More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2192 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1737  phenylacetate-CoA ligase  83.72 
 
 		 435 aa  768    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2192  phenylacetate-CoA ligase  100 
 
 		 434 aa  897    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.724395  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1569  coenzyme F390 synthetase  76.67 
 
 		 433 aa  708    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.645557  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1825  phenylacetate-CoA ligase  83.37 
 
 		 435 aa  783    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1858  Phenylacetate--CoA ligase  80.28 
 
 		 435 aa  733    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00363139  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2133  phenylacetate--CoA ligase  84.69 
 
 		 434 aa  773    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00349267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2323  phenylacetate--CoA ligase  70.14 
 
 		 433 aa  658    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2035  Phenylacetate--CoA ligase  98.16 
 
 		 434 aa  884    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000365841 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1683  phenylacetate--CoA ligase  70.53 
 
 		 433 aa  659    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1669  phenylacetate--CoA ligase  80.74 
 
 		 433 aa  746    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0442  Phenylacetate--CoA ligase  67.28 
 
 		 434 aa  632  1e-180  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372138 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2084  phenylacetate-CoA ligase  66.74 
 
 		 433 aa  632  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.268641  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0559  Phenylacetate--CoA ligase  64.67 
 
 		 434 aa  615  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.589341  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1519  phenylacetate--CoA ligase  66.13 
 
 		 435 aa  617  1e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00322387 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0797  Phenylacetate--CoA ligase  64.81 
 
 		 433 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0815  phenylacetate--CoA ligase  65.05 
 
 		 439 aa  597  1e-170  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.180698  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1139  Phenylacetate--CoA ligase  62.9 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000376262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0513  phenylacetate-CoA ligase  62.96 
 
 		 432 aa  590  1e-167  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0615  phenylacetate-CoA ligase  64.04 
 
 		 433 aa  586  1e-166  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.893262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0669  phenylacetate-CoA ligase  61.86 
 
 		 433 aa  582  1.0000000000000001e-165  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73594  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1504  Phenylacetate--CoA ligase  64.5 
 
 		 433 aa  583  1.0000000000000001e-165  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1574  phenylacetate--CoA ligase  60.88 
 
 		 441 aa  568  1e-161  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.888855  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1218  phenylacetate-CoA ligase  62.18 
 
 		 436 aa  568  1e-161  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1742  phenylacetate--CoA ligase  60.79 
 
 		 432 aa  565  1e-160  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.287077 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2884  phenylacetate--CoA ligase  59.86 
 
 		 434 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00316572  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0075  Phenylacetate--CoA ligase  59.95 
 
 		 433 aa  558  1e-158  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1385  Phenylacetate--CoA ligase  57.67 
 
 		 434 aa  561  1e-158  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741433 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0169  phenylacetate--CoA ligase  60.32 
 
 		 432 aa  558  1e-158  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.419801  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1590  phenylacetate--CoA ligase  60.32 
 
 		 432 aa  555  1e-157  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0066  phenylacetate--CoA ligase  60.74 
 
 		 432 aa  556  1e-157  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.922632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0073  Phenylacetate--CoA ligase  60.19 
 
 		 433 aa  556  1e-157  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0861  phenylacetate-CoA ligase  60.32 
 
 		 432 aa  557  1e-157  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.354506  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1015  phenylacetate-CoA ligase  60.09 
 
 		 439 aa  548  1e-155  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0166  Phenylacetate--CoA ligase  60.78 
 
 		 432 aa  547  1e-154  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_886  acyl-CoA synthetase (AMP-forming) / AMP-acid ligase  59.11 
 
 		 439 aa  545  1e-154  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1968  phenylacetate-CoA ligase  58 
 
 		 433 aa  543  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1237  phenylacetate--CoA ligase  56.18 
 
 		 444 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0902  phenylacetate-CoA ligase  58.88 
 
 		 439 aa  540  9.999999999999999e-153  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4008  phenylacetate--CoA ligase  57.11 
 
 		 444 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1729  phenylacetate-CoA ligase  58.97 
 
 		 433 aa  535  1e-151  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1976  phenylacetate-CoA ligase  56.94 
 
 		 437 aa  535  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0698  phenylacetate--CoA ligase  57.14 
 
 		 446 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1422  Phenylacetate--CoA ligase  57.34 
 
 		 444 aa  538  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.393229  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2124  phenylacetate--CoA ligase  58.14 
 
 		 434 aa  534  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1507  Phenylacetate--CoA ligase  59.44 
 
 		 433 aa  529  1e-149  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1754  phenylacetate--CoA ligase  58.14 
 
 		 435 aa  531  1e-149  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0384873  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1910  Phenylacetate--CoA ligase  57.91 
 
 		 436 aa  526  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000190319  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1573  phenylacetate--CoA ligase  57.14 
 
 		 431 aa  527  1e-148  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2184  phenylacetate-CoA ligase  56.98 
 
 		 433 aa  525  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2043  phenylacetate-CoA ligase  57.21 
 
