84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2388 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2388  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  100 
 
 		 283 aa  571  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0995379  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1831  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  95.86 
 
 		 283 aa  521  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00143408 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1965  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  46.32 
 
 		 298 aa  249  5e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0577  hypothetical protein  44.37 
 
 		 285 aa  228  8e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1359  hypothetical protein  43.17 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2901  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  44.11 
 
 		 289 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1177  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  45.11 
 
 		 282 aa  206  3e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3118  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  45.28 
 
 		 282 aa  205  7e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0882  hypothetical protein  43.77 
 
 		 290 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.960204  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1444  hypothetical protein  39.85 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2736  hypothetical protein  40.14 
 
 		 287 aa  190  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1244  hypothetical protein  35.44 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0648578 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2427  hypothetical protein  32.04 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0251  protein of unknown function DUF534  24.83 
 
 		 320 aa  69.3  0.00000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00303449  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2856  protein of unknown function DUF534  31.69 
 
 		 337 aa  65.9  0.0000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1277  ABC transporter periplasmic protein  25 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14390  putative ABC-type transport protein, periplasmic c  25 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1089  hypothetical protein  26.19 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.623165  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2227  hypothetical protein  24.15 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00471107  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0619  hypothetical protein  23.05 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0258  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  22.18 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000182856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1473  protein of unknown function DUF534  30.15 
 
 		 335 aa  59.7  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1949  hypothetical protein  25.41 
 
 		 322 aa  59.3  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.521982  normal  0.530099 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1750  protein of unknown function DUF534  25.41 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0079  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  21.69 
 
 		 334 aa  57.8  0.0000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.0035536  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19990  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  23.39 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  9.09791e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1947  protein of unknown function DUF534  26.11 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.734312  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4553  protein of unknown function DUF534  25.25 
 
 		 329 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4311  hypothetical protein  25.83 
 
 		 323 aa  57  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6161  hypothetical protein  26.73 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.432237 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2840  hypothetical protein  23.94 
 
 		 329 aa  55.5  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146979  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2828  protein of unknown function DUF534  23.05 
 
 		 341 aa  55.5  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000067856  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2038  hypothetical protein  25.69 
 
 		 324 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0401201 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2365  protein of unknown function DUF534  22.05 
 
 		 331 aa  55.5  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00100062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0472  hypothetical protein  26.79 
 
 		 321 aa  55.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.997143 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3141  hypothetical protein  27.31 
 
 		 344 aa  54.7  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774643 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2831  hypothetical protein  26.27 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2218  hypothetical protein  26.27 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.792913  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2842  hypothetical protein  26.27 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.838657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1711  hypothetical protein  29.01 
 
 		 370 aa  53.5  0.000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0821  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  25 
 
 		 319 aa  53.5  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0105624 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1155  ABC transporter substrate-binding protein  24.2 
 
 		 333 aa  52.8  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0440  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.5 
 
 		 323 aa  52.8  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.173038  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0657  protein of unknown function DUF534  27.61 
 
 		 330 aa  52.4  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.342868  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1315  hypothetical protein  25.57 
 
 		 322 aa  51.6  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.710416  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0553  hypothetical protein  24.81 
 
 		 314 aa  51.6  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.5903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2907  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.96 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0522  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.96 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0505  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.96 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1434  ABC transporter, substrate-binding protein  22.62 
 
 		 349 aa  51.2  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.681297 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2646  protein of unknown function DUF534  23.61 
 
 		 329 aa  50.8  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1479  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.96 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0109  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.96 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0687  hypothetical protein  25.96 
 
 		 323 aa  51.2  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.695936  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1211  hypothetical protein  27.23 
 
 		 323 aa  50.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0959108 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03810  ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component  26.74 
 
 		 336 aa  50.1  0.00004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1598  hypothetical protein  22.62 
 
 		 349 aa  50.1  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108913  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1189  hypothetical protein  21.37 
 
 		 334 aa  49.7  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00418408  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0325  hypothetical protein  24.6 
 
 		 337 aa  49.7  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000093059  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0511  protein of unknown function DUF534  27.78 
 
 		 329 aa  49.3  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3140  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.48 
 
 		 323 aa  48.1  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.226285  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1599  hypothetical protein  24.63 
 
 		 341 aa  48.5  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.164938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1435  ABC transporter, substrate-binding protein  22.71 
 
 		 341 aa  47.8  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457922 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2753  hypothetical protein  24.39 
 
 		 260 aa  48.1  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.249359  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0210  hypothetical protein  24.03 
 
 		 320 aa  48.1  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1569  hypothetical protein  26.44 
 
 		 270 aa  47.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4046  protein of unknown function DUF534  22.54 
 
 		 317 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3723  protein of unknown function DUF534  22.54 
 
 		 317 aa  47.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0249  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  23.84 
 
 		 584 aa  46.6  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0723  protein of unknown function DUF534  24.49 
 
 		 332 aa  46.2  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000763859  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2584  protein of unknown function DUF534  23.66 
 
 		 322 aa  46.2  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  3.78214e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1116  ABC-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.43 
 
 		 304 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1461  protein of unknown function DUF534  23.14 
 
 		 326 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.655823  hitchhiker  0.000000785059 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0867  hypothetical protein  23.08 
 
 		 317 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1712  hypothetical protein  21.78 
 
 		 343 aa  45.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2078  protein of unknown function/lipoprotein, putative  19.92 
 
 		 320 aa  44.3  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000317435  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0736  protein of unknown function DUF534  24.49 
 
 		 332 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000204583 
 
 
-
 
NC_004310  BR2053  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.95 
 
 		 321 aa  44.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3419  sensor histidine kinase  25.82 
 
 		 774 aa  44.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3067  hypothetical protein  21.46 
 
 		 317 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0747  protein of unknown function DUF534  21.93 
 
 		 319 aa  44.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  2.99763e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0134  hypothetical protein  23.88 
 
 		 301 aa  44.3  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.9202  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1502  protein of unknown function DUF534  22.73 
 
 		 326 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0497356  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1740  putative signal peptide protein  23.36 
 
 		 329 aa  43.5  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324025  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>