More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2403 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
204 aa  414  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  95.59 
 
 
204 aa  400  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  68.63 
 
 
206 aa  298  5e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  70.79 
 
 
206 aa  296  1e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  67.82 
 
 
206 aa  279  2e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  62.38 
 
 
218 aa  271  6e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61 
 
 
206 aa  260  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  61 
 
 
206 aa  253  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.61 
 
 
211 aa  248  4e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60.1 
 
 
203 aa  248  4e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.2 
 
 
205 aa  240  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.21 
 
 
202 aa  238  4e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.94 
 
 
225 aa  234  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.02 
 
 
225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.77 
 
 
225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.27 
 
 
220 aa  222  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.56 
 
 
225 aa  218  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2513  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.24 
 
 
230 aa  218  5e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00114714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.29 
 
 
205 aa  216  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.5 
 
 
202 aa  216  2e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
224 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.04 
 
 
200 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.04 
 
 
222 aa  210  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.76 
 
 
214 aa  208  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.55 
 
 
208 aa  207  7e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2448  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.61 
 
 
222 aa  204  9e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.325008  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  203  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0253  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
229 aa  204  1e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  203  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2835  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.49 
 
 
224 aa  203  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  50.79 
 
 
212 aa  203  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  203  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
214 aa  204  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  203  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  202  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
215 aa  203  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
212 aa  202  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
212 aa  202  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.79 
 
 
212 aa  202  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
212 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
212 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
212 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
212 aa  201  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
212 aa  201  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.28 
 
 
212 aa  201  7e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.22 
 
 
217 aa  201  9e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.24 
 
 
227 aa  200  9e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.58 
 
 
209 aa  198  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.67 
 
 
214 aa  197  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1281  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.55 
 
 
195 aa  197  1.0000000000000001e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0564  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.59 
 
 
218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.513649  normal  0.0898016 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0478  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.4 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.09 
 
 
213 aa  195  4.0000000000000005e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.21 
 
 
222 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.74 
 
 
202 aa  194  7e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.24 
 
 
221 aa  194  9e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
210 aa  194  9e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.7 
 
 
245 aa  193  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.89 
 
 
213 aa  193  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1486  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.51 
 
 
206 aa  192  2e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000112239  hitchhiker  0.00320062 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.97 
 
 
205 aa  192  2e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.34 
 
 
226 aa  192  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
215 aa  192  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
216 aa  192  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.64 
 
 
216 aa  192  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.39 
 
 
225 aa  192  3e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.69 
 
 
222 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.9 
 
 
239 aa  191  8e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.37 
 
 
219 aa  190  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
212 aa  190  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.28 
 
 
313 aa  190  1e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
212 aa  190  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
212 aa  190  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1417  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49 
 
 
205 aa  189  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000602325  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.63 
 
 
217 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1129  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.13 
 
 
214 aa  189  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.462935 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.09 
 
 
197 aa  189  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1776  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.95 
 
 
213 aa  189  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000344484  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.63 
 
 
217 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.63 
 
 
217 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1890  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.21 
 
 
213 aa  189  2.9999999999999997e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.505321 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.82 
 
 
219 aa  188  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.59 
 
 
212 aa  188  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
219 aa  188  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.4 
 
 
212 aa  187  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0726  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
206 aa  187  9e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.303566  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.47 
 
 
209 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.38 
 
 
223 aa  187  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1102  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.59 
 
 
214 aa  186  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
212 aa  186  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.22 
 
 
216 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.84 
 
 
410 aa  184  8e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367196 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.7 
 
 
221 aa  184  8e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1114  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.07 
 
 
191 aa  183  1.0000000000000001e-45  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.660024 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
220 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.07 
 
 
224 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3525  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
212 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0302516  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1699  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.15 
 
 
216 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>