More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2433 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  95.49 
 
 		 532 aa  1028    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  81.36 
 
 		 533 aa  882    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  83.05 
 
 		 533 aa  919    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  72.74 
 
 		 534 aa  778    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  74.2 
 
 		 530 aa  818    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  79.85 
 
 		 533 aa  860    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 		 532 aa  1072    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  74.38 
 
 		 530 aa  807    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  56.66 
 
 		 533 aa  600  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  51.5 
 
 		 524 aa  518  1e-146  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  50.84 
 
 		 533 aa  514  1e-144  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  45.9 
 
 		 531 aa  475  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  47.55 
 
 		 525 aa  474  1e-132  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  44.74 
 
 		 530 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  45.88 
 
 		 533 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  44.57 
 
 		 532 aa  449  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  44.01 
 
 		 532 aa  450  1e-125  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  44.82 
 
 		 526 aa  432  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  41.74 
 
 		 535 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  44.02 
 
 		 594 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  41.74 
 
 		 534 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  44.02 
 
 		 594 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  41.17 
 
 		 532 aa  402  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  40.96 
 
 		 533 aa  405  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  40.89 
 
 		 533 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  40.26 
 
 		 533 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  41.55 
 
 		 533 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  41.54 
 
 		 533 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  41.17 
 
 		 632 aa  385  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.3 
 
 		 856 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.21 
 
 		 856 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  41.17 
 
 		 632 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.35 
 
 		 853 aa  381  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  41.2 
 
 		 632 aa  378  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  42.54 
 
 		 839 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  41.68 
 
 		 618 aa  374  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  41.2 
 
 		 640 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  41.58 
 
 		 625 aa  369  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  39.3 
 
 		 535 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.46 
 
 		 848 aa  365  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  42.44 
 
 		 621 aa  364  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  43.03 
 
 		 521 aa  363  4e-99  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  41.75 
 
 		 526 aa  363  6e-99  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  42.63 
 
 		 510 aa  362  9e-99  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  40.94 
 
 		 633 aa  358  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  40.11 
 
 		 554 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  39.85 
 
 		 849 aa  356  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  38.34 
 
 		 531 aa  355  1e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 		 636 aa  355  2e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  39.73 
 
 		 626 aa  355  2e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  39.12 
 
 		 512 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  40.3 
 
 		 526 aa  353  5e-96  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  39.43 
 
 		 529 aa  353  5e-96  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2427  preprotein translocase subunit SecD  41.78 
 
 		 614 aa  352  7e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  39.14 
 
 		 554 aa  352  7e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  40.7 
 
 		 604 aa  351  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  39.39 
 
 		 534 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  37.7 
 
 		 532 aa  350  4e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  39.64 
 
 		 554 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  38.63 
 
 		 534 aa  349  8e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.83 
 
 		 845 aa  348  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.36 
 
 		 844 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1621  protein-export membrane protein SecD  41.09 
 
 		 522 aa  346  6e-94  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.65 
 
 		 844 aa  345  8e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0512  protein-export membrane protein SecD  39.65 
 
 		 609 aa  345  8e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  40.81 
 
 		 626 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  40.08 
 
 		 533 aa  345  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  39.43 
 
 		 556 aa  345  1e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  38.81 
 
 		 534 aa  344  2e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  39.65 
 
 		 625 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  38.42 
 
 		 535 aa  344  2.9999999999999997e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  37.34 
 
 		 614 aa  344  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  38.74 
 
 		 623 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  39.29 
 
 		 554 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5119  preprotein translocase subunit SecD  39.26 
 
 		 627 aa  342  8e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  39.29 
 
 		 554 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  39.33 
 
 		 521 aa  341  2e-92  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  37.64 
 
 		 531 aa  339  7e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  39.8 
 
 		 532 aa  339  8e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  39.8 
 
 		 532 aa  339  9e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1303  protein-export membrane protein SecD  38.59 
 
 		 622 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.95 
 
 		 844 aa  336  5.999999999999999e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3885  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 		 625 aa  335  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.527535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0146  protein-export membrane protein SecD  40.49 
 
 		 535 aa  335  1e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00836416  hitchhiker  0.00269224 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  38.53 
 
 		 537 aa  335  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1410  protein-export membrane protein SecD  34.78 
 
 		 613 aa  334  2e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1309  protein-export membrane protein SecD  34.62 
 
 		 613 aa  333  3e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.198651  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  45.68 
 
 		 473 aa  333  3e-90  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1977  preprotein translocase subunit SecD  37.62 
 
 		 618 aa  332  9e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  38.61 
 
 		 554 aa  332  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4645  preprotein translocase subunit SecD  38.78 
 
 		 624 aa  331  2e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1982  preprotein translocase subunit SecD  37.62 
 
 		 618 aa  330  3e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2212  protein-export membrane protein SecD  38.75 
 
 		 620 aa  329  7e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.363799  normal  0.0593357 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  34.85 
 
 		 616 aa  329  1.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0630  preprotein translocase subunit SecD  39.16 
 
 		 526 aa  328  2.0000000000000001e-88  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01347  preprotein translocase subunit SecD  37.22 
 
 		 599 aa  328  2.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  38.83 
 
 		 526 aa  327  3e-88  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  34.93 
 
 		 532 aa  327  3e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  47.73 
 
 		 457 aa  327  4.0000000000000003e-88  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2184  protein-export membrane protein SecD  38.79 
 
 		 620 aa  327  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>