More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2294 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  42.25 
 
 
902 aa  713    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  64.45 
 
 
880 aa  1124    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  70.56 
 
 
875 aa  1277    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  49.37 
 
 
888 aa  856    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  62.61 
 
 
880 aa  1112    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  41.73 
 
 
898 aa  675    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  100 
 
 
875 aa  1780    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  97.94 
 
 
875 aa  1746    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  40.27 
 
 
907 aa  655    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  43 
 
 
892 aa  698    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  43.72 
 
 
896 aa  748    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  44.8 
 
 
888 aa  780    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  56.38 
 
 
881 aa  974    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  41.34 
 
 
904 aa  676    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  52.34 
 
 
880 aa  918    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  37.94 
 
 
880 aa  614  9.999999999999999e-175  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  39.41 
 
 
905 aa  606  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.55 
 
 
877 aa  587  1e-166  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  35.41 
 
 
877 aa  565  1.0000000000000001e-159  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  36.59 
 
 
890 aa  556  1e-157  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  35.91 
 
 
863 aa  526  1e-147  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  36.1 
 
 
863 aa  520  1e-146  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  34.99 
 
 
873 aa  514  1e-144  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  36.66 
 
 
883 aa  515  1e-144  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  35.91 
 
 
873 aa  498  1e-139  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  36.75 
 
 
867 aa  498  1e-139  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  38.38 
 
 
845 aa  476  1e-132  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  33.07 
 
 
885 aa  474  1e-132  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  32.95 
 
 
859 aa  465  1e-129  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.08 
 
 
903 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  33.78 
 
 
874 aa  437  1e-121  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  34.01 
 
 
769 aa  433  1e-120  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  31.89 
 
 
904 aa  430  1e-119  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.52 
 
 
903 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  33.86 
 
 
872 aa  423  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.79 
 
 
903 aa  422  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  31.51 
 
 
907 aa  412  1e-113  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  40.07 
 
 
1077 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  31.58 
 
 
909 aa  403  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  30.94 
 
 
865 aa  402  9.999999999999999e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  31.14 
 
 
909 aa  392  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.34 
 
 
854 aa  346  1e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  26.62 
 
 
847 aa  295  2e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  27.8 
 
 
821 aa  278  3e-73  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  32.08 
 
 
432 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.11 
 
 
450 aa  196  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  31.11 
 
 
450 aa  196  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  34.89 
 
 
388 aa  194  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  30.02 
 
 
418 aa  180  9e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  32.04 
 
 
404 aa  178  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  28.97 
 
 
418 aa  174  9e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  37.19 
 
 
374 aa  173  1e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  29.15 
 
 
416 aa  170  1e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  36.82 
 
 
383 aa  168  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.31 
 
 
422 aa  160  8e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  26.76 
 
 
567 aa  143  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  35.83 
 
 
468 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.02 
 
 
469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.93 
 
 
471 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  35.95 
 
 
479 aa  131  5.0000000000000004e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.33 
 
 
484 aa  130  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  34.76 
 
 
474 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.33 
 
 
495 aa  128  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.77 
 
 
483 aa  127  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  31.76 
 
 
470 aa  123  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  34.5 
 
 
483 aa  122  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  34.69 
 
 
477 aa  120  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  36.95 
 
 
403 aa  118  5e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  40.87 
 
 
448 aa  117  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.62 
 
 
489 aa  117  1.0000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.98 
 
 
561 aa  115  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  32.64 
 
 
475 aa  114  8.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.24 
 
 
475 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  37.97 
 
 
377 aa  108  4e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  30.93 
 
 
476 aa  108  6e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.93 
 
 
479 aa  107  8e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.93 
 
 
471 aa  107  9e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.52 
 
 
415 aa  104  8e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.93 
 
 
415 aa  104  8e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.32 
 
 
418 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.33 
 
 
415 aa  103  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.32 
 
 
418 aa  103  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.03 
 
 
415 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  26.2 
 
 
399 aa  100  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.15 
 
 
415 aa  99.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.03 
 
 
484 aa  98.2  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0767  tRNA CCA-pyrophosphorylase  25.86 
 
 
403 aa  96.7  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.746315  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  35.59 
 
 
404 aa  94  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4118  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  40.24 
 
 
458 aa  93.6  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00476179 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.93 
 
 
499 aa  92.8  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23340  tRNA adenylyltransferase  31.95 
 
 
483 aa  93.2  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0314  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.03 
 
 
498 aa  92.4  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000179563  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_276  polymerase  29.62 
 
 
501 aa  92.8  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000457601  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0608  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.95 
 
 
584 aa  92.4  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0334  polyA polymerase family protein  29.07 
 
 
493 aa  91.7  6e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000707313  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36397  predicted protein  28.06 
 
 
759 aa  90.9  8e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31840  tRNA adenylyltransferase  31.73 
 
 
471 aa  90.9  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3120  polynucleotide adenylyltransferase region  30.95 
 
 
450 aa  90.9  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  31.42 
 
 
552 aa  89.7  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1930  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  38.69 
 
 
459 aa  89.7  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0164337 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>