 		 433 aa  527  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000158285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0042  Phenylacetate--CoA ligase  56.81 
 
 		 432 aa  523  1e-147  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125903 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0041  phenylacetate--CoA ligase  58.39 
 
 		 446 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0042  Phenylacetate--CoA ligase  57.68 
 
 		 441 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3190  phenylacetate--CoA ligase  54.73 
 
 		 432 aa  517  1.0000000000000001e-145  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0586807  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0070  phenylacetate--CoA ligase  57.58 
 
 		 445 aa  517  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0054  Phenylacetate--CoA ligase  57.92 
 
 		 441 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0038  phenylacetate-CoA ligase  57.68 
 
 		 441 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.455543  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4320  phenylacetate--CoA ligase  57.78 
 
 		 444 aa  516  1.0000000000000001e-145  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1818  phenylacetate-CoA ligase  59.29 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2278  phenylacetate-CoA ligase  55.22 
 
 		 430 aa  511  1e-144  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.129528  hitchhiker  0.0000241897 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3083  phenylacetate--CoA ligase  58.53 
 
 		 423 aa  511  1e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0163  Phenylacetate--CoA ligase  55.76 
 
 		 438 aa  508  1e-143  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1515  phenylacetate-CoA ligase  55.2 
 
 		 433 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.049443  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1160  phenylacetate--CoA ligase  54.97 
 
 		 433 aa  504  1e-141  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.580282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0790  phenylacetate--CoA ligase  54.27 
 
 		 433 aa  501  1e-141  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.740022  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3366  phenylacetate-CoA ligase  56.57 
 
 		 431 aa  498  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1165  phenylacetate--CoA ligase  53.76 
 
 		 433 aa  496  1e-139  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0211  phenylacetate-CoA ligase  53.13 
 
 		 434 aa  492  9.999999999999999e-139  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.40287  normal  0.756152 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4801  phenylacetate-CoA ligase  53.38 
 
 		 436 aa  492  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.12484  normal  0.238866 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0440  phenylacetate-CoA ligase  54.5 
 
 		 436 aa  489  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.908613 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2870  phenylacetate-CoA ligase  53.24 
 
 		 443 aa  480  1e-134  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3741  phenylacetate-CoA ligase  53.95 
 
 		 448 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1455  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3082  phenylacetate-CoA ligase  54.42 
 
 		 436 aa  479  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.6719  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0227  phenylacetate-CoA ligase  54.72 
 
 		 433 aa  481  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0811  Phenylacetate--CoA ligase  51.14 
 
 		 442 aa  476  1e-133  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3091  phenylacetate--CoA ligase  52.46 
 
 		 437 aa  473  1e-132  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000125462  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0656  phenylacetate-CoA ligase  52.69 
 
 		 434 aa  471  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0633  phenylacetate--CoA ligase  51.74 
 
 		 432 aa  472  1e-132  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.683184  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3279  phenylacetate-CoA ligase  52.78 
 
 		 439 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2855  phenylacetate-CoA ligase  52.57 
 
 		 432 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.343301  normal  0.707193 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2617  phenylacetate-CoA ligase  53.01 
 
 		 439 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179563  normal  0.174416 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13410  phenylacetate-CoA ligase  51.39 
 
 		 435 aa  469  1.0000000000000001e-131  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0207  phenylacetate-CoA ligase  50.81 
 
 		 434 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2693  phenylacetate-CoA ligase  52.93 
 
 		 434 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.666778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3490  phenylacetate-CoA ligase  52.34 
 
 		 434 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352435  hitchhiker  0.000125806 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0260  phenylacetate--CoA ligase  52.44 
 
 		 434 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.108553  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3824  phenylacetate-CoA ligase  52.45 
 
 		 436 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827131  normal  0.36821 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0660  phenylacetate-CoA ligase  53.15 
 
 		 431 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0374  phenylacetate-CoA ligase  53.36 
 
 		 441 aa  466  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000302001  hitchhiker  0.00000497277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2630  phenylacetate-CoA ligase  53.27 
 
 		 439 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.460145  normal  0.0722332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2257  phenylacetate-CoA ligase  53.15 
 
 		 437 aa  465  9.999999999999999e-131  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.253945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1584  phenylacetate-CoA ligase  53.15 
 
 		 437 aa  464  9.999999999999999e-131  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3634  phenylacetate-CoA ligase  51.4 
 
 		 444 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0683  phenylacetate-CoA ligase  51.16 
 
 		 444 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0466  phenylacetate-CoA ligase  52.46 
 
 		 434 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0986  phenylacetate-CoA ligase  53.83 
 
 		 435 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0444  phenylacetate-CoA ligase  52.1 
 
 		 432 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2124  Phenylacetate--CoA ligase  51.39 
 
 		 430 aa  465  9.999999999999999e-131  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0539  phenylacetate-CoA ligase  52.57 
 
 		 432 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.743587  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0039  phenylacetate--CoA ligase  51.53 
 
 		 441 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.728722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>