98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2070 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0296  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  61.02 
 
 		 485 aa  637    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000171973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0665  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  62 
 
 		 484 aa  635    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00225794  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0211  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  64.84 
 
 		 483 aa  695    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000324038  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3705  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  65.38 
 
 		 513 aa  660    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2150  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  92.68 
 
 		 492 aa  978    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2070  cytochrome c552  100 
 
 		 492 aa  1031    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3154  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA, putative  63.88 
 
 		 490 aa  615  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2929  cytochrome c552  61 
 
 		 483 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1296  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  60.17 
 
 		 483 aa  600  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000757773 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0294  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  59.14 
 
 		 488 aa  579  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000431436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1042  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  57.97 
 
 		 482 aa  574  1.0000000000000001e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0722076  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1200  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  59.66 
 
 		 487 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.849928  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2398  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  53.14 
 
 		 496 aa  538  1e-151  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.890073 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1892  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  49.89 
 
 		 469 aa  462  1e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000066915  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3631  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.8 
 
 		 480 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000140973  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1521  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.16 
 
 		 416 aa  215  1.9999999999999998e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4234  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.14 
 
 		 434 aa  212  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0701  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32 
 
 		 427 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0964  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.6 
 
 		 515 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.142807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0910  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  31.98 
 
 		 490 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1546  cytochrome c552  27.49 
 
 		 610 aa  178  2e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.421407  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1359  cytochrome c552  27.49 
 
 		 610 aa  178  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0963  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.31 
 
 		 490 aa  177  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2866  cytochrome c nitrite reductase  28.6 
 
 		 478 aa  177  5e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0341  cytochrome c552  27.31 
 
 		 610 aa  176  7e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0605023  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1980  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.96 
 
 		 476 aa  176  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.439301 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0960  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.08 
 
 		 490 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.230878  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4608  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.75 
 
 		 492 aa  175  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1101  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.06 
 
 		 488 aa  174  5e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0081  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.2 
 
 		 527 aa  172  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.304883  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0955  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.05 
 
 		 489 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2902  respiratory nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming) precursor  28.86 
 
 		 556 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0151335  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0707  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.6 
 
 		 515 aa  169  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000210974  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3092  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.77 
 
 		 557 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2987  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.77 
 
 		 557 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.1283  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1490  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  31.86 
 
 		 529 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2333  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  32.69 
 
 		 524 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114103 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1244  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  26.96 
 
 		 607 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0648  cytochrome c552  28.94 
 
 		 467 aa  162  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0169797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2385  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  30.14 
 
 		 524 aa  159  8e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2812  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.88 
 
 		 466 aa  156  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1820  cytochrome c552  26.97 
 
 		 498 aa  155  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0658  cytochrome c552  31.68 
 
 		 473 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.034848  normal  0.165673 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3980  cytochrome c552  29.57 
 
 		 467 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2097  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.9 
 
 		 520 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.397309  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0972  cytochrome c552  29.22 
 
 		 466 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0685  cytochrome c552  29.57 
 
 		 467 aa  152  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000162376  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0931  cytochrome c552  29.4 
 
 		 466 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000109321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1024  cytochrome c nitrite reductase, catalytic subunit NrfA  25.33 
 
 		 605 aa  151  3e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.140418  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0659  cytochrome c552  30.64 
 
 		 473 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000892238  normal  0.264438 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3363  cytochrome c552  30.64 
 
 		 473 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.328864  normal  0.0260908 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0844  cytochrome c552  29.65 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000415815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4536  cytochrome c552  30.55 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.490866  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4529  cytochrome c552  30.55 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.895576 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4671  cytochrome c552  30.55 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5575  cytochrome c552  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4620  cytochrome c552  30.55 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.597684  normal  0.388303 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3922  formate-dependent cytochrome c nitrite reductase, c552 subunit  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03902  hypothetical protein  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4622  cytochrome c552  30.55 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4591  cytochrome c552  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03942  nitrite reductase, formate-dependent, cytochrome  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4626  cytochrome c552  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3957  cytochrome c552  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4532  cytochrome c552  29.86 
 
 		 478 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4315  cytochrome c552  30.55 
 
 		 478 aa  144  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0622  cytochrome c552  28.93 
 
 		 463 aa  143  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3834  cytochrome c552  30.05 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  normal  0.0322806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1228  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  29.31 
 
 		 469 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0609624  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0831  cytochrome c552  27.59 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.01441  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3711  cytochrome c552  30.05 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000131094  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0794  cytochrome c552  29.74 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00711776  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3652  cytochrome c552  29.74 
 
 		 467 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00563536  hitchhiker  0.0000468517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3036  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.83 
 
 		 469 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306753  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2432  cytochrome c552  28.76 
 
 		 477 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3604  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.57 
 
 		 469 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.357303  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2735  cytochrome c552  29.52 
 
 		 472 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0129  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  25 
 
 		 557 aa  134  5e-30  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0505  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.12 
 
 		 452 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2363  cytochrome c552  27.01 
 
 		 477 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000178461  hitchhiker  0.000909202 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02727  cytochrome c552  26.73 
 
 		 469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1374  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.4 
 
 		 536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1997  cytochrome c552  25.5 
 
 		 478 aa  130  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0688  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  27.82 
 
 		 464 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0529  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  28.05 
 
 		 401 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003114  cytochrome c552 precursor  25.71 
 
 		 475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4004  formate-dependent nitrite reductase periplasmic cytochrome c552 subunit-like protein  28.67 
 
 		 536 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00066664  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0357  cytochrome c family protein  29.29 
 
 		 533 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.412865  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2586  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  23.65 
 
 		 445 aa  115  3e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00414644  normal  0.0377964 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13420  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  28.96 
 
 		 476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1061  cytochrome c family protein  26.11 
 
 		 541 aa  111  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.409799  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2999  cytochrome c family protein  26.76 
 
 		 534 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0002503  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08100  formate-dependent nitrite reductase, periplasmic cytochrome c552 subunit  27.59 
 
 		 485 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.158297  hitchhiker  0.0000000773325 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1277  Nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  25.15 
 
 		 538 aa  103  9e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2946  cytochrome c family protein  25.32 
 
 		 538 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3744  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  24.33 
 
 		 573 aa  97.1  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3653  nitrite reductase (cytochrome; ammonia-forming)  24.16 
 
 		 517 aa  94.4  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00460  hypothetical protein  23.16 
 
 		 442 aa  65.9  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>