More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2203 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  96.18 
 
 
419 aa  721    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
419 aa  832    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  68.41 
 
 
407 aa  465  9.999999999999999e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.96 
 
 
404 aa  455  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  62.19 
 
 
403 aa  434  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  57.36 
 
 
405 aa  431  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  58.91 
 
 
402 aa  423  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.67 
 
 
430 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.6 
 
 
424 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  48.1 
 
 
429 aa  315  9.999999999999999e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  43.19 
 
 
390 aa  293  6e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  45.55 
 
 
412 aa  283  6.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  40.76 
 
 
413 aa  265  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  43.9 
 
 
489 aa  265  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  35.33 
 
 
449 aa  263  4.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.24 
 
 
416 aa  261  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.32 
 
 
428 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  36.9 
 
 
432 aa  253  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 
455 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  37.87 
 
 
430 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 
419 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.47 
 
 
430 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  35.62 
 
 
444 aa  246  8e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 
409 aa  244  1.9999999999999999e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.71 
 
 
430 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40 
 
 
395 aa  239  8e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  39.36 
 
 
418 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  39.36 
 
 
425 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  37.62 
 
 
466 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.62 
 
 
466 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  39.37 
 
 
429 aa  234  3e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  36.59 
 
 
446 aa  233  5e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  41.72 
 
 
493 aa  229  9e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  38.77 
 
 
442 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  36.94 
 
 
471 aa  226  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  37.47 
 
 
398 aa  223  4e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  36.77 
 
 
394 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  37.04 
 
 
434 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  39.68 
 
 
433 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  37 
 
 
418 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.11 
 
 
429 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 
437 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  31.32 
 
 
446 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.18 
 
 
465 aa  182  1e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.65 
 
 
414 aa  157  4e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  30.83 
 
 
397 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
384 aa  155  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  30.47 
 
 
429 aa  154  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  31.53 
 
 
390 aa  150  3e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  31.28 
 
 
408 aa  149  7e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.86 
 
 
438 aa  149  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  31.31 
 
 
405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  31.41 
 
 
385 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  31.39 
 
 
408 aa  148  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.92 
 
 
400 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  34.08 
 
 
415 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  29.23 
 
 
509 aa  147  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  34.19 
 
 
569 aa  147  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  31 
 
 
456 aa  146  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  32.79 
 
 
372 aa  146  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  35.35 
 
 
348 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  32.79 
 
 
372 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  31.25 
 
 
390 aa  144  2e-33  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  32.79 
 
 
372 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 
409 aa  145  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  35.1 
 
 
370 aa  145  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  35.1 
 
 
370 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  32.79 
 
 
372 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  28.69 
 
 
410 aa  144  3e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  34.77 
 
 
370 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  29.08 
 
 
402 aa  143  5e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 
416 aa  143  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  32.86 
 
 
414 aa  142  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.34 
 
 
410 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 
416 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  32.14 
 
 
372 aa  142  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  30.34 
 
 
416 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  29.4 
 
 
465 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  30.11 
 
 
455 aa  140  3e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  34.31 
 
 
394 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  28.81 
 
 
417 aa  140  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.1 
 
 
404 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  30.28 
 
 
390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  32.92 
 
 
371 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.5 
 
 
453 aa  137  4e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  32.56 
 
 
371 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  32.56 
 
 
371 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 
371 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  32.56 
 
 
371 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  32.56 
 
 
371 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  32.56 
 
 
371 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  32.56 
 
 
371 aa  136  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  29.49 
 
 
424 aa  136  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  32.56 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  30.65 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 
505 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 
500 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.39 
 
 
415 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 
416 aa  134  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  32.23 
 
 
371 aa  133  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>