151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2063 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2063  NHL repeat containing protein  100 
 
 
652 aa  1235    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2265  NHL repeat-containing protein  43.94 
 
 
963 aa  271  2.9999999999999997e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.397951  normal  0.439164 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2854  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.67 
 
 
1292 aa  233  9e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0274394  normal  0.093276 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4618  NHL repeat-containing protein  37.25 
 
 
1026 aa  233  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0556  immunoglobulin I-set domain-containing protein  35.57 
 
 
1130 aa  208  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.329662  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  33.14 
 
 
1750 aa  193  7e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0027  Fibronectin type III domain protein  42.48 
 
 
460 aa  186  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  29.7 
 
 
831 aa  180  9e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1474  NHL repeat containing protein  31.45 
 
 
668 aa  177  4e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0914572  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2779  hypothetical protein  38.5 
 
 
1051 aa  172  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.380242 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1358  NHL repeat containing protein  38.39 
 
 
646 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.967304 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1359  NHL repeat containing protein  42.35 
 
 
439 aa  160  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.666477 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1345  NHL repeat containing protein  30.02 
 
 
676 aa  160  7e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.871064 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2630  PKD domain containing protein  29.58 
 
 
930 aa  158  3e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.668358  decreased coverage  0.0001414 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  34.63 
 
 
487 aa  152  2e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.75 
 
 
493 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1378  hypothetical protein  33.33 
 
 
1030 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.872311  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  32.05 
 
 
581 aa  135  3e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0408  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.6 
 
 
693 aa  131  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.785735  normal  0.15039 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  31.08 
 
 
1351 aa  130  6e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  32.39 
 
 
504 aa  128  3e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2981  NHL repeat containing protein  38.01 
 
 
2296 aa  127  6e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  30.9 
 
 
503 aa  124  7e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2074  NHL repeat containing protein  32.68 
 
 
522 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.614793 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  30.33 
 
 
1763 aa  109  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  29.28 
 
 
498 aa  109  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1273  NHL repeat containing protein  30.48 
 
 
387 aa  106  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.349999  normal  0.851657 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0355  NHL repeat-containing protein  27.5 
 
 
1030 aa  102  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.64892  normal  0.0641589 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2917  NHL repeat containing protein  32.83 
 
 
623 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.304592  normal  0.453442 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00583  hypothetical protein  28.88 
 
 
472 aa  100  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.718247  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1402  NHL repeat containing protein  32.6 
 
 
470 aa  100  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.649211  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13808  predicted protein  30.45 
 
 
1675 aa  100  1e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0947447  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7287  serine/threonine protein kinase  33.87 
 
 
892 aa  100  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0443497  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1389  periplasmic copper-binding  30.43 
 
 
709 aa  100  1e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0136597  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0840  NHL repeat containing protein  30.8 
 
 
390 aa  99  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0361513  normal  0.0920788 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.68 
 
 
628 aa  95.1  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  28.73 
 
 
1293 aa  94.7  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4089  serine/threonine protein kinase  31.17 
 
 
772 aa  94.4  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.205571  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4088  serine/threonine protein kinase  34.34 
 
 
850 aa  92  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.527089  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  30.65 
 
 
672 aa  91.7  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  31 
 
 
584 aa  91.7  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2369  NHL repeat containing protein  32.74 
 
 
579 aa  91.7  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.547997 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1791  NHL repeat containing protein  28.9 
 
 
425 aa  90.1  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.326453  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.2 
 
 
639 aa  90.5  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2329  NHL repeat containing protein  41.18 
 
 
404 aa  89  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0716797  normal  0.125112 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1291  hypothetical protein  27.89 
 
 
510 aa  89  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.984868  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.84 
 
 
641 aa  89  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0416  hypothetical protein  31.06 
 
 
346 aa  88.6  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0322809  normal  0.695963 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1167  hypothetical protein  24.95 
 
 
588 aa  86.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.0121867 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4723  NHL repeat containing protein  29.71 
 
 
1079 aa  86.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645184  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  30.7 
 
 
644 aa  80.9  0.00000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3843  NHL repeat containing protein  34.12 
 
