86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2001 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2001  protein of unknown function DUF330  100 
 
 		 196 aa  385  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2220  protein of unknown function DUF330  93.91 
 
 		 197 aa  343  8e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000082506 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0652  hypothetical protein  47.89 
 
 		 196 aa  153  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.049729  normal  0.69496 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4087  hypothetical protein  47.83 
 
 		 188 aa  152  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00226644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3241  protein of unknown function DUF330  40.62 
 
 		 199 aa  150  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5507  hypothetical protein  45.03 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44160  hypothetical protein  43.33 
 
 		 192 aa  138  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.266274  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1569  hypothetical protein  38.58 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.849012  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0404  hypothetical protein  37.37 
 
 		 203 aa  118  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2417  hypothetical protein  33.16 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0242841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0041  putative lipoprotein  47.95 
 
 		 206 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.240026  normal  0.251629 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6349  hypothetical protein  34.59 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238642  normal  0.295075 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0364  putative lipoprotein  33.5 
 
 		 201 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.14709  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3534  hypothetical protein  36.92 
 
 		 253 aa  90.9  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0808039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0677  hypothetical protein  40.49 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0204159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0710  hypothetical protein  40.49 
 
 		 238 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2634  hypothetical protein  32.96 
 
 		 212 aa  89  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4001  hypothetical protein  38.64 
 
 		 250 aa  88.2  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0710  protein of unknown function DUF330  39.31 
 
 		 248 aa  86.3  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0041  protein of unknown function DUF330  38.35 
 
 		 197 aa  86.3  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0226  hypothetical protein  39.88 
 
 		 238 aa  85.9  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3798  hypothetical protein  39.26 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.860154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2126  putative lipoprotein  39.89 
 
 		 233 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0863972  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2680  putative lipoprotein  33.84 
 
 		 207 aa  83.6  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.208689  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3139  hypothetical protein  34.53 
 
 		 200 aa  80.5  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.260987  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0625  hypothetical protein  35.8 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1055  protein of unknown function DUF330  29.84 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0256  hypothetical protein  30.72 
 
 		 205 aa  78.2  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1267  hypothetical protein  36.57 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3341  hypothetical protein  34.86 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.376866  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0601  hypothetical protein  35.71 
 
 		 242 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.391552  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1153  putative lipoprotein  34.86 
 
 		 256 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3383  hypothetical protein  34.86 
 
 		 256 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2560  putative lipoprotein  34.86 
 
 		 252 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2377  putative lipoprotein  34.86 
 
 		 256 aa  74.7  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0803735  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0291  putative lipoprotein  34.86 
 
 		 252 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1982  putative lipoprotein  31.72 
 
 		 195 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0024934  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3375  putative lipoprotein  34.29 
 
 		 252 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.203626  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3046  hypothetical protein  28.8 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.796041  normal  0.0181531 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3180  lipoprotein, putative  29.47 
 
 		 207 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.131862  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2536  hypothetical protein  36.07 
 
 		 233 aa  71.2  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0327  protein of unknown function DUF330  30.71 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1444  hypothetical protein  31.97 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2675  hypothetical protein  35.4 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.681553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0667  hypothetical protein  26.35 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2832  hypothetical protein  27.49 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.766034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65590  hypothetical protein  27.03 
 
 		 236 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2723  hypothetical protein  26.15 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5692  hypothetical protein  26.49 
 
 		 236 aa  62  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2892  protein of unknown function DUF330  31.21 
 
 		 210 aa  61.2  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.529816  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2579  hypothetical protein  28.87 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621383 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0578  hypothetical protein  37 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.410916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3138  hypothetical protein  32.59 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2578  hypothetical protein  31.85 
 
 		 176 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.130696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0516  protein of unknown function DUF330  27.18 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5279  hypothetical protein  28.32 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0231  hypothetical protein  21.58 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1714  hypothetical protein  31.88 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167749 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0600  hypothetical protein  28.37 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  normal  0.826922 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1231  protein of unknown function DUF330  32.21 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.228197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0529  hypothetical protein  31.39 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3508  resolvase, RNase H-like fold  27.52 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5821  hypothetical protein  29.35 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0514246  normal  0.606405 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6815  hypothetical protein  25.89 
 
 		 215 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.655082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43450  hypothetical protein  27.27 
 
 		 242 aa  52.4  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.140988  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1684  protein of unknown function DUF330  25.27 
 
 		 186 aa  51.6  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5258  hypothetical protein  27.51 
 
 		 194 aa  51.6  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.960126  normal  0.0530177 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0504  hypothetical protein  28.77 
 
 		 237 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0320775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0600  hypothetical protein  25.52 
 
 		 241 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4703  hypothetical protein  30.08 
 
 		 236 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0763396  normal  0.775889 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5803  hypothetical protein  28.04 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000107973  hitchhiker  0.000892453 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0230  hypothetical protein  20.93 
 
 		 241 aa  49.3  0.00004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4911  hypothetical protein  30.28 
 
 		 251 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3377  hypothetical protein  36.04 
 
 		 201 aa  48.5  0.00005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.237475  normal  0.194903 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4622  hypothetical protein  28 
 
 		 214 aa  48.5  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2448  hypothetical protein  26.84 
 
 		 201 aa  48.5  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.136482  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4964  hypothetical protein  30.28 
 
 		 214 aa  48.5  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340246  normal  0.72478 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4787  hypothetical protein  30.28 
 
 		 251 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00573127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2009  hypothetical protein  28.68 
 
 		 221 aa  48.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0555  hypothetical protein  23.68 
 
 		 232 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4959  lipoprotein, putative  23.68 
 
 		 231 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1959  hypothetical protein  19.43 
 
 		 199 aa  45.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000996139  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1896  hypothetical protein  28.36 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1747  hypothetical protein  21.79 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00777543  decreased coverage  0.000000370009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3287  hypothetical protein  26.87 
 
 		 178 aa  42.4  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.762664 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2085  hypothetical protein  23.87 
 
 		 184 aa  41.6  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.839519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>