 367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  43.85 
 
 		 367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  43.85 
 
 		 367 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  44.13 
 
 		 368 aa  273  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  46.22 
 
 		 368 aa  272  6e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  43.09 
 
 		 373 aa  272  8.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  43.93 
 
 		 372 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  43.93 
 
 		 368 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0544  rod shape-determining protein RodA  42.02 
 
 		 378 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000511075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  43.93 
 
 		 368 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  43.93 
 
 		 368 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  43.93 
 
 		 368 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  41.27 
 
 		 372 aa  269  4e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  43.02 
 
 		 368 aa  270  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  43.1 
 
 		 374 aa  269  5e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0659  rod shape-determining protein RodA  41.29 
 
 		 386 aa  268  8e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782988  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  43.9 
 
 		 368 aa  266  5e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  44.19 
 
 		 368 aa  265  8.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  50.55 
 
 		 366 aa  265  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  43.09 
 
 		 373 aa  263  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  43.8 
 
 		 368 aa  261  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  43.9 
 
 		 373 aa  260  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0591  rod shape-determining protein MreD  41.71 
 
 		 379 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0496  rod shape-determining protein RodA  41.81 
 
 		 366 aa  259  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0674851  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  50.7 
 
 		 371 aa  259  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  46.46 
 
 		 373 aa  259  6e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  41.62 
 
 		 372 aa  258  8e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  43.71 
 
 		 370 aa  256  4e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  42.98 
 
 		 376 aa  255  8e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  40.05 
 
 		 371 aa  255  9e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  43.41 
 
 		 370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  44.07 
 
 		 373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3679  rod shape-determining protein RodA  42.82 
 
 		 376 aa  253  3e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1466  rod shape-determining protein RodA  39.94 
 
 		 363 aa  252  8.000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.104097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2541  rod shape-determining protein RodA  40.59 
 
 		 412 aa  251  1e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  43.65 
 
 		 370 aa  251  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1611  rod shape-determining protein RodA  40.58 
 
 		 377 aa  250  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.749237  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14170  cell cycle protein  37.99 
 
 		 379 aa  250  2e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.73666e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0522  rod shape-determining protein RodA  42.47 
 
 		 372 aa  250  3e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.886192  hitchhiker  0.00122393 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0060  rod shape-determining protein RodA  41.29 
 
 		 373 aa  250  3e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1493  rod shape-determining protein RodA  41.73 
 
 		 385 aa  249  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  44.67 
 
 		 373 aa  249  7e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  45.51 
 
 		 366 aa  249  8e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4344  rod shape-determining protein RodA  40.62 
 
 		 387 aa  248  8e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000124977  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1514  rod shape-determining protein  42.69 
 
 		 382 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  43.93 
 
 		 372 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  44.77 
 
 		 368 aa  248  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  41.34 
 
 		 376 aa  248  2e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  44.81 
 
 		 380 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  43.54 
 
 		 381 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  246  4e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  43.71 
 
 		 370 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  46.23 
 
 		 380 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  42.66 
 
 		 364 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5928  rod shape-determining protein RodA  39.57 
 
 		 378 aa  245  6.999999999999999e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.348942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0663  rod shape-determining protein RodA  42.69 
 
 		 362 aa  246  6.999999999999999e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00441325  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  42.18 
 
 		 403 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  41.18 
 
 		 382 aa  245  8e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1308  rod shape-determining protein RodA  38.2 
 
 		 369 aa  245  9e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0292319  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  42.94 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  42.94 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08400  rod shape-determining protein RodA  44.64 
 
 		 382 aa  245  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41497  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  42.94 
 
 		 370 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  44.35 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12070  rod shape-determining protein  45.54 
 
 		 367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>