 
1046 aa  80.9  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0246016 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  29.95 
 
 
634 aa  80.1  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1601  NHL repeat-containing protein  30.03 
 
 
491 aa  79  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0447928  normal  0.136115 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7086  serine/threonine protein kinase  31.92 
 
 
732 aa  79  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0370  Fibronectin type III domain protein  33.71 
 
 
841 aa  78.6  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.800383  normal  0.932394 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1395  NHL repeat containing protein  35.27 
 
 
391 aa  77.4  0.0000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.597363 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  36.08 
 
 
2831 aa  77.4  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1421  NHL repeat containing protein  29.79 
 
 
930 aa  77.4  0.0000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.368909  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0044  serine/threonine protein kinase  30.59 
 
 
863 aa  76.3  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0701705  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0755  Carbohydrate binding family 6  28 
 
 
627 aa  76.3  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.40711 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.39 
 
 
612 aa  75.5  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3620  putative surface layer protein  28.62 
 
 
752 aa  75.1  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3229  NHL repeat containing protein  26.8 
 
 
380 aa  74.7  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.657691  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2272  glycoside hydrolase family 26  31.54 
 
 
711 aa  73.9  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.738347  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6443  NHL repeat containing protein  31.82 
 
 
344 aa  73.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1960  Carbohydrate binding family 6  27.52 
 
 
786 aa  72.4  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0676284  normal  0.0447838 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.42 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1047  fibronectin type III domain-containing protein  35.76 
 
 
903 aa  72  0.00000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0890  hypothetical protein  29.49 
 
 
310 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7288  serine/threonine protein kinase  37.2 
 
 
807 aa  68.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.134567  normal  0.30608 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3814  NHL repeat containing protein  28.53 
 
 
359 aa  67.8  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000186749  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0284  LVIVD repeat-containing protein  25.53 
 
 
882 aa  66.6  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.635237  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0477  NHL repeat-containing protein  23.02 
 
 
525 aa  64.7  0.000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.176502 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0859  NHL repeat containing protein  27.2 
 
 
398 aa  64.3  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0711  NHL repeat protein  27.2 
 
 
398 aa  64.3  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0477  NHL repeat containing protein  26.6 
 
 
368 aa  64.3  0.000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.517472  normal  0.232991 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1073  NHL repeat-containing protein  29.07 
 
 
362 aa  64.3  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0871328  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09933  hypothetical protein  22.19 
 
 
349 aa  63.5  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  30.83 
 
 
1189 aa  62.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1861  Phage tail protein  24.65 
 
 
747 aa  63.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  28.62 
 
 
674 aa  62.4  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.43 
 
 
612 aa  62.4  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  30.07 
 
 
1834 aa  61.6  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.57 
 
 
612 aa  60.8  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0567  NHL repeat containing protein  37.89 
 
 
453 aa  60.8  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00166551  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3876  NHL repeat containing protein  26.19 
 
 
379 aa  60.1  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4185  serine/threonine protein kinase  31.97 
 
 
719 aa  59.3  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13557  hypothetical protein  27.78 
 
 
343 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000762607 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4436  hypothetical protein  25 
 
 
322 aa  58.5  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0659418  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0109  NHL repeat containing protein  24.67 
 
 
397 aa  58.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2755  NHL repeat-containing protein  25.57 
 
 
347 aa  58.5  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.96 
 
 
1170 aa  57.8  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0359  NHL repeat-containing protein  27.39 
 
 
448 aa  57.8  0.0000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.570534 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0470  hypothetical protein  26.99 
 
 
371 aa  57.8  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.043698 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10949  transmembrane serine/threonine-protein kinase D pknD  26.87 
 
 
664 aa  57.8  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  25.16 
 
 
1667 aa  57.4  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4004  ABC transporter related protein  24.43 
 
 
639 aa  57.4  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.774502  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3206  NHL repeat-containing protein  26.34 
 
 
419 aa  57.4  0.0000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2370  NHL repeat-containing protein  24.35 
 
 
397 aa  57.4  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0112642 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>